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Transcriptome-Wide Profiling of Protein-RNA Interactions by Cross-Linking and Immunoprecipitation Mediated by FLAG-Biotin Tandem Purification

Transcriome-Wide Perfil de Interações Protein-RNA por Cross-Linking e Imunoprecipitação Mediada pela Flag-Biotin Tandem Purification

DOI:
10.3791/60730-v

•

08:46 min

•

May 18, 2020

•

, ,
1Tsinghua-Peking Center for Life Sciences, School of Medicine and School of Life Sciences,Tsinghua University, 2Department of Molecular Biology,University of Texas Southwestern Medical Center

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:41Crosslinking
  • 02:44Immunoprecipitation
  • 05:31Dephosphorylation and PNK Treatment
  • 06:53Results: WDR43 and LIN28 FbioCLIP-seq
  • 08:17Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Aqui apresentamos um protocolo clip-seq modificado chamado FbioCLIP-seq com purificação de tandem FLAG-biotin para determinar os alvos do RNA de proteínas de ligação de RNA (RBPs) em células de mamíferos.

Tags

Protein-RNA InteractionsCLIP-seqFLAG-BiotinTranscriptome-wide ProfilingRBPsMammalian CellsDirect Protein-bound RNAsIsotope-freeSDS-PAGEMembrane TransferMouse Embryonic Stem CellsUV Cross-linkingCell LysisDNase I TreatmentFLAG BeadsFLAG Peptide Elution

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