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De novo Identificazione di frame di lettura aperti tradotti attivamente con dati di profilazione dei ribosomi
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De novo Identification of Actively Translated Open Reading Frames with Ribosome Profiling Data
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De novo Identificazione di frame di lettura aperti tradotti attivamente con dati di profilazione dei ribosomi

DOI:
10.3791/63366-v

•

08:23 min

•

February 18, 2022

•

, , ,
1School of Basic Medical Sciences,Xi’an Jiaotong University Health Science Center, 2MOE Key Laboratory of Bioinformatics, Center for Synthetic and Systems Biology, School of Life Sciences,Tsinghua University, 3Joint Graduate Program of Peking-Tsinghua-National Institute of Biological Science

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 01:01Environment Setup and RiboCode Installation
  • 01:23Data Preparation
  • 03:35Removing Ribosomal RNA Contamination
  • 03:59Aligning the Clean Reads to the Genome
  • 04:25Size Selection of Ribosome Protected Fragments, Identification of P-Sites, and De novo Annotate Translating Open Reading Frames
  • 04:59Results: Identification of the Novel Open Reding Frames (ORFs) with the Application of RiboCode
  • 07:20Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

La traduzione dei ribosomi decodifica tre nucleotidi per codone in peptidi. Il loro movimento lungo l'mRNA, catturato dalla profilazione dei ribosomi, produce le impronte che mostrano la periodicità caratteristica della tripletta. Questo protocollo descrive come utilizzare RiboCode per decifrare questa caratteristica prominente dai dati di profilazione dei ribosomi per identificare i frame di lettura aperti tradotti attivamente a livello di trascrittoma intero.

Tags

Keywords: Ribosome ProfilingTranslationOpen Reading FramesGenome-wideRiboCodeMRNAAnnotationRRNASequence Read ArchiveAlignment

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