Den gyldne standard for DNA methylering analyse er genomiske sekventering af bisulfit konverteret DNA. Denne metode benytter sig af den øgede følsomhed cytosin sammenlignet med 5-methylcytosine (5-MEC) til bisulfit deaminering under sure betingelser. Unmethylated cytosines kan skelnes fra methyleres cytosines efter PCR-amplifikation af målet genomisk DNA.