Nas células eucarióticas, os transcriptos criados pela RNA polimerase são modificados e processados antes de sairem do núcleo. O RNA não processado é chamado de mRNA precursor ou pré-mRNA, para distingui-lo do mRNA maduro.
Assim que cerca de 20-40 ribonucleótidos tenham sido ligados pela RNA polimerase, um grupo de enzimas adiciona uma “tampa” na extremidade 5’ do transcripto em crescimento. Nesse processo, um fosfato em 5’ é substituído por guanosina modificada que tem um grupo metilo ligado a ela. Esta tampa em 5’ ajuda a célula a distinguir o mRNA de outros tipos de RNA na célula e desempenha um papel na tradução subsequente.
Durante ou logo após a transcrição, um grande complexo chamado o spliceossoma corta várias porções do transcripto de pré-mRNA, juntando as sequências restantes. As sequências de RNA que permanecem no transcripto são chamadas de “exões” (sequências expressas) enquanto que as partes removidas são chamadas de “intrões”. Curiosamente, um único segmento de RNA pode ser um exão em um tipo de célula e um intrão em outro. Da mesma forma, uma única célula pode conter múltiplas variantes de um transcripto genético devido a splicing alternativo, permitindo a produção de múltiplas proteínas a partir de um único gene.
Quando a transcrição é concluída, uma enzima adiciona aproximadamente 30-200 nucleótidos de adenina ao terminal 3’ da molécula de pré-mRNA. Esta cauda poli-A protege o mRNA da degradação no citoplasma. O mRNA maduro sai então do núcleo para a tradução.