As árvores filogenéticas existem em muitas formas. É importante a sequência em que os organismos são dispostos da base para o topo da árvore, mas os galhos podem rodar nos seus nós sem alterar a informação. As linhas que ligam nós individuais podem ser retas, angulares ou até curvas.
O comprimento dos ramos pode representar o tempo ou a quantidade relativa de mudança entre os organismos. Por exemplo, o comprimento do ramo pode indicar o número de alterações de aminoácidos na sequência que está por trás da árvore filogenética. O significado exato deve ser mostrado claramente em uma legenda que acompanha a árvore filogenética. Se tal legenda não estiver presente, o comprimento do ramo é arbitrário, e o leitor não deve inferir qualquer informação.
As árvores podem ou não ter uma raiz. A árvore é desenraizada se o ancestral comum mais recente de todos os organismos de interesse é desconhecido. Neste caso, a representação das relações filogenéticas assemelha-se a um floco de neve, não a uma árvore. O cientista pode enraizar a árvore incluindo um grupo externo na análise. Um grupo externo é um organismo que não está intimamente relacionado com nenhum dos organismos que o cientista deseja organizar na árvore.
