Золотым стандартом для анализа ДНК метилирования геномной последовательности бисульфита преобразованы ДНК. Этот метод использует преимущества повышенной чувствительности цитозина по сравнению с 5-метилцитозин (5-MEC), чтобы бисульфита дезаминирования в кислой среде. Неметилированный цитозина можно отличить от метилированных цитозина после ПЦР-амплификации геномной ДНК мишени.