Вирусный рост и методы

Source: Tang, N., et al. Generating Recombinant Avian Herpesvirus Vectors with CRISPR/Cas9 Gene Editing. J. Vis. Exp. (2019)This video demonstrates the clonal isolation and PCR-based screening of recombinant herpesvirus following site-specific excision of a GFP marker. Fluorescence-activated cell sorting is used to isolate non-fluorescent infected cells, and junction PCR confirms retention of the target gene in GFP-negative clones.

Source: Cross, T., et al. An Optimized Enrichment Technique for the Isolation of Arthrobacter Bacteriophage Species from Soil Sample Isolates. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates the isolation of Arthrobacter bacteriophages from a soil sample using enrichment and plaque assay techniques. It highlights the infection, amplification, and visualization of phages as clear lysis zones formed on a bacterial lawn.

Source: Morales Vasquez, D., et al. Live Imaging and Quantification of Viral Infection in K18 hACE2 Transgenic Mice Using Reporter-Expressing Recombinant SARS-CoV-2. J. Vis. Exp. (2021)This video demonstrates the protocol for carrying out plaque assay–based viral titration for quantifying infectious virus levels in tissue sample collected from a virus–infected mouse model.

Source: Vijayraghavan, S., Kantor, B. A Protocol for the Production of Integrase-deficient Lentiviral Vectors for CRISPR/Cas9-mediated Gene Knockout in Dividing Cells. J. Vis. Exp. (2017).This video demonstrates the procedure for generating recombinant viral particles by transfecting embryonic kidney cells with plasmids encoding viral proteins and a gene of interest.

Source: Rustad, M., et.al. Synthesis of Infectious Bacteriophages in an E. coli-based Cell-free Expression System. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the purification of bacteriophages from a suspension containing host bacterial debris using a sucrose density gradient. It shows how the density gradient separates phages by buoyant density, enabling recovery of a visible band for resuspension and further analysis.

Source: Brauer, R. et al., Influenza Virus Propagation in Embryonated Chicken Eggs. J. Vis. Exp. (2015)This video demonstrates the synthesis and harvest of the influenza virus in fertilized chicken eggs. The virus is inoculated into the allantoic cavity, where it replicates in epithelial cells and buds into the allantoic fluid, which is then collected and stored for downstream applications.

Source: Nguyen, H., et al. Growth, Purification, and Titration of Oncolytic Herpes Simplex Virus. J. Vis. Exp. (2021).This video demonstrates the propagation and harvesting of oncolytic herpes simplex virus in mammalian cell cultures, highlighting viral entry, replication, and the recovery of virus-loaded cells. It further shows methods for preserving infected cells for downstream processing.

Source: Nguyen, H., et al. Growth, Purification, and Titration of Oncolytic Herpes Simplex Virus. J. Vis. Exp. (2021)This video demonstrates the purification of an oncolytic virus from infected mammalian cell cultures using nuclease treatment, sequential centrifugation, membrane filtration, and sucrose cushion centrifugation.

Source: Huang, D., et al. Mosquito-Associated Virus Isolation from Field-Collected Mosquitoes. J. Vis. Exp. (2022).This video demonstrates the step-by-step procedure for the in vitro isolation of mosquito-associated viruses from mosquito homogenates using fibroblast-like mammalian cells.

Source: Eggers, C. H. Phage-Mediated Genetic Manipulation of the Lyme Disease Spirochete Borrelia burgdorferi. J. Vis. Exp. (2022).This video demonstrates the isolation of borrelial phage particles from a Borrelia burgdorferi suspension using polyethylene glycol-mediated phase separation. The sample is centrifuged, treated with a salt solution, and a molecular crowding agent to precipitate phages. Chloroform extraction is done to remove debris and concentrate phage particles. The purified phage...

Source: Pett, N., et al. T4 Bacteriophage and E. coli Interaction in the Murine Intestine: A Prototypical Model for Studying Host-Bacteriophage Dynamics In Vivo. J. Vis. Exp. (2024)This video demonstrates the purification of bacteriophages from bacterial cell lysates using sequential centrifugation, membrane filtration, chloroform extraction, centrifugal filtration, and buffer exchange to obtain a purified phage preparation.

Source: Van Lidth de Jeude, et al. A Protocol for Lentiviral Transduction and Downstream Analysis of Intestinal Organoids. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates the process of producing viral particles through transfection of embryonic kidney cells with plasmid–polyethylenimine complexes, which leads to viral genome expression, particle assembly, and virus collection in the medium.

Source: Saragliadis, A., et al. Producing Gene Deletions in Escherichia coli by P1 Transduction with Excisable Antibiotic Resistance Cassettes. J. Vis. Exp.(2018)This video demonstrates preparation of a bacteriophage lysate containing transducing particles. A donor strain is infected, plaques form, and the soft agar overlay is processed with chloroform to yield a clarified lysate for downstream analysis.

Подготовьте два наконечника для пипеток с широким отверстием, отрезав 2–4 мм от конца наконечника объемом 20 мкл с помощью нового лезвия бритвы или скальпеля на чистой поверхности. ПРИМЕЧАНИЕ: Эти наконечники будут использоваться на этапах 1.3 и 1.5.

ПРИМЕЧАНИЕ: Этапы 1.1–1.3 следует проводить внутри бокса биологической безопасности. В частности, работа с супернатантом культуры, содержащим инфекционный вирус, должна осуществляться в условиях уровня биологической безопасности 2 (или выше).

Источник: Дембовски, Дж. А., и др.Очистка вирусной ДНК для идентификации ассоциированных вирусных и клеточных белков. J. Vis. Exp.. (2017).В данном видео демонстрируется выделение комплексов белок–вирусная ДНК из ядер клеток с использованием клик-химии и очистки на магнитных частицах. Протокол включает мечение вирусных геномов нуклеотидами, модифицированными алкином, биотинилирование посредством клик-реакции и связывание с магнитными частицами, покрытыми стрептавидином. После промывки и...

Источник: Дин Дж. и др., Подготовка rAAV9 для гиперэкспрессии или нокдауна генов в сердцах мышей. J. Vis. Exp. (2016)В данном видео показана очистка рекомбинантных вирусных частиц из трансфицированных клеток почек человека. Вирус высвобождается путем лизиса при замораживании-оттаивании и очищается с использованием градиентов иодиксанола с фильтрацией при помощи блок-сополимера.

Source: Rustad, M. et al. Synthesis of Infectious Bacteriophages in an E. coli-based Cell-free Expression System. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the amplification and recovery of infectious bacteriophages from E. coli cultures. It outlines the steps for plaque isolation, phage replication, controlled lysis, and purification.

Source: Wang, M., et al, Evaluation of T Follicular Helper Cells and Germinal Center Response During Influenza A Virus Infection in Mice. J. Vis. Exp. (2020).This video demonstrates intranasal infection of a mouse with a pathogenic influenza virus to establish a respiratory tract infection. The procedure outlines the administration of the virus into the nasal cavity. The virus enters host cells, replicates, and activates the immune system.

Source: Asad, S., et al. Quantification of Antibody-dependent Enhancement of the Zika Virus in Primary Human Cells. J. Vis. Exp. (2019)This video demonstrates antibody-dependent enhancement of Zika virus infection in human primary macrophages, using dengue antibody–virus complexes to model how cross-reactive antibodies facilitate Fcγ receptor–mediated viral entry and replication for studying infection mechanisms and immune interactions.

Source: Klaus, J. P., et al Highly Sensitive Assay for Measurement of Arenavirus-cell Attachment. J. Vis. Exp. (2016).This video demonstrates how to measure arenavirus attachment to monkey kidney cells. The assay uses low temperatures to block endocytosis and isolate the virus binding step. The approach enables precise quantification of surface-bound virus particles under conditions that restrict internalization.

Source: Fernández-Fernández, R., et. al. Bacteriophage Removal from Infected Salmonella Cultures. J. Vis. Exp. (2024)This video demonstrates the use of exogenous LPS (Lipopolysaccharide) as a receptor mimic to inactivate lytic bacteriophages in Salmonella cultures. Through sequential incubation, centrifugation, and washing, phages are eliminated, resulting in a viable, phage-free bacterial suspension for downstream applications.

Проведение анализа VbMS на основе PVX у растений картофеля. Пересадите 4-недельные растения картофеля, выращенные in vitro, в почву. Через 3–4 дня после пересадки растения подвергнут анализу VbMS. Инокулируйте растения картофеля Agrobacterium, содержащими плазмиды PVX-STTM (короткие тандемные мимики мишеней). ПРИМЕЧАНИЕ: Для анализа VbMS у картофеля инфильтрация, опосредованная Agrobacterium, и инокуляция методом процарапывания зубочисткой проводятся одновременно. Отоберите положительные...

Кокультивирование. Подсчитайте количество клеток с помощью гемоцитометра, затем осадите 50 0 клеток (80 x g в течение 5 мин при 23 °C) на каждую лунку, предназначенную для анализа (как донорских, так и таргетных клеток). Ресуспендируйте клетки в концентрации 1 x 10⁶ клеток/мл в полной среде RPMI (Roswell Park Memorial Institute) без пуромицина. В одну плашку добавьте по 25 мкл суспензии донорских клеток в каждую лунку; в другую плашку добавьте по 25 мкл таргетных клеток. В каждую лунку добавьте...

Источник: Йейтс, Дж. Г. Э., и др. Получение рекомбинантного вируса болезни Ньюкасла высокого титра из аллантоисной жидкости. J. Vis. Exp. (2022)В видео демонстрируются процессы очистки и концентрирования вирусных частиц из осветленной аллантоической жидкости, полученной из инфицированных вирусом куриных эмбрионов. Показана серия этапов фильтрации и разделения, включая глубинную фильтрацию, тангенциальную поточную фильтрацию и ультрацентрифугирование в градиенте плотности для выделения интактных...

Source: Zhang, L., et al. Immunofluorescent Labeling of Plant Virus and Insect Vector Proteins in Hemipteran Guts. J. Vis. Exp. (2021)The video demonstrates the preparation of gut tissue from a plant virus–infected insect vector for fluorescence imaging. Fixed guts were washed, permeabilized, and incubated with two fluorescent antibodies in a blocking solution—one targeting a viral antigen in vesicles, the other a vesicle-associated membrane protein. The tissue was counterstained for actin...

Source: Schaeffer, J. W., Chandler, et al. Detection of Viruses from Bioaerosols Using Anion Exchange Resin. J. Vis. Exp. (2018).This video demonstrates the detection of viruses from bioaerosols using an anion exchange resin. A liquid impinger containing the resin is used to capture viruses from the air. The resin is collected and treated with a virus lysis buffer containing carrier RNA. The lysate is transferred to a microcentrifuge tube for viral RNA isolation, followed by qRT-PCR to amplify...

Source: Yuan, M., et al. A Simple and Efficient Approach to Construct Mutant Vaccinia Virus Vectors. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the process of performing a fluorescent plaque assay using recombinant vaccinia virus encoding red fluorescent protein (RFP) in fibroblast cells, followed by plaque isolation and purification for further analysis.

Source: Williams, S. M. et al. Novel Atomic Force Microscopy Based Biopanning for Isolation of Morphology Specific Reagents against TDP-43 Variants in Amyotrophic Lateral Sclerosis. J. Vis. Exp. (2015)This video demonstrates tapping-mode AFM to visualize phage–antigen interactions on a mica surface. It outlines the steps for antigen immobilization, phage binding, and high-resolution nanoscale imaging.

Source: DeMarino, C., et al. Purification of High Yield Extracellular Vesicle Preparations Away from Virus. J. Vis. Exp. (2019)The video demonstrates the separation of EVs from virions and other contaminants by density gradient centrifugation, followed by capture and concentration with hydrogel nanoparticles. Washed fractions are then ready for downstream identification of those enriched in EVs.

Source: Van Lidth de Jeude, J. F., et al. A Protocol for Lentiviral Transduction and Downstream Analysis of Intestinal Organoids. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates the processing of lentivirus-transduced mouse intestinal organoids for paraffin embedding, to enable their downstream analysis for assessing gene expression.

Source: Chen, H. et. al. Live Cell Imaging of the TGF-β/Smad3 Signaling Pathway In Vitro and In Vivo Using an Adenovirus Reporter System. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates the preparation of luciferase-expressing breast cancer cells using recombinant adenoviruses for in vivo imaging.

Source: Ren, S., et al. A Protocol for Analyzing Hepatitis C Virus Replication. J. Vis. Exp. (2014).This video demonstrates an immunofluorescence-based method to detect Hepatitis C virus replication in infected hepatoma cells. The protocol involves cell fixation, antibody staining for viral protein and double-stranded RNA, and visualization using fluorophore-tagged secondary antibodies. Dual signal detection under a fluorescence microscope confirms active viral replication within the host cells.

Source: Stauffer, S. et al. In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the pH-dependent disassembly of influenza A virus (IAV) cores using gradient ultracentrifugation. It outlines glycerol gradient preparation, ultracentrifugation, and how different pH conditions affect IAV core disassembly.

Source: Philip, A. A., et al., Simplified Reverse Genetics Method to Recover Recombinant Rotaviruses Expressing Reporter Proteins. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the isolation of rotavirus double-stranded RNA from clarified cell lysates. It further illustrates the separation and visualization of genome segments through polyacrylamide gel electrophoresis.

Source: Philip, A. A., et. al., Simplified Reverse Genetics Method to Recover Recombinant Rotaviruses Expressing Reporter Proteins. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates a plaque assay technique to monitor rotavirus infection in epithelial cells. Trypsin activation enhances viral entry, and staining highlights viable cells, enabling visualization of infection-induced plaques.

Source: Stauffer, S. et al., In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the effect of pH on the solubilization of influenza A viral cores. Gel electrophoresis and protein staining reveal the progressive disassembly of the core structure under acidic conditions.

Source: Moore, M. D., et al. Alternative In Vitro Methods for the Determination of Viral Capsid Structural Integrity. J. Vis. Exp. (2017)The video demonstrates a protocol for monitoring the heat-induced aggregation of virus-like particles using dynamic light scattering (DLS). It begins with preparing a monodisperse suspension of purified particles. The sample is then loaded into a preheated DLS instrument. As the capsid proteins denature with heat, exposed hydrophobic regions cause particle...

Source: Tran, B. N., et. al. High-throughput Confocal Imaging of Quantum Dot-Conjugated SARS-CoV-2 Spike Trimers to Track Binding and Endocytosis in HEK293T Cells. J. Vis. Exp. (2022)This video demonstrates the use of quantum dot–conjugated spike protein (QD-Spike) to visualize dose-dependent viral entry in ACE2-GFP–expressing cells. Confocal imaging captures the internalization of QD-Spike via receptor-mediated endocytosis, modeling early coronavirus entry.

Source: Mateer, E., et al., Confocal Imaging of Double-Stranded RNA and Pattern Recognition Receptors in Negative-Sense RNA Virus Infection. J. Vis. Exp. (2019)This video demonstrates the confocal imaging of viral double-stranded RNA (dsRNA) and cytoplasmic pattern recognition receptors (PRRs) in virus-infected epithelial cells. It highlights how antibody-based fluorescent labeling reveals the interaction between viral replication intermediates and host immune sensors.

Source: Xu, C., et al. An Efficient and Simple Method to Establish NK and T Cell Lines from Patients with Chronic Active Epstein-Barr Virus Infection. J. Vis. Exp. (2018).This video demonstrates the phenotyping of EBV-infected T and NK cell lines using flow cytometry, highlighting the preparation, antibody staining, and analysis steps to identify lineage-specific surface markers. It shows how marker profiles confirm distinct T-cell and NK-cell populations.

Source: Cross, T., et al. An Optimized Enrichment Technique for the Isolation of Arthrobacter Bacteriophage Species from Soil Sample Isolates. J. Vis. Exp.(2015)This video demonstrates the isolation of bacteriophages from a soil sample. A soil sample is collected and suspended in a phage buffer and allowed to settle the sediment. The extract is filtered, and nutrients are added. A vacuum filtration is done to remove microbial contaminants. The filtrate with phages is aliquoted into flasks, and...

Source: Allaire, A., et al. Immunofluorescence to Monitor the Cellular Uptake of Human Lactoferrin and its Associated Antiviral Activity Against the Hepatitis C Virus. J. Vis. Exp. (2015).The video demonstrates the procedure for preparing cells to assess the intracellular uptake and activity of an antiviral agent against the hepatitis C virus.

Source: Olety, B., et. al., Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle (GUV) Membranes. J. Vis. Exp. (2016)This study demonstrates a fluorescence-based assay to observe the membrane-binding behavior of human immunodeficiency virus type-1 structural protein. Using synthetic giant unilamellar vesicles as model membranes, the assay visualizes protein recruitment and assembly, mimicking early steps of viral particle formation.

Source: Lê-Bury, G., et al. Phagosome Migration and Velocity Measured in Live Primary Human Macrophages Infected with HIV-1. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates live confocal imaging of HIV-1-infected human macrophages to visualize and quantify phagosome migration using GFP fluorescence and bright field tracking, providing insights into how HIV alters intracellular trafficking during Fc receptor–mediated phagocytosis.

Источник: Vacca, O., et al. Использование аденоассоциированного вируса в качестве инструмента для изучения ретинальных барьеров при заболеваниях. J. Vis. Exp. (2015)В данном видео демонстрируется пошаговая процедура подготовки криосрезов сетчатки мыши для визуализации проницаемости аденоассоциированного вируса через поврежденные барьеры сетчатки.

Подготовьте подложечные сетки с углеродной пленкой (никелевые), предназначенные для ПЭМ. ПРИМЕЧАНИЕ: Проконсультируйтесь с сотрудниками центра коллективного пользования относительно рекомендуемых реагентов и правил работы с ними для использования на микроскопе данного центра. Сетки следует хранить в контейнере с десикантом или в вакуумной камере для минимизации воздействия влаги. Оторвите кусочки фильтровальной бумаги размером примерно 5 см x 5 см. Подготовьте стеклянные чашки Петри и...

2. Окрашивание ядер: Контрастное окрашивание ядер после иммуноокрашивания. Слейте PBST и нанесите DAPI (4',6-диамидино-2-фенилиндол) или выбранный краситель для ядер на 1 мин при комнатной температуре. Дважды промойте предметное стекло PBS в течение 10 мин при комнатной температуре с встряхиванием. Шах, Р., и др.Мультиплексная флуоресцентная визуализация на уровне отдельных клеток для визуализации вирусных нуклеиновых кислот и белков, а также мониторинга инфекции ВИЧ, HTLV, ВГВ, ВГС, вируса...

Источник: Поль, М. О. & Stertz, S. Измерение прикрепления и интернализации вируса гриппа А в клетках A549 методом проточной цитометрии. J. Vis. Exp. (2015)В данном видео демонстрируется использование анализа с блокировкой стрептавидином для разграничения вируса гриппа, связанного с поверхностью, и интернализованного вируса в эпителиальных клетках легких человека. Сравнение сигналов флуоресценции показывает, что более высокая интенсивность после инкубации указывает на успешную интернализацию...

Источник: Niu, Y. D., и др. Эффективность бактериофагов для биоконтроля пищевых патогенов, оцененная с помощью высокопроизводительных методов. J. Vis. Exp. (2021)В данном видео демонстрируется метод анализа с использованием микропланшетов для оценки литической активности коктейлей из фагов против E. coli бактериальных культур. В видео показано, как изменения оптической плотности позволяют определить активность фагов и концентрацию, необходимую для полного подавления роста...

Следующий протокол предполагает работу с вирусами. Пожалуйста, ознакомьтесь с протоколами биобезопасности вашего учреждения, касающимися безопасного обращения с вирусами и другими биологическими агентами. Данный протокол был одобрен Институциональным наблюдательным советом Университета Питтсбурга.

Крупномасштабное производство вирусного вектора на основе аденоассоциированных вирусов...

Электронная микроскопия. После первичной идентификации на предметных стеклах оцените наличие гигантского вируса с помощью электронной микроскопии супернатантов культур. Нанесите 5 мкл положительного образца на сетку, прошедшую свечения descarga (glow-discharge). Выдержите примерно 20 минут при комнатной температуре. Осторожно высушите сетку и нанесите на нее небольшую каплю 1% молибдата аммония на 10 секунд. Оставьте сетку до высыхания на 5 минут. Перейдите к электронной микроскопии при 200 кэВ.

Источник: Vallery, T. K. & Стейтц, Дж. А. Количественная флуоресцентная гибридизация in situ (FISH) и иммунофлуоресценция (IF) специфических продуктов генов в клетках, инфицированных KSHV. J. Vis. Exp. (2019)В данном видео демонстрируется метод флуоресцентной гибридизации in situ для визуализации вирусной РНК в инфицированных вирусом клетках. В нем описываются этапы гибридизации зондов, усиления сигнала и конфокальной микроскопии.

Источник: Ргей, А. Д., и др.Производство векторов на основе аденоассоциированного вируса в многослойных клеточных культурах для доклинических исследований на моделях крупных животных. J. Vis. Exp. (2021)В видео демонстрируется очистка векторов на основе рекомбинантного аденоассоциированного вируса (AAV) из сырого лизата клеток-хозяев с использованием аффинной матрицы на основе гепарина. Вирусные частицы связываются с иммобилизованным гепарином, в то время как примеси вымываются. Буфер с высокой...

Source: Rustad, M., et al. Synthesis of Infectious Bacteriophages in an E. coli-based Cell-free Expression System. J. Vis. Exp. (2017).This video demonstrates the synthesis of bacteriophages using a cell-free transcription–translation (TXTL) system. A master mix is prepared using a bacterial crude extract, an energy mix, an amino acid mix, an inhibitor for a DNA-degrading enzyme, and bacteriophage DNA, then incubated. The in vitro molecular machinery enables viral protein expression and DNA...

Source: Jamieson, T. R., et al. Detection of SARS-CoV-2 Neutralizing Antibodies using High-Throughput Fluorescent Imaging of Pseudovirus Infection. J. Vis. Exp. (2021)This video demonstrates the procedure for infecting mammalian cells with green fluorescent protein (GFP)-encoding pseudovirus, monitoring viral replication and spread by fluorescence microscopy, and collecting virus-containing supernatant for downstream applications.

Source: Yuan, M., et al. A Simple and Efficient Approach to Construct Mutant Vaccinia Virus Vectors. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the expansion of plaque-derived recombinant virus in adherent mammalian cells. The virus carries a fluorescent reporter in place of a virulent gene, enabling infection tracking. Infected cells are harvested for PCR verification of the genetic modification.

Source: Liu, P., et al. Use of a Recombinant Mosquito Densovirus As a Gene Delivery Vector for the Functional Analysis of Genes in Mosquito Larvae. J. Vis. Exp. (2017).This video demonstrates the process of isolating recombinant Aedes aegypti densovirus (rAaeDV) from infected mosquito-derived epithelial cells. The infected cells are collected and exposed to repeated freeze-thaw cycles for lysis. Lysate is centrifuged, and the supernatant containing viral particles is filtered, aliquoted, and...

Source: Philip, A. A., et al. Simplified Reverse Genetics Method to Recover Recombinant Rotaviruses Expressing Reporter Proteins. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the recovery of recombinant rotavirus by transfecting plasmids encoding viral genome segments into hamster kidney cells, followed by amplification in monkey epithelial cells, enabling studies of rotavirus biology, replication, and vaccine development.

Source: Prasad, M. et al. In Vitro Establishment of a Genetically Engineered Murine Head and Neck Cancer Cell Line using an Adeno-Associated Virus-Cas9 System. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the in vitro transformation of murine epithelial cells through viral delivery of Cre recombinase and mutation-inducing components. It outlines the steps for Cas9 activation, cancer-gene modification, and the establishment of a tumorigenic murine cell line.

Source: Ehrke-Schulz, E., et al. Cloning and Large-Scale Production of High-Capacity Adenoviral Vectors Based on the Human Adenovirus Type 5. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the large-scale amplification of high-capacity adenoviral vectors in suspension-adapted human embryonic kidney cells expressing Cre recombinase for use in gene delivery applications requiring high-titer, helper-free vector preparations.

Источник: Чанг, Х., и др.Подготовка псевдотипированных вирусов гриппа птиц H5 методом трансфекции фосфатом кальция и измерение нейтрализующей активности антител. J. Vis. Exp. (2021)В данном видео демонстрируется получение псевдовирусов гриппа в клетках человека с помощью трансфекции плазмид, опосредованной фосфатом кальция, что позволяет безопасно генерировать одноцикловые вирусные частицы для последующего использования, например, в тестах на нейтрализацию антителами в условиях уровня...

Источник: Nishitsuji, H., et al. Разработка репортерной системы вируса гепатита B для мониторинга ранних стадий цикла репликации. J. Vis. Exp. (2017)В данном видео демонстрируются методы получения и очистки рекомбинантных частиц вируса гепатита B, что позволяет создавать безопасные, репликативно-дефицитные вирусные препараты для изучения ранних этапов инфекции и для высокопроизводительного скрининга противовирусных препаратов.

Промойте 100 личинок Aedes albopictus первого возраста трижды деионизированной водой, затем перенесите личинок в стакан, содержащий 95 мл деионизированной воды. Добавьте 5 мл стока рекомбинантного денсовируса Aedes aegypti (rAaeDV) (конечная концентрация 1,00 x 10¹⁰ копий/мл).

Источник: Эггерс, К. Х. Фаг-опосредованная генетическая манипуляция спирохетой болезни Лайма Borrelia burgdorferi. J. Vis. Exp. (2022). В данном видео демонстрируется трансдукция генетически модифицированных спирохет Borrelia с использованием неинфекционных бактериофагов, осажденных полиэтиленгликолем и несущих плазмиду устойчивости к канамицину. После инкубации с бактериями культуру высевают на среду с добавлением антибиотика. Выживают и образуют колонии только те клетки, которые получили...

Источник: Meister, T. L., et al. Модель клеточной культуры для получения стоков вируса гепатита Е с высоким титром. J. Vis. Exp. (2020).В данном видео демонстрируется процесс выделения частиц вируса гепатита E (HEV) из трансфицированных клеток гепатоцеллюлярной карциномы человека. Внеклеточные вирусные частицы собирают из фильтрованных супернатантов, а внутриклеточные частицы высвобождают путем подвергания клеток повторяющимся циклам замораживания-оттаивания. Лизат центрифугируют, а...

Источник: Эрке-Шульц Э., и др.Клонирование и крупномасштабное производство высокоемких аденовирусных векторов на основе аденовируса человека 5-го типа. J. Vis. Exp. (2016)В данном видео демонстрируется очистка высокоемких аденовирусных векторов с помощью ультрацентрифугирования в градиенте хлорида цезия, что позволяет выделить вирионы, содержащие геном, для использования в доставке генов, характеристике векторов и доклинических терапевтических...

Source: Chang, X., et al. Preparation of Pseudo-Typed H5 Avian Influenza Viruses with Calcium Phosphate Transfection Method and Measurement of Antibody Neutralizing Activity. J. Vis. Exp. (2021)This video demonstrates a luciferase-based pseudovirus titration assay to determine the optimal target cell density for maximum infection. By comparing luminescence across cell densities, the method ensures high assay sensitivity and reproducibility for downstream applications.

Source: Chang, X., et al. Preparation of Pseudo-Typed H5 Avian Influenza Viruses with Calcium Phosphate Transfection Method and Measurement of Antibody Neutralizing Activity. J. Vis. Exp. (2021).This video demonstrates a luciferase-based assay to quantify pseudovirus infection in epithelial cells. The pseudovirus encodes the luciferase gene, which is expressed in infected cells. After washing, and cells are incubated with lysis buffer at an ultra-low temperature, and then thawed to induce lysis.

Source: Klaus, J. P. et al. Highly Sensitive Assay for Measurement of Arenavirus-cell Attachment. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the extraction of viral RNA from surface-bound virions on epithelial cells using silica spin columns. The method includes chemical lysis, RNA stabilization, and membrane-based purification for downstream quantification of virus-cell attachment.

Source: Ren, S., et al. A Protocol for Analyzing Hepatitis C Virus Replication. J. Vis. Exp. (2014).This video demonstrates the procedure for quantifying Hepatitis C viral RNA using quantitative reverse transcription PCR to measure viral load in infected cell cultures.

Source: Kadoya, S., Sano, D. Assays for the Specific Growth Rate and Cell-binding Ability of Rotavirus. J. Vis. Exp. (2019).This video demonstrates the use of a plaque assay to assess the rotavirus growth curve. The method involves infecting host cells with diluted virus, overlaying with agarose to restrict spread, and staining to visualize plaques formed by viral replication. By counting plaque-forming units at defined time points, the resulting growth curve reveals the lag, exponential, and...

Source: Fout, G. S., Cashdollar, J. L. EPA Method 1615. Measurement of Enterovirus and Norovirus Occurrence in Water by Culture and RT-qPCR. II. Total Culturable Virus Assay. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the use of a total culturable virus assay to quantify infectious viruses in water samples. It outlines host cell inoculation, observation of cytopathic effect, and statistical quantification of infectious virus concentration.

Source: Scarborough, R. J., et al. Evaluation of the Efficacy And Toxicity of RNAs Targeting HIV-1 Production for Use in Gene or Drug Therapy. J. Vis. Exp. (2016).This video demonstrates a reverse transcriptase (RT) assay to assess the effect of a test RNA on virus-like particle (VLP) production. Cells are co-transfected with plasmids, and RT activity is measured as a quantitative indicator of VLP output. A decrease in RT activity reflects suppression of viral gene expression by the test RNA.

Source: Manocheewa, S., et al. Pairwise Growth Competition Assay for Determining the Replication Fitness of Human Immunodeficiency Viruses. J. Vis. Exp. (2015)The video demonstrates the procedure for a growth competition assay to measure the relative replication fitness of two viral strains by comparing their replication in human immune cells.

Source: Frias-De-Diego and A., Crisci, E. Use of Crystal Violet to Improve Visual Cytopathic Effect-based Reading for Viral Titration using TCID50 Assays. J. Vis. Exp., (2022)This video demonstrates a crystal violet staining method to visualize cytopathic effects in virus-infected cell cultures. The pattern of stained and unstained wells across serial dilutions enables rapid, cost-effective estimation of the viral infectious dose.