Journal
/
Genetics
/
Transkriptom-Wide Profilering av protein-RNA interaktioner genom cross-linking och immunoprecipitation medierad av FLAG-Biotin Tandem Rening
JoVE Journal
Genetics
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Genetics
Transcriptome-Wide Profiling of Protein-RNA Interactions by Cross-Linking and Immunoprecipitation Mediated by FLAG-Biotin Tandem Purification
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Transkriptom-Wide Profilering av protein-RNA interaktioner genom cross-linking och immunoprecipitation medierad av FLAG-Biotin Tandem Rening

DOI:
10.3791/60730-v

•

08:46 min

•

May 18, 2020

•

, ,
1Tsinghua-Peking Center for Life Sciences, School of Medicine and School of Life Sciences,Tsinghua University, 2Department of Molecular Biology,University of Texas Southwestern Medical Center

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:41Crosslinking
  • 02:44Immunoprecipitation
  • 05:31Dephosphorylation and PNK Treatment
  • 06:53Results: WDR43 and LIN28 FbioCLIP-seq
  • 08:17Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Här presenterar vi en modifierad CLIP-seq protokoll som kallas FBIOCLIP-seq med FLAG-biotin tandem rening för att fastställa RNA-mål för RNA-bindande proteiner (RBPs) i däggdjursceller.

Tags

Protein-RNA InteractionsCLIP-seqFLAG-BiotinTranscriptome-wide ProfilingRBPsMammalian CellsDirect Protein-bound RNAsIsotope-freeSDS-PAGEMembrane TransferMouse Embryonic Stem CellsUV Cross-linkingCell LysisDNase I TreatmentFLAG BeadsFLAG Peptide Elution

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Analys av c-KIT-ligand-promotorn med användning av kromatinimmunfällning

Utredning av RNA-syntes med 5-Bromouridine märkning och Immunoprecipitation

Arrangören Capture-C: Högupplösta, Genome-wide profilering av promotorn interaktioner

Kromatin Immunoprecipitation av murina Brun fettvävnad

Multi-Locus variabel-antal tandem-upprepa analys av den fisk-patogena bakterien yersinia ruckeri av MULTIPLEX PCR och kapillärelektrofores

CRISPR/Cas9 Ribonucleoprotein-medierad exakt gen redigering av Tube Electroporation

Ett test för att kvantifiera protein-RNA-bindning i bakterier

Identifiering av spår av RNA: protein komplex via RNA immunoprecipitation i tandem följt av sekvensering (RIPiT-SEQ)

Transformering, genom-redigering och fenotypning av kvävefixerande tropiska Cannabaceae träd Parasponia andersonii

Inducera Hairy Roots av Agrobacterium rhizogenes-medierad transformation i tartary bovete (Fagopyrum tataricum)

Read Article