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Chapters
- 00:04Introduction
- 01:01Environment Setup and RiboCode Installation
- 01:23Data Preparation
- 03:35Removing Ribosomal RNA Contamination
- 03:59Aligning the Clean Reads to the Genome
- 04:25Size Selection of Ribosome Protected Fragments, Identification of P-Sites, and De novo Annotate Translating Open Reading Frames
- 04:59Results: Identification of the Novel Open Reding Frames (ORFs) with the Application of RiboCode
- 07:20Conclusion
La traduction des ribosomes décode trois nucléotides par codon en peptides. Leur mouvement le long de l’ARNm, capturé par profilage des ribosomes, produit les empreintes présentant une périodicité caractéristique du triplet. Ce protocole décrit comment utiliser RiboCode pour déchiffrer cette caractéristique importante à partir des données de profilage des ribosomes afin d’identifier les cadres de lecture ouverts activement traduits au niveau du transcriptome entier.
