Journal
/
Biology
/
DamID-seq: Genome-wide Kartlegging av Protein-DNA Interaksjoner med høy gjennomstrømning Sekvensering av adenin-metylert DNA-fragmenter
JoVE Journal
Biology
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Biology
DamID-seq: Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions by High Throughput Sequencing of Adenine-methylated DNA Fragments

DamID-seq: Genome-wide Kartlegging av Protein-DNA Interaksjoner med høy gjennomstrømning Sekvensering av adenin-metylert DNA-fragmenter

DOI:
10.3791/53620-v

•

09:14 min

•

January 27, 2016

•

, ,
1Department of Cell Biology,Yale University School of Medicine

Chapters

  • 00:05Title
  • 00:58Generation and Expression of Fusion Proteins and Free Dam Proteins
  • 03:12Library Preparation: Fragmentation
  • 05:29Library Preparation: Size Selection
  • 07:26Results: Detecting Lamin B1 Binding Regions on the Mouse Chromosome One
  • 08:20Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Vi beskriver her en analyse ved kobling DNA adenin metyltransferase identifikasjon (DamID) til høy throughput sekvensering (DamID-seq). Denne fremgangsmåte gir en høyere oppløsning og et større dynamisk område, og gjør det mulig å analysere DamID-seq data i forbindelse med andre høy gjennomstrømning sekvenseringsdata, for eksempel chip-seq, RNA-seq, etc.

Tags

DamID-seqGenome-wide MappingProtein-DNA InteractionsHigh Throughput SequencingAdenine-methylated DNA FragmentsNuclear OrganizationTranscription RegulationMammalian CellsGenomic RegionsAmyloidTranscription FactorsHigh ResolutionDNA MicroarraysCross-analysisGene CloningDamID VectorLentiviral StocksLentiviral Expression SystemCotransfectionLentivirus Infection

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

check_url/53620?article_type=v

Electroeluting DNA Fragments
check_url/53620?article_type=v

Kvantitative og Automated High-throughput Genome-wide RNAi skjermer i C. elegans</em
check_url/53620?article_type=v

High-throughput Fysisk Kartlegging av kromosomer som bruker Automated<em> In situ</em> Hybridisering
check_url/53620?article_type=v

Genome-wide Gene Deletions in Streptococcus sanguinis by High Throughput PCR
check_url/53620?article_type=v

Generasjon av høy kvalitet Chromatin immunoprecipitation DNA Mal for High-throughput sekvensering (ChIP-seq)
check_url/53620?article_type=v

Kombinere Single-molekyl Manipulasjon og bildebehandling for studier av protein-DNA interaksjoner
check_url/53620?article_type=v

Meget Effektiv Ligering av små RNA molekyler for mikroRNA kvantifisering av høy gjennomstrømming Sequencing
check_url/53620?article_type=v

Målrettet DNA Metylering Analyse av Neste-generasjons sekvense
check_url/53620?article_type=v

Høy gjennomstrømming Screening for kjemi modulatorer av Post-transcriptionally Regulerte Gener
check_url/53620?article_type=v

Chromatin Immunutfelling analyse for identifikasjon av Arabidopsis Protein-DNA interaksjoner<em> I Vivo</em

Read Article