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De novo Identificação de quadros de leitura abertos traduzidos ativamente com dados de perfil ribossomo
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De novo Identification of Actively Translated Open Reading Frames with Ribosome Profiling Data

De novo Identificação de quadros de leitura abertos traduzidos ativamente com dados de perfil ribossomo

DOI:
10.3791/63366-v

•

08:23 min

•

February 18, 2022

•

, , ,
1School of Basic Medical Sciences,Xi’an Jiaotong University Health Science Center, 2MOE Key Laboratory of Bioinformatics, Center for Synthetic and Systems Biology, School of Life Sciences,Tsinghua University, 3Joint Graduate Program of Peking-Tsinghua-National Institute of Biological Science

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 01:01Environment Setup and RiboCode Installation
  • 01:23Data Preparation
  • 03:35Removing Ribosomal RNA Contamination
  • 03:59Aligning the Clean Reads to the Genome
  • 04:25Size Selection of Ribosome Protected Fragments, Identification of P-Sites, and De novo Annotate Translating Open Reading Frames
  • 04:59Results: Identification of the Novel Open Reding Frames (ORFs) with the Application of RiboCode
  • 07:20Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Traduzindo ribossomos decodificam três nucleotídeos por codon em peptídeos. Seu movimento ao longo do mRNA, capturado pelo perfil ribossomo, produz as pegadas exibindo periodicidade trigêmea característica. Este protocolo descreve como usar o RiboCode para decifrar esse recurso proeminente de dados de criação de perfil ribossomos para identificar quadros de leitura abertos traduzidos ativamente no nível de transcriptome inteiro.

Tags

Keywords: Ribosome ProfilingTranslationOpen Reading FramesGenome-wideRiboCodeMRNAAnnotationRRNASequence Read ArchiveAlignment

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