A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Chapters
- 00:04Introduction
- 01:01Environment Setup and RiboCode Installation
- 01:23Data Preparation
- 03:35Removing Ribosomal RNA Contamination
- 03:59Aligning the Clean Reads to the Genome
- 04:25Size Selection of Ribosome Protected Fragments, Identification of P-Sites, and De novo Annotate Translating Open Reading Frames
- 04:59Results: Identification of the Novel Open Reding Frames (ORFs) with the Application of RiboCode
- 07:20Conclusion
Oversættelse af ribosomer afkoder tre nukleotider pr. Codon til peptider. Deres bevægelse langs mRNA, fanget ved ribosomprofilering, producerer fodsporene, der udviser karakteristisk tripletperioditet. Denne protokol beskriver, hvordan du bruger RiboCode til at dechiffrere denne fremtrædende funktion fra ribosomprofileringsdata for at identificere aktivt oversatte åbne læserammer på hele transkriptomniveau.
