Gullstandarden for DNA metylering analyse er genomisk sekvensering av bisulphite konvertert DNA. Denne metoden tar fordel av den økte følsomheten av cytosin, sammenlignet med 5-methylcytosine (5-MEC) til bisulphite deaminering henhold sure forhold. Unmethylated cytosines kan skilles fra denaturert cytosines etter PCR forsterkning av målet genomisk DNA.