Croissance virale et techniques

Source: Tang, N., et al. Generating Recombinant Avian Herpesvirus Vectors with CRISPR/Cas9 Gene Editing. J. Vis. Exp. (2019)This video demonstrates the clonal isolation and PCR-based screening of recombinant herpesvirus following site-specific excision of a GFP marker. Fluorescence-activated cell sorting is used to isolate non-fluorescent infected cells, and junction PCR confirms retention of the target gene in GFP-negative clones.

Source: Cross, T., et al. An Optimized Enrichment Technique for the Isolation of Arthrobacter Bacteriophage Species from Soil Sample Isolates. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates the isolation of Arthrobacter bacteriophages from a soil sample using enrichment and plaque assay techniques. It highlights the infection, amplification, and visualization of phages as clear lysis zones formed on a bacterial lawn.

Source: Morales Vasquez, D., et al. Live Imaging and Quantification of Viral Infection in K18 hACE2 Transgenic Mice Using Reporter-Expressing Recombinant SARS-CoV-2. J. Vis. Exp. (2021)This video demonstrates the protocol for carrying out plaque assay–based viral titration for quantifying infectious virus levels in tissue sample collected from a virus–infected mouse model.

Source: Vijayraghavan, S., Kantor, B. A Protocol for the Production of Integrase-deficient Lentiviral Vectors for CRISPR/Cas9-mediated Gene Knockout in Dividing Cells. J. Vis. Exp. (2017).This video demonstrates the procedure for generating recombinant viral particles by transfecting embryonic kidney cells with plasmids encoding viral proteins and a gene of interest.

Source: Rustad, M., et.al. Synthesis of Infectious Bacteriophages in an E. coli-based Cell-free Expression System. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the purification of bacteriophages from a suspension containing host bacterial debris using a sucrose density gradient. It shows how the density gradient separates phages by buoyant density, enabling recovery of a visible band for resuspension and further analysis.

Source: Brauer, R. et al., Influenza Virus Propagation in Embryonated Chicken Eggs. J. Vis. Exp. (2015)This video demonstrates the synthesis and harvest of the influenza virus in fertilized chicken eggs. The virus is inoculated into the allantoic cavity, where it replicates in epithelial cells and buds into the allantoic fluid, which is then collected and stored for downstream applications.

Source: Nguyen, H., et al. Growth, Purification, and Titration of Oncolytic Herpes Simplex Virus. J. Vis. Exp. (2021).This video demonstrates the propagation and harvesting of oncolytic herpes simplex virus in mammalian cell cultures, highlighting viral entry, replication, and the recovery of virus-loaded cells. It further shows methods for preserving infected cells for downstream processing.

Source: Nguyen, H., et al. Growth, Purification, and Titration of Oncolytic Herpes Simplex Virus. J. Vis. Exp. (2021)This video demonstrates the purification of an oncolytic virus from infected mammalian cell cultures using nuclease treatment, sequential centrifugation, membrane filtration, and sucrose cushion centrifugation.

Source: Huang, D., et al. Mosquito-Associated Virus Isolation from Field-Collected Mosquitoes. J. Vis. Exp. (2022).This video demonstrates the step-by-step procedure for the in vitro isolation of mosquito-associated viruses from mosquito homogenates using fibroblast-like mammalian cells.

Source: Eggers, C. H. Phage-Mediated Genetic Manipulation of the Lyme Disease Spirochete Borrelia burgdorferi. J. Vis. Exp. (2022).This video demonstrates the isolation of borrelial phage particles from a Borrelia burgdorferi suspension using polyethylene glycol-mediated phase separation. The sample is centrifuged, treated with a salt solution, and a molecular crowding agent to precipitate phages. Chloroform extraction is done to remove debris and concentrate phage particles. The purified phage...

Source: Pett, N., et al. T4 Bacteriophage and E. coli Interaction in the Murine Intestine: A Prototypical Model for Studying Host-Bacteriophage Dynamics In Vivo. J. Vis. Exp. (2024)This video demonstrates the purification of bacteriophages from bacterial cell lysates using sequential centrifugation, membrane filtration, chloroform extraction, centrifugal filtration, and buffer exchange to obtain a purified phage preparation.

Source: Van Lidth de Jeude, et al. A Protocol for Lentiviral Transduction and Downstream Analysis of Intestinal Organoids. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates the process of producing viral particles through transfection of embryonic kidney cells with plasmid–polyethylenimine complexes, which leads to viral genome expression, particle assembly, and virus collection in the medium.

Source: Saragliadis, A., et al. Producing Gene Deletions in Escherichia coli by P1 Transduction with Excisable Antibiotic Resistance Cassettes. J. Vis. Exp.(2018)This video demonstrates preparation of a bacteriophage lysate containing transducing particles. A donor strain is infected, plaques form, and the soft agar overlay is processed with chloroform to yield a clarified lysate for downstream analysis.

Source : Weger-Lucarelli, J., et al. Récupération et caractérisation du virus recombinant à partir d'un clone infectieux du virus Zika du Nouveau Monde. J. Vis. Exp. (2017)Ce vidéo montre la récupération du virus Zika infectieux par électroporation d'ARN transcrit in vitro. Le processus illustre comment l'ARN synthétique initie une infection et conduit à la réplication virale dans des cellules en culture.

Source : Mackler, R. M., et al. Assemblage et purification des intasomes du virus foamy prototype. J. Vis. Exp. (2018)Ce vidéo montre la purification des intasomes du virus foamy prototype (PFV) à partir d'une suspension mixte protéine-ADN en utilisant une extraction saline et une chromatographie d'exclusion stérique, produisant des complexes actifs destinés à des analyses ultérieures.

Source : Suzuki, Y., et al. Mesurer l'ARN du virus de la dengue dans le surnageant de culture de cellules infectées par réaction de polymérisation en chaîne quantitative en temps réel. J. Vis. Exp. (2018).Ce vidéo montre la procédure de préparation d'échantillons viraux pour l'analyse par PCR quantitative (réaction en chaîne par polymérase). Les échantillons viraux et les standards d'ARN sont dilués en série, traités avec un tampon de protéinase K, puis incubés à température contrôlée afin de...

Source : Dembowski, J. A., et al. Purification de l'ADN viral pour l'identification de protéines virales et cellulaires associées. J. Vis. Exp. (2017).Ce vidéo montre l'isolement de complexes ADN viral–protéines à partir de noyaux cellulaires à l'aide de la chimie click et de la purification par billes magnétiques. Le protocole consiste à marquer les génomes viraux avec des nucléotides modifiés par un alcyne, à les biotinylater par une réaction click, puis à les lier à des billes magnétiques...

Source : Ding, J. et. al., Préparation du rAAV9 pour surexprimer ou inhiber des gènes dans les cœurs de souris. J. Vis. Exp. (2016)Ce vidéo montre la purification de particules virales recombinantes à partir de cellules rénales humaines transfectées. Le virus est libéré par lyse par cycles de congélation-décongélation et purifié à l'aide de gradients d'iodixanol avec filtration assistée par copolymère à blocs.

Source : Rghei, A. D., et al. Production de vecteurs de virus associés aux adénovirus dans des empilements cellulaires pour des études précliniques chez des modèles animaux de grande taille. J. Vis. Exp. (2021)Ce vidéo montre la récupération du virus adéno-associé brut à partir de cellules de mammifères transfectées en utilisant une lyse chimique et une centrifugation, permettant une production élevée d'AAV pour des applications de purification en aval et de thérapie génique préclinique.

Source : Lopez Jr., M. A., et al. Détection et élimination de la contamination par les nucléases lors de la purification de l'intégrase recombinante du virus foamy prototype. J. Vis. Exp. (2017)Ce vidéo montre la purification de l'intégrase virale marquée par une polyhistidine à l'aide d'une chromatographie d'affinité au nickel. Le protocole utilise une élution par gradient d'imidazole pour isoler sélectivement l'intégrase en fonction de son affinité pour la résine chargée en nickel.

Source: Rustad, M. et al. Synthesis of Infectious Bacteriophages in an E. coli-based Cell-free Expression System. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the amplification and recovery of infectious bacteriophages from E. coli cultures. It outlines the steps for plaque isolation, phage replication, controlled lysis, and purification.

Source: Wang, M., et al, Evaluation of T Follicular Helper Cells and Germinal Center Response During Influenza A Virus Infection in Mice. J. Vis. Exp. (2020).This video demonstrates intranasal infection of a mouse with a pathogenic influenza virus to establish a respiratory tract infection. The procedure outlines the administration of the virus into the nasal cavity. The virus enters host cells, replicates, and activates the immune system.

Source: Asad, S., et al. Quantification of Antibody-dependent Enhancement of the Zika Virus in Primary Human Cells. J. Vis. Exp. (2019)This video demonstrates antibody-dependent enhancement of Zika virus infection in human primary macrophages, using dengue antibody–virus complexes to model how cross-reactive antibodies facilitate Fcγ receptor–mediated viral entry and replication for studying infection mechanisms and immune interactions.

Source: Klaus, J. P., et al Highly Sensitive Assay for Measurement of Arenavirus-cell Attachment. J. Vis. Exp. (2016).This video demonstrates how to measure arenavirus attachment to monkey kidney cells. The assay uses low temperatures to block endocytosis and isolate the virus binding step. The approach enables precise quantification of surface-bound virus particles under conditions that restrict internalization.

Source: Fernández-Fernández, R., et. al. Bacteriophage Removal from Infected Salmonella Cultures. J. Vis. Exp. (2024)This video demonstrates the use of exogenous LPS (Lipopolysaccharide) as a receptor mimic to inactivate lytic bacteriophages in Salmonella cultures. Through sequential incubation, centrifugation, and washing, phages are eliminated, resulting in a viable, phage-free bacterial suspension for downstream applications.

Source : Zhao, J., et al. Inhibition de microARN basé sur le virus X de la pomme de terre (VbMS) chez la pomme de terre. J. Vis. Exp. (2020).Ce vidéo montre l'utilisation de Agrobacterium tumefaciens pour délivrer un vecteur basé sur le virus X de la pomme de terre (PVX) à des plants de pomme de terre cultivés in vitro, afin d'induire un silençage des microARN fondé sur un virus (VbMS). La méthode permet une suppression systémique d'un microARN cible, permettant aux chercheurs d'étudier son...

Source : Esposito, A. M.,et al. Dosage à haut débit de la fusion membranaire virale activée par Cre-Lox pour identifier des inhibiteurs de la fusion membranaire du VIH-1. J. Vis. Exp. (2018)Ce vidéo montre un test fluorescent de co-culture permettant de surveiller la transmission virale de cellule à cellule. Le test utilise une cassette rapporteuse rouge-à-verte pour visualiser la fusion membranaire virale et évaluer l'efficacité de composés testés dans le blocage de l'entrée virale.

Source : Yates, J. G. E., et al. Production de virus recombinant de la maladie de Newcastle à haut titre à partir de liquide allantoïque. J. Vis. Exp. (2022)La vidéo démontre la purification et la concentration de particules virales à partir d'un liquide allantoïque clarifié, recueilli auprès d'œufs de poulet embryonnés infectés par un virus. Elle présente une série d'étapes de filtration et de séparation, notamment la filtration en profondeur, la filtration tangentielle et...

Source : Otter, C. J., et al. Infection de cellules épithéliales nasales primaires cultivées à l'interface air-liquide pour caractériser les interactions entre le coronavirus humain et l'hôte. J. Vis. Exp. (2023)Ce vidéo montre la croissance du coronavirus dans des cellules épithéliales nasales humaines cultivées à une interface air-liquide, imitant l'infection et la réplication virale dans la cavité nasale humaine.

Source: Zhang, L., et al. Immunofluorescent Labeling of Plant Virus and Insect Vector Proteins in Hemipteran Guts. J. Vis. Exp. (2021)The video demonstrates the preparation of gut tissue from a plant virus–infected insect vector for fluorescence imaging. Fixed guts were washed, permeabilized, and incubated with two fluorescent antibodies in a blocking solution—one targeting a viral antigen in vesicles, the other a vesicle-associated membrane protein. The tissue was counterstained for actin...

Source: Schaeffer, J. W., Chandler, et al. Detection of Viruses from Bioaerosols Using Anion Exchange Resin. J. Vis. Exp. (2018).This video demonstrates the detection of viruses from bioaerosols using an anion exchange resin. A liquid impinger containing the resin is used to capture viruses from the air. The resin is collected and treated with a virus lysis buffer containing carrier RNA. The lysate is transferred to a microcentrifuge tube for viral RNA isolation, followed by qRT-PCR to amplify...

Source: Yuan, M., et al. A Simple and Efficient Approach to Construct Mutant Vaccinia Virus Vectors. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the process of performing a fluorescent plaque assay using recombinant vaccinia virus encoding red fluorescent protein (RFP) in fibroblast cells, followed by plaque isolation and purification for further analysis.

Source: Williams, S. M. et al. Novel Atomic Force Microscopy Based Biopanning for Isolation of Morphology Specific Reagents against TDP-43 Variants in Amyotrophic Lateral Sclerosis. J. Vis. Exp. (2015)This video demonstrates tapping-mode AFM to visualize phage–antigen interactions on a mica surface. It outlines the steps for antigen immobilization, phage binding, and high-resolution nanoscale imaging.

Source: DeMarino, C., et al. Purification of High Yield Extracellular Vesicle Preparations Away from Virus. J. Vis. Exp. (2019)The video demonstrates the separation of EVs from virions and other contaminants by density gradient centrifugation, followed by capture and concentration with hydrogel nanoparticles. Washed fractions are then ready for downstream identification of those enriched in EVs.

Source: Van Lidth de Jeude, J. F., et al. A Protocol for Lentiviral Transduction and Downstream Analysis of Intestinal Organoids. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates the processing of lentivirus-transduced mouse intestinal organoids for paraffin embedding, to enable their downstream analysis for assessing gene expression.

Source: Chen, H. et. al. Live Cell Imaging of the TGF-β/Smad3 Signaling Pathway In Vitro and In Vivo Using an Adenovirus Reporter System. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates the preparation of luciferase-expressing breast cancer cells using recombinant adenoviruses for in vivo imaging.

Source: Ren, S., et al. A Protocol for Analyzing Hepatitis C Virus Replication. J. Vis. Exp. (2014).This video demonstrates an immunofluorescence-based method to detect Hepatitis C virus replication in infected hepatoma cells. The protocol involves cell fixation, antibody staining for viral protein and double-stranded RNA, and visualization using fluorophore-tagged secondary antibodies. Dual signal detection under a fluorescence microscope confirms active viral replication within the host cells.

Source: Stauffer, S. et al. In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the pH-dependent disassembly of influenza A virus (IAV) cores using gradient ultracentrifugation. It outlines glycerol gradient preparation, ultracentrifugation, and how different pH conditions affect IAV core disassembly.

Source: Philip, A. A., et al., Simplified Reverse Genetics Method to Recover Recombinant Rotaviruses Expressing Reporter Proteins. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the isolation of rotavirus double-stranded RNA from clarified cell lysates. It further illustrates the separation and visualization of genome segments through polyacrylamide gel electrophoresis.

Source: Philip, A. A., et. al., Simplified Reverse Genetics Method to Recover Recombinant Rotaviruses Expressing Reporter Proteins. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates a plaque assay technique to monitor rotavirus infection in epithelial cells. Trypsin activation enhances viral entry, and staining highlights viable cells, enabling visualization of infection-induced plaques.

Source: Stauffer, S. et al., In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the effect of pH on the solubilization of influenza A viral cores. Gel electrophoresis and protein staining reveal the progressive disassembly of the core structure under acidic conditions.

Source: Moore, M. D., et al. Alternative In Vitro Methods for the Determination of Viral Capsid Structural Integrity. J. Vis. Exp. (2017)The video demonstrates a protocol for monitoring the heat-induced aggregation of virus-like particles using dynamic light scattering (DLS). It begins with preparing a monodisperse suspension of purified particles. The sample is then loaded into a preheated DLS instrument. As the capsid proteins denature with heat, exposed hydrophobic regions cause particle...

Source: Tran, B. N., et. al. High-throughput Confocal Imaging of Quantum Dot-Conjugated SARS-CoV-2 Spike Trimers to Track Binding and Endocytosis in HEK293T Cells. J. Vis. Exp. (2022)This video demonstrates the use of quantum dot–conjugated spike protein (QD-Spike) to visualize dose-dependent viral entry in ACE2-GFP–expressing cells. Confocal imaging captures the internalization of QD-Spike via receptor-mediated endocytosis, modeling early coronavirus entry.

Source: Mateer, E., et al., Confocal Imaging of Double-Stranded RNA and Pattern Recognition Receptors in Negative-Sense RNA Virus Infection. J. Vis. Exp. (2019)This video demonstrates the confocal imaging of viral double-stranded RNA (dsRNA) and cytoplasmic pattern recognition receptors (PRRs) in virus-infected epithelial cells. It highlights how antibody-based fluorescent labeling reveals the interaction between viral replication intermediates and host immune sensors.

Source: Xu, C., et al. An Efficient and Simple Method to Establish NK and T Cell Lines from Patients with Chronic Active Epstein-Barr Virus Infection. J. Vis. Exp. (2018).This video demonstrates the phenotyping of EBV-infected T and NK cell lines using flow cytometry, highlighting the preparation, antibody staining, and analysis steps to identify lineage-specific surface markers. It shows how marker profiles confirm distinct T-cell and NK-cell populations.

Source: Cross, T., et al. An Optimized Enrichment Technique for the Isolation of Arthrobacter Bacteriophage Species from Soil Sample Isolates. J. Vis. Exp.(2015)This video demonstrates the isolation of bacteriophages from a soil sample. A soil sample is collected and suspended in a phage buffer and allowed to settle the sediment. The extract is filtered, and nutrients are added. A vacuum filtration is done to remove microbial contaminants. The filtrate with phages is aliquoted into flasks, and...

Source: Allaire, A., et al. Immunofluorescence to Monitor the Cellular Uptake of Human Lactoferrin and its Associated Antiviral Activity Against the Hepatitis C Virus. J. Vis. Exp. (2015).The video demonstrates the procedure for preparing cells to assess the intracellular uptake and activity of an antiviral agent against the hepatitis C virus.

Source: Olety, B., et. al., Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle (GUV) Membranes. J. Vis. Exp. (2016)This study demonstrates a fluorescence-based assay to observe the membrane-binding behavior of human immunodeficiency virus type-1 structural protein. Using synthetic giant unilamellar vesicles as model membranes, the assay visualizes protein recruitment and assembly, mimicking early steps of viral particle formation.

Source: Lê-Bury, G., et al. Phagosome Migration and Velocity Measured in Live Primary Human Macrophages Infected with HIV-1. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates live confocal imaging of HIV-1-infected human macrophages to visualize and quantify phagosome migration using GFP fluorescence and bright field tracking, providing insights into how HIV alters intracellular trafficking during Fc receptor–mediated phagocytosis.

Source : Vacca, O., et al. Utilisation du virus adéno-associé comme outil pour étudier les barrières rétiniennes dans les maladies. J. Vis. Exp. (2015)Ce vidéo montre la procédure étape par étape pour préparer des cryosections rétiniennes de souris afin de visualiser la perméabilité du virus adéno-associé à travers les barrières rétiniennes altérées.

Source : Vacca, O., et al. Utilisation du virus adéno-associé comme outil pour étudier les barrières rétiniennes dans les maladies. J. Vis. Exp. (2015).Ce vidéo montre la méthode de transfert génique médiée par AAV dans une rétine de souris transgénique, suivie de la dissection et de la coloration du tissu pour évaluer l'intégrité de la membrane limitante interne.

Source : Moore, M. D., et al. Méthodes alternatives in vitro pour la détermination de l'intégrité structurale de la capside virale. J. Vis. Exp.(2017).Ce vidéo montre comment des capsides virales purifiées sont traitées thermiquement, préparées et observées à l'aide de la microscopie électronique en transmission (TEM) afin de révéler les modifications structurales et les dommages induits par la chaleur.

Source : Shah, R., et al. Imagerie multiplexée par fluorescence à l'échelle de la cellule unique pour visualiser les acides nucléiques et les protéines viraux et suivre l'infection par le VIH, le HTLV, le VHB, le VHC, le virus Zika et la grippe. J. Vis. Exp. (2020)Ce vidéo montre la visualisation simultanée de l'ADN, de l'ARN et de la protéine de capside du VIH-1 dans des lymphocytes humains infectés à l'aide de l'hybridation d'ADN ramifié et de l'immunofluorescence, permettant une analyse...

Source : Pohl, M. O. & Stertz, S. Mesure de l'attachement et de l'internalisation du virus de la grippe A dans des cellules A549 par cytométrie en flux. J. Vis. Exp. (2015)Ce vidéo montre l'utilisation d'un test de blocage par la streptavidine afin de distinguer le virus de la grippe fixé à la surface de celui qui est internalisé dans les cellules épithéliales pulmonaires humaines. La comparaison des signaux de fluorescence indique qu'une intensité plus élevée après incubation témoigne...

Source : Niu, Y. D., et al. Efficacité des bactériophages pour la lutte biologique contre les agents pathogènes transmissibles par les aliments évaluée par des dispositifs à haut débit. J. Vis. Exp. (2021)Ce vidéo montre un test basé sur des microplaques permettant d'évaluer l'activité lytique de cocktails de phages contre des cultures bactériennes de E. coli. Elle met en évidence comment les variations de densité optique révèlent la puissance du phage et la concentration nécessaire pour...

Source : Dembowski, J. A., Deluca, N. A. Purification de l'ADN viral pour l'identification des protéines virales et cellulaires associées. J. Vis. Exp. (2017)Ce vidéo montre l'infection de cellules de mammifères en phase stationnaire par le HSV-1 (virus de l'herpès simplex de type 1), suivie de la réplication du génome viral à l'aide des machineries de réplication de l'hôte et du virus. Un analogue synthétique de nucléoside est incorporé dans l'ADN viral nouvellement synthétisé afin de marquer...

Source : Hiller, T. et. al. Étude des vecteurs viraux dans un modèle hépatique tridimensionnel repeuplé avec la lignée cellulaire de carcinome hépatocellulaire humain HepG2. J. Vis. Exp. (2016)Ce vidéo montre la coloration immunohistochimique permettant d'évaluer le transfert génique viral dans un modèle de foie de rat recellulisé. L'expression du gène rapporteur, confirmée par détection par anticorps et co-localisation avec la coloration nucléaire, indique une transduction virale réussie dans...

Source : Bou Khalil, J. Y., et al. Une stratégie rapide pour l'isolement de nouveaux Faustovirus à partir d'échantillons environnementaux en utilisant Vermamoeba vermiformis. J. Vis. Exp. (2016).Ce vidéo montre l'imagerie de particules de faustovirus provenant d'une culture d'amibe infectée à l'aide de la microscopie électronique en transmission. Elle couvre la préparation de la grille, la coloration négative avec du molybdate d'ammonium pour améliorer le contraste, et la visualisation du virus...

Source : Vallery, T. K. & Steitz, J. A. Hybridation in situ en fluorescence quantitative (FISH) et immunofluorescence (IF) de produits géniques spécifiques dans des cellules infectées par le VHSK. J. Vis. Exp. (2019)Ce vidéo montre l'hybridation in situ en fluorescence pour visualiser l'ARN viral dans des cellules infectées par un virus. Elle décrit les étapes impliquées dans l'hybridation de la sonde, l'amplification du signal et l'imagerie confocale.

Source : Rghei, A. D., et al. Production de vecteurs de virus adéno-associés dans des empilements de cellules pour des études précliniques chez des modèles animaux de grande taille. J. Vis. Exp. (2021)La vidéo montre la purification de vecteurs viraux adéno-associés recombinants (AAV) à partir d'un lysat brut d'hôte en utilisant une matrice d'affinité à base d'héparine. Les particules virales se lient à l'héparine immobilisée, tandis que les impuretés sont éliminées par lavage. Un tampon à...

Source: Rustad, M., et al. Synthesis of Infectious Bacteriophages in an E. coli-based Cell-free Expression System. J. Vis. Exp. (2017).This video demonstrates the synthesis of bacteriophages using a cell-free transcription–translation (TXTL) system. A master mix is prepared using a bacterial crude extract, an energy mix, an amino acid mix, an inhibitor for a DNA-degrading enzyme, and bacteriophage DNA, then incubated. The in vitro molecular machinery enables viral protein expression and DNA...

Source: Jamieson, T. R., et al. Detection of SARS-CoV-2 Neutralizing Antibodies using High-Throughput Fluorescent Imaging of Pseudovirus Infection. J. Vis. Exp. (2021)This video demonstrates the procedure for infecting mammalian cells with green fluorescent protein (GFP)-encoding pseudovirus, monitoring viral replication and spread by fluorescence microscopy, and collecting virus-containing supernatant for downstream applications.

Source: Yuan, M., et al. A Simple and Efficient Approach to Construct Mutant Vaccinia Virus Vectors. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the expansion of plaque-derived recombinant virus in adherent mammalian cells. The virus carries a fluorescent reporter in place of a virulent gene, enabling infection tracking. Infected cells are harvested for PCR verification of the genetic modification.

Source: Liu, P., et al. Use of a Recombinant Mosquito Densovirus As a Gene Delivery Vector for the Functional Analysis of Genes in Mosquito Larvae. J. Vis. Exp. (2017).This video demonstrates the process of isolating recombinant Aedes aegypti densovirus (rAaeDV) from infected mosquito-derived epithelial cells. The infected cells are collected and exposed to repeated freeze-thaw cycles for lysis. Lysate is centrifuged, and the supernatant containing viral particles is filtered, aliquoted, and...

Source: Philip, A. A., et al. Simplified Reverse Genetics Method to Recover Recombinant Rotaviruses Expressing Reporter Proteins. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the recovery of recombinant rotavirus by transfecting plasmids encoding viral genome segments into hamster kidney cells, followed by amplification in monkey epithelial cells, enabling studies of rotavirus biology, replication, and vaccine development.

Source: Prasad, M. et al. In Vitro Establishment of a Genetically Engineered Murine Head and Neck Cancer Cell Line using an Adeno-Associated Virus-Cas9 System. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the in vitro transformation of murine epithelial cells through viral delivery of Cre recombinase and mutation-inducing components. It outlines the steps for Cas9 activation, cancer-gene modification, and the establishment of a tumorigenic murine cell line.

Source: Ehrke-Schulz, E., et al. Cloning and Large-Scale Production of High-Capacity Adenoviral Vectors Based on the Human Adenovirus Type 5. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the large-scale amplification of high-capacity adenoviral vectors in suspension-adapted human embryonic kidney cells expressing Cre recombinase for use in gene delivery applications requiring high-titer, helper-free vector preparations.

Source : Chang, X., et al. Préparation de virus pseudo-typés de la grippe aviaire H5 par la méthode de transfection au phosphate de calcium et mesure de l'activité neutralisante des anticorps. J. Vis. Exp. (2021)Ce vidéo montre la production de pseudovirus de la grippe dans des cellules humaines par transfection de plasmide médiée par le phosphate de calcium, permettant la génération sécuritaire de particules virales à cycle unique pour des applications ultérieures telles que les dosages de...

Source : Nishitsuji, H., et al. Développement d'un système rapporteur du virus de l'hépatite B pour surveiller les premières étapes du cycle de réplication. J. Vis. Exp. (2017)Ce vidéo montre la production et la purification de particules virales recombinantes du virus de l'hépatite B, permettant ainsi l'obtention de préparations virales sûres et déficientes en réplication pour l'étude des événements précoces d'infection et pour des applications de criblage à haut débit de médicaments...

Source : Liu, P., et al. Utilisation d'un dénovirus recombinant de moustique comme vecteur de transfert génique pour l'analyse fonctionnelle de gènes chez les larves de moustiques. J. Vis. Exp. (2017)Ce vidéo montre l'utilisation de densovirus recombinants de moustiques codant des microARN pour inhiber l'expression de gènes spécifiques chez les larves de moustiques. Les larves jeunes infectées produisent des microARN fonctionnels qui suppriment l'expression du gène cible en vue d'études...

Source : Eggers, C. H. Manipulation génétique médiée par des bactériophages du spirochète de la maladie de Lyme Borrelia burgdorferi. J. Vis. Exp. (2022).Ce vidéo montre la transduction de spirochètes Borrelia génétiquement modifiés à l'aide de bactériophages non infectieux, précipités par le polyéthylène glycol, portant un plasmide de résistance à la kanamycine. Après incubation avec les bactéries, la culture est ensemencée sur un milieu enrichi en antibiotique. Seules les cellules ayant...

Source : Van Lidth de Jeude, J. F., et al. Protocole de transduction lentivirale et d'analyse en aval d'organoïdes intestinaux. J. Vis. Exp. (2015)Ce vidéo décrit la transduction lentivirale d'organoides intestinaux de souris à partir d'une structure semblable à un crypte contenant une suspension. En utilisant une matrice de membrane basale comme support et des milieux enrichis en facteurs de croissance, des vecteurs lentiviraux sont introduits afin de permettre une intégration génique...

Source : Chen, H., et al.. Imagerie de cellules vivantes du TGF-β/voie de signalisation Smad3 in vitro et in vivo à l'aide d'un système rapporteur à adénovirus J. Vis. Exp. (2018).Ce vidéo montre une méthode pour étudier l'activation de la voie de signalisation SMAD dans des cellules cancéreuses du sein à l'aide d'une double infection par adénovirus. Un virus délivre un gène GFP exprimé de façon constitutive, tandis que l'autre transporte un rapporteur RFP sous un promoteur sensible à SMAD.

Source : Meister, T. L., et al. Un modèle de culture cellulaire pour la production de stocks de virus de l'hépatite E à forte titrage. J. Vis. Exp. (2020).Ce vidéo montre le processus d'isolement de particules du virus de l'hépatite E (HEV) à partir de cellules de carcinome hépatocellulaire humain transfectées. Les particules virales extracellulaires sont recueillies à partir de surnageants filtrés, tandis que les particules intracellulaires sont libérées en soumettant les cellules à des cycles...

Source : Rim, Y. A., et al. Génération de cellules souches pluripotentes induites à partir de cellules sanguines à l'aide du virus de Sendai et de la centrifugation. J. Vis. Exp. (2016).Ce vidéo montre la génération de cellules souches pluripotentes induites (iPSC) à partir de cellules mononucléées du sang périphérique humain, en utilisant un réprogrammation médiée par le virus de Sendai. Les facteurs de transcription viraux activent les réseaux de pluripotence et suppriment les gènes...

Source : Ehrke-Schulz, E., et al. Clonage et production à grande échelle de vecteurs adénoviraux à haute capacité basés sur l'adénovirus humain de type 5. J. Vis. Exp. (2016)Ce vidéo montre la purification de vecteurs adénoviraux à haute capacité par ultracentrifugation en gradient de chlorure de césium, permettant la séparation des virions contenant le génome pour des applications en transfert génique, en caractérisation des vecteurs et en études thérapeutiques...

Source : Lu, A., et al. Expression virale de transgènes dans les cœurs de rongeurs et évaluation du risque d'arythmie cardiaque. J. Vis. Exp. (2022)La vidéo démontre une méthode d'injection intramyocardique, guidée par échographie, d'un vecteur viral recombinant chez un modèle murin. Cette technique permet une délivrance ciblée de gènes au cœur pour étudier les effets de l'expression d'un transgène sur la fonction cardiaque.

Source : Hiller, T., et al. Étude des vecteurs viraux dans un modèle de foie tridimensionnel repeuplé avec la lignée cellulaire de carcinome hépatocellulaire humain HepG2. J. Vis. Exp., (2016)Ce vidéo montre la livraison de gènes médiée par un virus adéno-associé dans un support de foie de rat humanisé. Le vecteur délivre un transgène codant pour un marqueur fluorescent et un ARN d'interférence génique dans les cellules hépatiques par endocytose médiée par récepteur. Ce modèle permet une...

Source : Kubala, M. H. & DeClerck, Y. A. Inhibition conditionnel de l'expression génique dans des lignées cellulaires cancéreuses pour étudier le recrutement de monocytes/macrophages vers le microenvironnement tumoral. J. Vis. Exp. (2017)Ce vidéo montre la génération de lignées cellulaires cancéreuses à inhibition conditionnelle à l'aide d'un système d'ARNi en boucle courte (shRNA) lentiviral inductible par la tétracycline (Tet). Elle décrit les étapes de la transduction virale, de la...

Source : Ding, J., et al. Préparation du rAAV9 pour surexprimer ou inhiber des gènes dans les cœurs de souris. J. Vis. Exp. (2016)Ce vidéo montre la production de particules de virus adéno-associé recombinant par transfection de plasmide dans des cellules de mammifères. Elle met en évidence l'expression coordonnée des protéines Rep, Cap et auxiliaires qui induisent la réplication du génome viral et l'assemblage de la capside au sein du noyau.

Source : McAllister, S. C., Hanson, R. S., et al. Un modèle in vitro pour l'étude de la transformation cellulaire par le virus d'herpès du sarcome de Kaposi. J. Vis. Exp.(2017)Ce vidéo montre la transduction rétrovirale de cellules endothéliales primaires avec les oncogènes HPV16 E6/E7. Les oncogènes intégrés inactivent les suppresseurs tumoraux p53 et Rb, prolongeant ainsi la durée de vie des cellules. La sélection par la G418 enrichit les cellules transduites, produisant des cultures...

Source : Koza, P., et al. Génération de rats transgéniques à l'aide d'une approche par vecteur rétroviral lentiviral. J. Vis. Exp. (2020)Ce vidéo montre la livraison assistée par microinjection de vecteurs lentiviraux dans des embryons de rat fécondés afin d'obtenir une intégration stable du transgène pour la génération de rats transgéniques.

Source: Chang, X., et al. Preparation of Pseudo-Typed H5 Avian Influenza Viruses with Calcium Phosphate Transfection Method and Measurement of Antibody Neutralizing Activity. J. Vis. Exp. (2021)This video demonstrates a luciferase-based pseudovirus titration assay to determine the optimal target cell density for maximum infection. By comparing luminescence across cell densities, the method ensures high assay sensitivity and reproducibility for downstream applications.

Source: Chang, X., et al. Preparation of Pseudo-Typed H5 Avian Influenza Viruses with Calcium Phosphate Transfection Method and Measurement of Antibody Neutralizing Activity. J. Vis. Exp. (2021).This video demonstrates a luciferase-based assay to quantify pseudovirus infection in epithelial cells. The pseudovirus encodes the luciferase gene, which is expressed in infected cells. After washing, and cells are incubated with lysis buffer at an ultra-low temperature, and then thawed to induce lysis.

Source: Klaus, J. P. et al. Highly Sensitive Assay for Measurement of Arenavirus-cell Attachment. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the extraction of viral RNA from surface-bound virions on epithelial cells using silica spin columns. The method includes chemical lysis, RNA stabilization, and membrane-based purification for downstream quantification of virus-cell attachment.

Source: Ren, S., et al. A Protocol for Analyzing Hepatitis C Virus Replication. J. Vis. Exp. (2014).This video demonstrates the procedure for quantifying Hepatitis C viral RNA using quantitative reverse transcription PCR to measure viral load in infected cell cultures.

Source: Kadoya, S., Sano, D. Assays for the Specific Growth Rate and Cell-binding Ability of Rotavirus. J. Vis. Exp. (2019).This video demonstrates the use of a plaque assay to assess the rotavirus growth curve. The method involves infecting host cells with diluted virus, overlaying with agarose to restrict spread, and staining to visualize plaques formed by viral replication. By counting plaque-forming units at defined time points, the resulting growth curve reveals the lag, exponential, and...

Source: Fout, G. S., Cashdollar, J. L. EPA Method 1615. Measurement of Enterovirus and Norovirus Occurrence in Water by Culture and RT-qPCR. II. Total Culturable Virus Assay. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the use of a total culturable virus assay to quantify infectious viruses in water samples. It outlines host cell inoculation, observation of cytopathic effect, and statistical quantification of infectious virus concentration.

Source: Scarborough, R. J., et al. Evaluation of the Efficacy And Toxicity of RNAs Targeting HIV-1 Production for Use in Gene or Drug Therapy. J. Vis. Exp. (2016).This video demonstrates a reverse transcriptase (RT) assay to assess the effect of a test RNA on virus-like particle (VLP) production. Cells are co-transfected with plasmids, and RT activity is measured as a quantitative indicator of VLP output. A decrease in RT activity reflects suppression of viral gene expression by the test RNA.

Source: Manocheewa, S., et al. Pairwise Growth Competition Assay for Determining the Replication Fitness of Human Immunodeficiency Viruses. J. Vis. Exp. (2015)The video demonstrates the procedure for a growth competition assay to measure the relative replication fitness of two viral strains by comparing their replication in human immune cells.

Source : Vijayraghavan, S., et al. Protocole de production de vecteurs lentiviraux dépourvus d'intégrase pour l'inactivation génique par CRISPR/Cas9 dans des cellules en division. J. Vis. Exp. (2017).Ce vidéo montre l'utilisation d'un ELISA p24 pour estimer les titres viraux de vecteurs lentiviraux. Le test consiste à lyser les particules virales afin de libérer la protéine p24, à la capturer à l'aide d'anticorps spécifiques, puis à la détecter à l'aide d'un système lié à la peroxydase...

Source : Krishnamurthi, R., et al. Comprendre l'impact des bactériophages tempérés sur leurs lysogènes par transcriptomique. J. Vis. Exp. (2024).Ce vidéo montre l'énumération temporelle de l'induction spontanée de phages chez Pseudomonas aeruginosa lysogène, en quantifiant les cellules bactériennes viables (UFC) et les particules de phages infectieux (UPF) au fil du temps. En prélevant des échantillons à intervalles réguliers pendant la croissance et en analysant la formation de colonies et de...

Source: Frias-De-Diego and A., Crisci, E. Use of Crystal Violet to Improve Visual Cytopathic Effect-based Reading for Viral Titration using TCID50 Assays. J. Vis. Exp., (2022)This video demonstrates a crystal violet staining method to visualize cytopathic effects in virus-infected cell cultures. The pattern of stained and unstained wells across serial dilutions enables rapid, cost-effective estimation of the viral infectious dose.