A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Chapters
- 00:04Introduction
- 01:01Environment Setup and RiboCode Installation
- 01:23Data Preparation
- 03:35Removing Ribosomal RNA Contamination
- 03:59Aligning the Clean Reads to the Genome
- 04:25Size Selection of Ribosome Protected Fragments, Identification of P-Sites, and De novo Annotate Translating Open Reading Frames
- 04:59Results: Identification of the Novel Open Reding Frames (ORFs) with the Application of RiboCode
- 07:20Conclusion
ترجمة الريبوسومات فك تشفير ثلاثة نيوكليوتيدات لكل كودون إلى الببتيدات. حركتها على طول الحمض النووي الريبوزي المرسال ، التي تم التقاطها بواسطة التنميط الريبوسومي ، تنتج آثار أقدام تظهر دورية ثلاثية مميزة. يصف هذا البروتوكول كيفية استخدام RiboCode لفك شفرة هذه الميزة البارزة من بيانات التنميط الريبوسومي لتحديد إطارات القراءة المفتوحة المترجمة بنشاط على مستوى النسخ الكامل.
