Ebenso wie komplexere Organismen benutzen Prokaryoten doppelsträngige DNA als genetisches Material. Dennoch organisieren und lagern diese einzelligen Organismen ihre DNA auf andere Weise. Die Prokaryontenzelle hat keinen membrangebundenen Kern. Stattdessen beherbergt ein Zytoplasma-Bereich, das Nukleoid, das gesamte Genom in einer Schleife und auf doppelsträngigem Chromosom. Die DNA ist hier dicht gewickelt, spiralförmig, um sie effizient zu lagern. Zusätzlich zum gesamten Genom existieren kleinere doppelsträngige DNA-Moleküle, Plasmide, im Zytoplasma. Sie replizieren unabhängig von der Zelle und können Gene enthalten, die das Überleben der Zellen gewährleisten wie eine Antibiotikaresistenz beispielsweise, wenn sie einem Antibiotikum wie Ampicillin ausgesetzt werden.