계통수(phylogenetic tree)는 여러 가지 형태가 있습니다. 유기체가 나무의 바닥에서 꼭대기까지 배치되는 순서가 중요하지만 분기(branch; 나뭇가지에 해당)는 정보를 변경하지 않고 분기점(node)에서 회전할 수 있습니다. 개별 분기점을 연결하는 선은 직선, 사선, 또는 곡선일 수 있습니다.
분기의 길이는 시간이나 유기체들 사이의 상대적 변화량을 나타낼 수 있습니다. 예를 들어 분기 길이는 계통수의 기초가 되는 서열과 분기로 연결된 유기체의 서열 사이 아미노산 변화 수를 나타낼 수 있습니다. 분기의 정확한 의미는 계통수에 수반되는 범례에 명시해야 합니다. 이러한 범례가 없는 경우 분기 길이는 임의이며, 이 계통수를 보는 사람은 길이에 대해 어떤 정보도 추론해서는 안 됩니다.
계통수는 뿌리가 있을 수도 있고 없을 수도 있습니다. 관심 있는 모든 유기체의 가장 최근의 공통조상(common ancestor)을 알 수 없다면 나무는 뿌리가 없습니다. 이 경우 계통발생적 관계의 묘사는 나무가 아니라 눈송이를 닮았습니다. 과학자는 분석에 외군(outgroup)을 포함시킴으로써 계통수의 뿌리를 내릴 수 있습니다. 외군은 과학자들이 계통수에 배치된 어떤 유기체와도 밀접하게 연관되지 않은 유기체입니다.
