Kök hücreler, bölünerek daha fazla kök hücre ve olgun, özelleşmiş hücre tiplerini oluşturacak projenitör hücreleri üreten farklılaşmamış hücrelerdir. Vücuttaki tüm hücreler erken embriyo döneminde kök hücrelerden oluşturulur, ancak yetişkin vücudunda az miktarda kemik iliği, beyin, deri ve bağırsak dahil olmak üzere birçok dokuda mevcuttur. Bu yetişkin kök hücreler zarar gören hücrelerin yerini almak veya sürekli olarak dokuyu yenilemek için tipik olarak bu dokuda bulunan çeşitli hücre tiplerini üretirler.
İnce bağırsağın lümenini kaplayan olan epitel, erişkin kök hücreler tarafından sürekli olarak yenilenir. Bu doku insan vücudunda en hızlı yenilenen dokudur ve çoğu hücre 3-5 gün içinde yenilenir. Bağırsak epiteli ince bağırsağın içine çıkıntılar yapan binlerce villus içerir ve bunlar besinlerin emilimine yardımcı olmak için yüzey alanını artırırlar.
Bağırsak kök hücreleri villuslar arasında bulunan kriptalar denilen invajinasyon yapılarında yer alırlar. Bu hücreler yeni kök hücreler ve yanı sıra yavru hücreler (transit çoğaltıcı hücreler diye adlandırılır) üretmek için hızla bölünürler, ve bu hücreler de absorbtif, goblet, enteroendokrin, ve Paneth hücreleri gibi bağırsak epiteli hücre tiplerine farklılaşırlar. Bu olgun hücreler işlevlerini yerine getirirken villuslara doğru hareket ederler ama Paneth hücreleri kripta tabanındaki yerlerine doğru geri giderler.
Olgun hücreler villusun tepesine ulaştıklarında, apoptosise (programlanmış hücre ölümü) uğrarlar ve dökülürler. Yeni hücreler aşağıdan yukarı doğru ilerlemeye devam eder ve sürekli olarak kaybolan hücrelerin yerini alırlar.
