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通过旗-生物素串联纯化通过交叉链接和免疫沉淀对蛋白质-RNA相互作用进行转录组-全过程分析
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JoVE Journal Genetics
Transcriptome-Wide Profiling of Protein-RNA Interactions by Cross-Linking and Immunoprecipitation Mediated by FLAG-Biotin Tandem Purification
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通过旗-生物素串联纯化通过交叉链接和免疫沉淀对蛋白质-RNA相互作用进行转录组-全过程分析

DOI:
10.3791/60730-v

•

08:46 min

•

May 18, 2020

•

, ,
1Tsinghua-Peking Center for Life Sciences, School of Medicine and School of Life Sciences,Tsinghua University, 2Department of Molecular Biology,University of Texas Southwestern Medical Center

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:41Crosslinking
  • 02:44Immunoprecipitation
  • 05:31Dephosphorylation and PNK Treatment
  • 06:53Results: WDR43 and LIN28 FbioCLIP-seq
  • 08:17Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

在这里，我们提出了一个改进的 CLIP-seq 协议， 称为 FbioCLIP-seq 与 FLAG 生物素串联纯化，以确定哺乳动物细胞中RNA结合蛋白（RBPs）的RNA靶点。

Tags

Protein-RNA InteractionsCLIP-seqFLAG-BiotinTranscriptome-wide ProfilingRBPsMammalian CellsDirect Protein-bound RNAsIsotope-freeSDS-PAGEMembrane TransferMouse Embryonic Stem CellsUV Cross-linkingCell LysisDNase I TreatmentFLAG BeadsFLAG Peptide Elution

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