Embora a digestão de proteínas, carboidratos e lípidos possa começar no estômago, ela é completada no intestino. A absorção de nutrientes, água e eletrólitos de alimentos e bebidas também ocorre no intestino. O intestino podem ser dividido em dois órgãos estruturalmente distintos: os intestinos delgado e grosso.
O intestino delgado é um tubo de ~22 metros de comprimento com um diâmetro interno de apenas 2,5 cm. Uma vez que a maioria dos nutrientes são absorvidos aqui, o revestimento interno do intestino delgado é altamente complexo e coberto por extensões semelhantes a dedos chamadas vilosidades, cada uma contendo centenas de microvilosidades. As dobras, vilosidades e microvilosidades do intestino delgado amplificam a área superficial de absorção de 60 a 120 vezes. O aumento da área da superfície oferece ampla oportunidade para que os nutrientes sejam absorvidos.
O intestino delgado está ligado ao estômago através do esfíncter pilórico, que se fecha quando o quimo se move para o duodeno—o início do intestino delgado. A parte média e maior do intestino delgado é o jejuno. O íleo termina o intestino delgado, onde se liga ao intestino grosso através da válvula ileocecal.
O intestino grosso começa no ceco. O apêndice, uma pequena estrutura linfática, está pendurada no fundo do ceco. Acima do ceco, começa o cólon ascendente seguido pelo cólon transversal. Eles absorvem a maior parte da água e eletrólitos restantes do quimo, transformando-o em fezes. O cólon descendente, o cólon sigmóide e o reto armazenam as fezes até à sua eliminação através do ânus.
No geral, o intestino grosso tem cerca de 1,5 m de comprimento com diâmetro interno de 4,8 cm. Não contém dobras e vilosidades, mas as células epiteliais absorptivas têm microvilosidades. O intestino grosso abriga um ecossistema bacteriano, que realiza as fases finais da digestão—quebrando a celulose e fibras, compostos que o estômago e o intestino delgado estão mal equipados para processar.
O intestino grosso contém mais de 700 espécies diferentes de bactérias. Acredita-se que a diversidade bacteriana esteja relacionada com a obesidade e o desenvolvimento da diabetes tipo 2. Os indivíduos obesos têm menos estirpes bacterianas do que os seus equivalentes não obesos. A baixa diversidade bacteriana também tem sido associada a resistência à insulina. O ecossistema bacteriano intestinal—o bioma intestinal—é estabelecido logo após o nascimento, com os bebés que são amamentados desenvolvendo o seu bioma intestinal a partir de bactérias presentes no leite materno. Após o nascimento, o bioma é moldado pela genética, dieta, idade, sexo e sistema imunitário. Fatores externos como dieta, estado de saúde, medicamentos e localização geográfica também influenciam significativamente a complexidade do bioma intestinal.
