Patogeneza bakteryjna i oddziaływania z gospodarzem

Źródło: Jung, A. L. i in. Pęcherzyki zewnętrznej błony Legionella pneumophila: izolacja i analiza ich potencjału prozapalnego u makrofagów. J. Vis. Exp. (2017)Ten film demonstruje izolację zewnętrznych pęcherzyków błonowych (OMV) od Legionella pneumophila za pomocą sekwencyjnej wirowania, sterylnej filtracji oraz ultrawirowania. Oczyszczone OMV, wzbogacone o białka błonowe i lipopolisacharydy, nadają się do badań interakcji gospodarz-patogen.

Zacznij od rurek zawierających niereplikujący się stały stadium NRP Mycobacterium tuberculosis, które ma pogrubioną warstwę zewnętrzną.Dodaj szklane kulki do jednej rurki i potrząsaj ją, aby mechanicznie rozbić zewnętrzną warstwę mykobakterii, zwiększając przepuszczalność.Następnie przelej zawiesina mykobakterialna ubita w koralikach do świeżej rurki.Dodaj fluorescencyjnie znakowaną ryfampicynę, antyantykotyk przeciwgruźlicy, zarówno do zawiesin komórkowych nieleczonych, jak i "przeciętych...

Zacznij od zawieszenia ptasiego patogennego E. coli lub APEC w ośrodku wzrostu.APEC to bakteria Gram-ujemna, która infekuje drób, przedostając się przez drogi oddechowe.Po przebiciu warstwy śluzowej APEC przyczepia się do komórek nabłonkowych, mnoży się lokalnie i zakłóca barierę nabłonkową, umożliwiając dostęp do krwiobiegu. Bakterie rozprzestrzeniają się następnie na wiele narządów, powodując infekcję ogólnoustrojową.Do każdej dołki wielodołkowej płytki zawierającej rosnące stężenia...

Źródło: Spiesz, E. M. i in., Trójwymiarowe wzorowanie inżynierskich biofilmów z biodrukarką zrób to samodzielnie. J. Vis. Exp. (2019)Ten film pokazuje metodę porównywania wzorców alginanu wydrukowanych w 3D, zawierających szczepy bakterii kontrolne lub genetycznie modyfikowane. Testowe odkształcenie powoduje powstanie włókien curli podczas indukcji, które wzmacniają strukturę hydrożelu alginatu. Po leczeniu roztworem chelatującym wapń pozostaje nienaruszony jedynie wzór testowy, co podkreśla...

Źródło: Tay, S. B. i in. Antywirusowe zaburzenie biofilmów patogennych przy użyciu inżynierowanych laktonan gaśniczych kworum. J. Vis. Exp. (2016)Film demonstruje metodę ilościowego określenia biomasy biofilmu w patogennej bakterii, porównując nieleczone grupy kontrolne z próbkami objętymi enzymem gaszczącym kworum. Enzym zakłóca sygnalizację bakteryjną podczas wczesnej inkubacji, zmniejszając przyczepność komórek. Po płukaniu i dalszej inkubacji studnie kontrolne tworzą gęste biofilmy,...

Źródło: Schlafer, S, i Frost Kristensen, M. Monitorowanie pH zewnątrzkomórkowego w biofilmach międzykrólestwowych za pomocą mikroskopii konfokalnej. J. Vis. Exp. (2020)Ten film pokazuje hodowlę biofilmów Streptococcus mutans i Candida albicans w międzykrólestwowych warunkach w warunkach podobnych do jamy ustnej, aby modelować interakcje bakteria-grzyb, umożliwiając badanie synergii mikroorganizmów, adhezji pośredniczonej glukanem oraz kwasowej zjadliwości w patogenezie jamy ustnej.

Źródło: Kurz, D. L. i in. Platforma mikrofluidyczna do badania biozatkania w porowatych ośrodkach. J. Vis. Exp. (2022)Film demonstruje użycie urządzenia mikrofluidycznego do badania powstawania biofilmu. Do mikrokanału wprowadzana jest zawiesina bakteryjna, po której następuje inkubacja, umożliwiająca rozwój biofilmu. Następnie wznawia się przepływ, a monitorowanie ciśnienia wraz z obrazowaniem wykorzystuje się do wykrywania powstawania biofilmu i zatkania porów w czasie.

Źródło: Perinbam, K., i Siryaporn, A. Szybki test wirulencji bakteryjnej oparty na obrazach z użyciem ameby. J. Vis. Exp. (2018)Ten film demonstruje szybką, opartą na obrazach metodę oceny zjadliwości bakterii poprzez inkubację ameb z bakteriami przytwierdzonymi do powierzchni lub planktonicznymi, zastosowanie podkładki kalcein-acetoxymetyloesterowej (kalcein-AM) agarozy oraz obrazowanie fluorescencji w celu wykrycia uszkodzeń komórek gospodarza.

Źródło: Bucher, T. i in. Metodologie badania biofilmów B. subtilis jako modelu charakteryzowania inhibitorów biofilmu małocząsteczkowego. J. Vis. Exp. (2016)Ten film demonstruje test tworzenia pelikuli z użyciem Bacillus subtilis do oceny inhibitorów małych cząsteczek zakłócających syntezę matrycy i rozwój biofilmu, dostarczając modelu do przesiewania związków selektywnie hamujących wzrost związany z powierzchnią, nie wpływając na swobodnie unoszące się komórki.

Źródło: Bucher, T. i in. Metodologie badania biofilmów B. subtilis jako modelu charakteryzowania inhibitorów biofilmu małocząsteczkowego. J. Vis. Exp. (2016).Ten film pokazuje, jak integralność matrycy biofilmu wpływa na odporność bakterii na etanol, porównując jednostki tworzące kolonie w biofilmach nieleczonych i zaburzonych przez inhibitory. Zmniejszone CFU w próbkach objętych inhibitorami pokazują, że macierz zewnątrzkomórkowa jest niezbędna do ochrony komórek osadzonych w biofilmie przed...

Źródło: Beaudoin, T. i inni. Wizualizacja wpływu plwociny na rozwój biofilmu za pomocą komorowego modelu osłonowego. J. Vis. Exp. (2016)Ten film pokazuje użycie komorowego szkła osłonowego do badania wpływu czynników gospodarza plwociny pochodzących od pacjentów z mukowiscydozy na rozwój bakteryjnego biofilmu.

Zacznij od zawiesiny bakteryjnej w podłożu odżywczym.Dodaj zawiesinę do wielodołowej płyty i inkubuj.Składniki odżywcze zawarte w podłożu ułatwiają wzrost i przyczepianie bakterii.Przyklejone bakterie wydzielają pozakomórkowe substancje polimerowe składające się z polisacharydów, białek i DNA, tworząc warstwę biofilmu.Myj wielokrotnie z buforem, aby usunąć niezwiązane bakterie.Odwróć płytę, aby usunąć resztki płynu z studni i pozwolić biofilmowi wyschnąć.Traktuj utrwalaczem, aby zachować...

Źródło: Hu, Y. i inni. Analiza interakcji między endobiotyką a ludzką mikrobiotą jelitową z wykorzystaniem systemów fermentacji w kąpielach in vitro. J. Vis. Exp. (2019)Ten film demonstruje zastosowanie chromatografii cienkowarstwowej (TLC) do oceny degradacji egzopolisacharydów (EPS) przez ludzką mikrobiotę kałową. Fragmenty EPS w supernatantach fermentacyjnych są rozdzielane na podstawie rozmiaru i polaryzacji za pomocą TLC, a następnie wizualizowane jako kolorowe pasy po barwieniu...

Źródło: Schumacher, D., i Sogaard-Andersen, L. Obrazowanie żywymi komórkowymi fluorescencji pełnego wegetatywnego cyklu komórkowego wolno rosnącej bakterii społecznej Myxococcus xanthus. J. Vis. Exp. (2018)Ten film demonstruje wykorzystanie obrazowania żywych komórek do śledzenia pochodzenia chromosomów oznaczonych fluorescencją podczas podziału komórek bakteryjnych. Rejestruje dynamikę segregacji chromosomów za pomocą mikroskopii poklatkowej fazowo-kontrastowej oraz fluorescencji.

Źródło: Tokunou, Y . i in., Elektrochemiczne wykrywanie efektu izotopu kinetycznego deuteru na transport elektronów zewnątrzkomórkowych w Shewanella oneidensis MR-1. J. Vis. Exp. (2018)Ten film demonstruje montaż i działanie modelu reaktora elektrochemicznego zaprojektowanego do symulacji powstawania biofilmu na powierzchniach elektrod. Kontrolowana stymulacja elektrochemiczna sprzyja przyczepności mikroorganizmów, prowadząc do stopniowego powstawania bakteryjnego monowarstwowego biofilmu.

Źródło: Naji, A. i inni. Badanie stresu oksydacyjnego wywołanego przez paciorkowce grupy Mitis u Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2019)Ten film demonstruje użycie zielonej, fluorescencyjnej białkowej oznakowanej SKN-1 w C. elegans do monitorowania stresu oksydacyjnego poprzez śledzenie zielonej fluorescencji. Robaki narażone na S. gordonii wykazują silną fluorescencję jądrową, potwierdzając stres wywołany patogenem, podczas gdy te karmione E. coli wykazują rozproszoną zieloną fluorescencję...

Źródło: Nielsen, T. B. i in., Model aspiracji orofaryngealnej myszy bakteryjnego zapalenia płuc związanego z respiratorem i nabytego w szpitalu. J. Vis. Exp. (2018)Ten film pokazuje procedurę dostarczania bakterii przez gardło do płuc znieczulonej myszy, aby wywołać infekcję płuc i wywołać odpowiedź immunologiczną.

Źródło: Zhao, K. i in. Model in vitro do badania wpływu terapii fotodynamicznej pośredniczonej kwasem 5-aminolewulinowym na biofilm gronkowca aureus . J. Vis. Exp. (2018)Film prezentuje protokół terapii fotodynamicznej mający na celu ocenę działania antybakteryjnego na biofilmy bakterii Gram-dodatnie. Biofilmy dzielą się na cztery grupy: dwie otrzymują prekursor fotosensyzatora, a dwie otrzymują bufor. Wszystkie są inkubowane w ciemności, po czym następuje ekspozycja na czerwone światło dla...

Source: Escudero, J. A., et.al. Testing the Role of Multicopy Plasmids in the Evolution of Antibiotic Resistance. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates how escalating cefazidime exposure is used to compare the survival of three E. coli strains with different copies of the ampicillin resistance gene. It shows that only the strain with a multicopy plasmid survives at higher drug levels, highlighting how increased gene copy number accelerates resistance evolution.

Source: Saragliadis, A., et al. Producing Gene Deletions in Escherichia coli by P1 Transduction with Excisable Antibiotic Resistance Cassettes. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates the phage-mediated transfer of donor DNA carrying an excisable antibiotic resistance cassette into Escherichia coli. The integrated cassette replaces the target gene via homologous recombination, resulting in a stable gene deletion.

Source: Claes, J., et al, In Vitro and In Vivo Model to Study Bacterial Adhesion to the Vessel Wall Under Flow Conditions. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates a method for studying host-pathogen interactions using a micro-parallel plate flow chamber seeded with human primary endothelial cells. Following endothelial cell activation by an ionophore and perfusion with fluorescently labeled bacteria, the cells release von Willebrand factor (VWF), which binds bacterial adhesins under shear...

Source: Holt-Torres, P. S. et al. Evaluation of Antimicrobial Activities of Nanoparticles and Nanostructured Surfaces In Vitro. J. Vis. Exp. (2023)This video demonstrates the use of the focused-contact exposure method to evaluate the antibacterial activity of nanostructured surfaces. It outlines the steps involved in establishing direct contact between bacteria and the nanostructured surface, incubation, bacterial collection, and colony counting to assess viability.

Source: Dubois, V., et al. Identification of Virulence Markers of Mycobacterium abscessus for Intracellular Replication in Phagocytes. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates the procedure of co-culturing amoebae with mutant bacterial strains to evaluate their intracellular survival and identify virulence markers through differences in colony counts.

Źródło: Nagre, N. i inni. Fagocytoza makrofagów pęcherzykowych i usuwanie bakterii u myszy. J. Vis. Exp. (2019).Ten film pokazuje ocenę fagocytozy pośredniczonej przez receptory komplementacyjne przy użyciu czerwonych krwinek owiec opsonowanych IgM i dopełniakiem, a następnie ich przyjmowania przez mysie makrofagi. Zakres fagocytozy mierzy się poprzez pomiar niebieskiego produktu chromogenicznego powstałego w wyniku katalyzowanej przez hemoglobinę utleniania diaminofluorenu.

Źródło: Zhang, S. i inni. Śródczaszkowa droga zakażenia podpajęczynkowa do badania roli biofilmów Streptococcus suis w zapaleniu opon mózgowych w modelu zakażenia myszy. J. Vis. Exp. (2018).Ten film demonstruje wykrywanie ekspresji genów docelowych w mózgu myszy zakażonej bakterią. RNA jest ekstrahowane, traktowane enzymem degradującym DNA i odwrócone transkrybować do cDNA. CDNA jest amplifikowane poprzez cyklowanie termiczne z primerami specyficznymi dla genów, podczas gdy barwnik wiążący DNA...

Źródło: Radulovic, K. i in. Wstrzykiwanie lipopolisacharydu u myszy w celu naśladowania wejścia produktów pochodzących od mikroorganizmów po przełamaniu bariery jelitowej. J. Vis. Exp. (2018)Ten film pokazuje krok po kroku procedurę wstrzykiwania lipopolisacharydu (LPS) myszom wewnątrzotrzewnowkowo, aby wywołać stany ogólnoustrojowe.

Pobierz hodowle komórek nerek świń, z jedną hodowlą wcześniej obtraktowaną inhibitorem pH, który zwiększa pH lizosomalne, upośledzając degradację autofagiczno-lizosomalną.Dodaj patogenne bakterie i wirówkę, aby zwiększyć kontakt gospodarz z patogenem.Inkubować, aby umożliwić inwazję i internalizację bakterii do pęcherzyków endocytowych.Internalizowane bakterie zużywają składniki odżywcze gospodarza, aby się replikować, wywołując stres metaboliczny.To naprężenie aktywuje autofagię, czyli błonę...

Weźmy wyznawczą kulturę myszich makrofagów.Dobrze traktuj test buforem zawierającym Wnt5A, cząsteczkę sygnalizacyjną, a kontrolę tylko z buforem.Zainfekuj patogenem bakteryjnym i inkubuj.W komórkach testowych Wnt5A aktywuje kaskadę sygnalizacyjną, która wzmacnia reorganizację cytoszkieletu, zwiększając absorpcję bakterii do fagosomów, podczas gdy komórki kontrolne pozbawione tego sygnału internalizują mniej bakterii.Przemyj, aby usunąć bakterie nieinternalizowane, a następnie inkubuj w podłożu...

Źródło: In, J. G. i in. Monowarstwy ludzkich koloniów do badania interakcji między patogenami, komensalami a nabłonkiem jelitowym gospodarza. J. Vis. Exp. (2019).Ten film pokazuje procedurę hodowania komórek nabłonkowych pochodzących z jelita grubego na systemie Transwell pokrytym kolagenem, aby uzyskać monowarstwę produkującą śluz, która modeluje barierę jelitową i umożliwia badania interakcji gospodarz–patogen.

Źródło: Luukinen, H. i in. Modelowanie gruźlicy u dorosłych danio zakażonych Mycobacterium marinum . J. Vis. Exp. (2018).

Źródło: Sigal, N. i inni. Oczyszczanie RNA z wewnątrzkomórkowo hodowanej Listeria monocytogenes w komórkach makrofagów. J. Vis. Exp. (2016)Ten film demonstruje ekstrakcję RNA z Listeria monocytogenes wyizolowanej z zakażonych makrofagów myszy. Protokół ten zachowuje RNA, lizuje komórki za pomocą fenol-chloroformu i ciepła oraz rozdziela RNA przez wirowanie. Sól i etanol, połączone z zimną inkubacją, sprzyjają wytrącaniu RNA. Powstałe RNA wychwytuje ekspresję genów indukowaną przez gospodarza,...

Źródło: Vonaesch, P. i in., Analiza immunofluorescencji powstawania ziaren stresowych po bakteryjnym wyzwaniu komórek ssaków. J. Vis. Exp. (2017)Ten film pokazuje zakażenie komórek nabłonkowych patogenną bakterią Shigella flexneri oraz powstałą w wyniku tego odpowiedź komórkową gospodarza. Bakteryjne białka efektorowe zakłócają translację gospodarza, wywołując powstawanie organelli bez błony zwanej granulami stresowymi, które odzwierciedlają adaptacyjną odpowiedź komórki na infekcję.

Zacznij od hodowli komórek odpornościowych zakażonych patogennymi bakteriami, które tworzą wewnątrzkomórkowe ciała inkluzyjne.Infekcja bakteryjna upośledza szlak prezentacji antygenów w komórkach odpornościowych.Weź niezainfekowaną kulturę jako kontrolę.Następnie dodaj antygen białka modelowego i inkubuj.Komórki odpornościowe internalizują, przetwarzają i prezentują modelowe peptydy pochodzące z antygenu na cząsteczkach MHC-I.Po inkubacji umyj komórki, aby usunąć nieprzetworzony antygen.Utrwal...

Źródło: Chetrit, D. i in. Zastosowanie obrazowania żywych komórek oraz tomografii krioelektronowej w celu wyróżnienia cech przestrzenno-skroniowych systemu sekrecji kropkowej/icm Legionella pneumophila . J. Vis. Exp. (2020).Ten film pokazuje przygotowanie i obrazowanie bakterii patogennych znakowanych fluorescencjonie. Agarozowe podkładki są najpierw przygotowywane i umieszczane w ramie klejącej. Na podkład aplikowana jest zawiesina genetycznie modyfikowanych bakterii ekspresujących...

Źródło: Winston, J. A. i in. Model myszy leczonem cefoperazonu klinicznie istotnego szczepu Clostridium difficile R20291. J. Vis. Exp. (2016)Ten film pokazuje procedurę szczepienia myszy wcześniej leczonymi antybiotykiem zarodnikami Clostridium difficile , aby ustanowić model infekcji myszy do badania patogenezy i odpowiedzi gospodarza.

Źródło: Winston, J. A. i in. Model myszy leczonem cefoperazonu klinicznie istotnego szczepu Clostridium difficile R20291. J. Vis. Exp. (2016)Ten film demonstruje ilościową identyfikację Clostridium difficile w próbkach kału z modelu zakażonej myszy za pomocą technik selektywnej hodowli. Określa procedury pobierania próbek, przetwarzania beztlenowego, rozcieńczania seryjnego oraz wyliczania kolonii w celu oceny kolonizacji bakterii oraz interakcji gospodarz-patogen.

Source: Berens, C. et al. Applying an Inducible Expression System to Study Interference of Bacterial Virulence Factors with Intracellular Signaling. J. Vis. Exp. (2015)This video demonstrates the use of immunoblotting to assess apoptosis inhibition by the bacterial effector protein CaeB in human cells. It outlines the steps for detecting apoptotic markers following doxycycline-induced expression of pro-apoptotic proteins in host cells expressing the effector.

Source: Yuan, Z., et al. Bronchoalveolar Lavage Exosomes in Lipopolysaccharide-induced Septic Lung Injury. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates an in vivo mouse model for inducing and analyzing acute lung injury (ALI) using intraperitoneal administration of bacterial lipopolysaccharide. The inflammatory cascade triggered by alveolar macrophages and neutrophils leads to epithelial and endothelial barrier disruption, allowing fluid and immune cells to accumulate in the alveoli. Alveolar...

Source: Li, T., et al. Studying Effects of Cigarette Smoke on Pseudomonas Infection in Lung Epithelial Cells. J. Vis. Exp. (2020).This video demonstrates how cigarette smoke extract weakens antimicrobial defense in lung epithelial cells by reducing AMP production, leading to increased bacterial invasion. The procedure measures intracellular bacterial load to assess the impact of smoke exposure on host-pathogen interactions.

Source: Ahn, J. J., et al., Experimental Infection with Listeria monocytogenes as a Model for Studying Host Interferon-γ Responses. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the preparation of mouse splenocyte cultures from Listeria monocytogenes-infected mice for downstream cytokine analysis. It includes ex vivo bacteria-derived antigen stimulation and sample processing to study T cell responses.

Source: Barbero, A. M., et al. Fluorescence Assays for the Study of Mycobacterium tuberculosis Interaction with the Immune Receptor SLAMF1. J. Vis. Exp. (2025)This video demonstrates the procedure for labeling host immune receptors that bind bacterial surface antigens, enabling their detection through flow cytometry.

Source: Zhang, C. et al. Development and Assessment of Intracellular Infection Models for Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2025)This video demonstrates the quantification of intracellular survival of a methicillin-resistant bacterial pathogen in mouse peritoneal macrophages. It outlines the steps involved in infection, extracellular bacterial clearance, host cell lysis, and colony enumeration to assess bacterial survival within host macrophages.

Source: Gutiérrez, S., et al., Isolation of Salmonella typhimurium-containing Phagosomes from Macrophages. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the magnetic isolation of phagosomes containing biotin–streptavidin bead–coated bacteria from infected macrophages. The protocol includes buffer treatments, cell disruption, magnetic separation, and washing to yield purified phagosomes for analysis.

Źródło: Mills, B. i in., Optyczne przesiewowe badania sond specyficznych dla nowych bakterii na tkance płuc człowieka ex vivo za pomocą konfokalnej endoskopii laserowej. J. Vis. Exp. (2017)Ten film pokazuje obrazowanie w czasie rzeczywistym fluorescencyjnie oznakowanego Staphylococcus aureus w zawiesinie i tkance płucnej za pomocą mikroskopii fluorescencyjnej konfokalnej z włóknistą mikroskopią.

Źródło: Ng, K. M., Tropini, C. Wizualizacja interakcji mikrobioty jelitowej z gospodarzem za pomocą hybrydyzacji fluorescencyjnej in situ , barwienia lektynowego oraz obrazowania. J. Vis. Exp. (2021).Ten film demonstruje procedurę hybrydyzacji in situ fluorescencyjnej (FISH) w celu barwienia mikrobioty jelitowej w tkance jelitowej myszy poprzez hybrydyzację fluorescencyjnych sond do bakteryjnego rRNA (rybosomalnego kwasu rybonukleinowego) oraz przeciwbarwienie struktur gospodarza do analizy...

Źródło: Siva-Jothy, J. A. i in., Infekcja bakteryjna jamy ustnej i wypadanie u Drosophila melanogaster. J. Vis. Exp. (2018)Ten film pokazuje procedurę monitorowania wydzielania bakterii u Drosophila poprzez przenoszenie zakażonej muchy przez kilka rurek zawierających pokarm, odzyskiwanie odpadających bakterii oraz ilościowe określenie żywotnych kolonii poprzez seryjne rozcieńczanie i nabijanie płyt.

Źródło: de Vries, C. R. i in., A Delayed Inoculation Model of Chronic Pseudomonas aeruginosa Wound Infection. J. Vis. Exp. (2020).Ten film demonstruje bioluminescencyjną technikę obrazowania monitorującego postęp infekcji bakteryjnej na żywym modelu myszy. Bakterie patogenne opracowane z systemem raportu luxABCDE emitują światło w miejscu zakażenia, umożliwiając wizualizację bakterii aktywnych przemianownie. Obrazując mysz w czasie, naukowcy mogą nieinwazyjnie śledzić dynamikę infekcji i...

Źródło: Shi, J. i inni. Przesiewowe badania i identyfikacja supresorów tłumiących RNA z wydzielanych efektorów patogenów roślinnych. J. Vis. Exp. (2020)Ten film demonstruje test współinfiltracji w celu identyfikacji białek efektorowych patogenów, które hamują wyciszanie RNA w Nicotiana benthamiana 16c. Fluorescencjonujący raport oraz gen efektorowy kandydatów są dostarczane do liści rośliny za pomocą Agrobacterium. Zazwyczaj wyciszanie RNA degraduje transkrypcje reporterów, zmniejszając...

Źródło: Niu, L. i in. Wizualizacja śmierci limfocytów makrofagów podczas zakażenia mykobakteriami w zarodkach danio pręgowanego za pomocą mikroskopii śródwitalnej. J. Vis. Exp. (2019)Ten film pokazuje zastosowanie mikroskopii konfokalnej wewnątrzżyciowej do wizualizacji litycznej śmierci komórek makrofagów u zarodków danio pręgowanego po zakażeniu Mycobacterium marinum .

Źródło: Seman, B. G., et.al. Model obrazowania noworodków sepsy bakteryjnej Gram-ujemnej. J. Vis. Exp. (2020)Ten film pokazuje izolację neutrofilów i zapalnych monocytów z noworodkowych śledzion myszy oraz ich zastosowanie w luminescencyjnym teście zabijającym bakterie. Obejmuje mechaniczną dysocjację, lizę czerwonych krwinek, wzbogacanie komórek oparte na kulkach magnetycznych, inkubację bakterii oraz ochronę antybiotykową. Pomiary luminescencji czasowej wskazują na początkową internalizację...

Źródło: Choi, Y. S. i in. Wykrywanie in situ bakterii w tkankach osadzonych w parafinę za pomocą sondy DNA znakowanej digoksyną, celującej w 16S rRNA. J. Vis. Exp. (2015).Ten film demonstruje in situ wykrywanie bakterii w przekrojach tkanki dziąseł myszy za pomocą sond DNA znakowanych digoksyną skierowanych do DNA bakterii. Sekcja jest inkubowana sondą. Dodaje się przeciwciała sprzężone z fosfatazą alkaliczną, specyficzne dla digoksyny. Endogenne fosfatazy są inaktywowane, a kolorowy wysad...

Źródło: Valentine, M. E. i in., Generowanie mutantów delecji genów w ramce u Pseudomonas aeruginosa oraz testowanie tłumienia zjadliwości w prostym modelu infekcji myszy. J. Vis. Exp. (2020)Ten film demonstruje zastosowanie podejścia obrazowania opartego na bioluminescencji do monitorowania zakażenia bakteryjnego w modelu żywej myszy. Sekwencyjne obrazowanie bioluminescencyjne i rentgenowskie umożliwia wizualizację w czasie rzeczywistym oraz anatomiczną lokalizację infekcji rozprzestrzeniającej...

Źródło: Luyts, N. i inni. Podłużna kontrola infekcji dróg moczowych i ich leczenia u myszy za pomocą obrazowania bioluminescencji. J. Vis. Exp. (2021).Ten film pokazuje indukcję i śledzenie infekcji dróg moczowych w modelu mysim z wykorzystaniem bioluminescencyjnego E. coli wstrzykniętego do pęcherza, gdzie zachodzi adhezja, inwazja i replikacja wewnątrzkomórkowa bakterii. Światło emitowane z bioluminescencyjnego operonu służy jako wskaźnik w czasie rzeczywistym obciążenia bakteryjnego podczas...

Źródło: O'Brien, V. P., i in., Nawracająca infekcja dróg moczowych Escherichia coli wywołana ekspozycją pęcherza pochwowego Gardnerella u myszy. J. Vis. Exp. (2020)Ten film demonstruje wykorzystanie skaningowej mikroskopii elektronowej do wizualizacji kolonizacji bakterii oraz interakcji gospodarz–patogen w nabłonku pęcherza moczowego modelu myszy przed zakażeniem.

Źródło: Bernut, A. i in., Rozszyfrowanie i obrazowanie patogenezy oraz układania korzeni Mycobacterium abscessus w embrionach danio pręgowanego. J. Vis. Exp. (2015).Ten film pokazuje protokół izolowania i ilościowego określania ropnia Mycobacterium z zakażonego zarodka danio pręgowanego. Procedura obejmuje eutanazję zarodków, lizę tkanek oraz homogenizację w celu uwolnienia bakterii, a następnie wirowanie i ponowną zawiesinę w buforze powierzchniowo czynnym. Na koniec zawiesina bakteryjna jest...

Źródło: Bernut, A. i inni. Rozszyfrowanie i obrazowanie patogenezy oraz układania rdzenia ropnia Mycobacterium absceptus w zarodkach danio dano dano. J. Vis. Exp. (2015)Ten film demonstruje protokół wykorzystujący transgeniczne zarodki danio danio ekspresyjne ekspresujące makrofagi fluorescencyjne i zakażone fluorescencyjnym szczepem Mycobacterium abscessus rough do wizualizacji interakcji żywiciel-patogen. Pokazuje, jak pozakomórkowe przewody umożliwiają unikanie odporności, wspierając...

Zacznij od skażonej próbki wody, która prawdopodobnie zawiera kałowe coliformy, w tym E. coli.Wykonaj seryjne rozcieńczanie w wodzie destylowanej, aby zmniejszyć mętność i obciążenie mikroorganizmami.Wymieszaj pożądaną próbkę z nośnikiem odżywczym i załaduj ją do mikrofluidu.Użyj filtracji próżniowej, aby wychwytywać bakterie na membranie w serpentynowym kanale chipa.Dodaj pożywkę do górnej komory i inkubuj, aby wspomóc regenerację bakterii.Zastąpić podłoże roztworem fagów specyficznych dla E.

Źródło: Makowski, Ł., i in. Obrazowanie żywymi komórkami cyklu życia bakteryjnego drapieżnika Bdellovibrio bacteriovorus za pomocą mikroskopii fluorescencyjnej poklatkowej. J. Vis. Exp. (2020)Ten film pokazuje poklatkowe obrazowanie fluorescencyjne Bdellovibrio bacteriovorus polującego na unieruchomionej E. coli pod agarozową poduszką, umożliwiając wizualizację w czasie rzeczywistym replikacji wewnątrzkomórkowej i uwalniania potomstwa do badania drapieżnictwa bakteryjnego i interakcji...

Źródło: Tay, S. B., et.al. Antywirusowe zaburzenie biofilmów patogennych przy użyciu inżynierowanych laktonan gaśniczych kworum. J. Vis. Exp. (2016)Ten film demonstruje proces hamowania tworzenia biofilmu poprzez wprowadzenie enzymu zakłócającego sygnalizację komórkową bakterii. Enzym ten zapobiega produkcji przez bakterie pozakomórkowych substancji polimerowych, co ogranicza rozwój biofilmu na mikromisce o szklanym dnie. Na koniec struktura biofilmu jest wizualizowana za pomocą...

Źródło: Collins, A. J. i in., Ustanowienie stabilnych binarnych kultur symbiotycznych sacharybakterii z jamy ustnej. J. Vis. Exp. (2021)Ten film demonstruje zastosowanie reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) do wykrywania Sacharibakterii w hodowli binarnej z Actinomyces. Protokół opisuje amplifikację DNA oraz elektroforezę żelową w celu potwierdzenia stabilnej interakcji gospodarz z pasożytem.

Źródło: Matthysse, A. G. Przyleganie bakterii do powierzchni roślin mierzone w laboratorium. J. Vis. Exp. (2018).Ten film pokazuje ocenę przyczepienia bakterii do korzeni roślin za pomocą mikroskopii z kontrastem fazowym. Najpierw montuje się próbki korzeni z sadzonek inkubowanych z bakteriami, aby sprawdzić obecność wolnych bakterii. Następnie próbki są myte, aby usunąć luźno przyczepione bakterie, a następnie ponownie montowane za pomocą odpowiedniego pokrywa, aby zapobiec uszkodzeniom. Na...

Źródło: Matthysse, A. G. Przyleganie bakterii do powierzchni roślin mierzone w laboratorium. J. Vis. Exp., (2018)Ten film pokazuje protokół pomiaru kolonizacji korzeni siewek pomidora przez bakterie patogenne typu dzikiego i niedoborowego celulozy. Liczebne ilości gęsto przylegających bakterii wykazują większą przyczepność i tworzenie mikrokolonii przez szczep typu dzikiego, co podkreśla rolę celulozy w stabilnej kolonizacji korzeni.

Źródło: Brown, A. O., i Orihuela, C. J. Wizualizacja Streptococcus pneumoniae w mikrozmianach serca i późniejsza remodelacja serca. J. Vis. Exp. (2015)Film demonstruje immunobarwienie chemicznie utrwalonych przekrojów tkanki sercowej myszy, aby zobrazować bakterie patogenne zlokalizowane w mikrozmianach wywołanych infekcją. Proces obejmuje mycie tkanek, przepuszczanie błon, blokowanie miejsc niespecyficznych, znakowanie przeciwciał, przeciwbarwienie jądrowe oraz mikroskopię konfokalną w celu...

Źródło: Specker, J. T. i in. Badanie współpracy mikroorganizmów za pomocą spektrometrii mas Analiza kolonii bakteryjnych rosnących na agarze i w tkankach podczas infekcji. J. Vis. Exp. (2022)Ten film demonstruje zastosowanie laserowej desorpcji/jonizacji (MALDI) spektrometrii mas wspomaganej macierzą do wizualizacji rozkładu aminokwasów w tkankach jelit u myszy zakażonych Clostridioides difficile, samodzielnie lub w połączeniu z Enterococcus faecalis. Procedura obejmuje przygotowanie tkanek,...

Źródło: Bucher, T. i in., Metodologie badań biofilmów B. subtilis jako modelu do charakteryzacji inhibitorów biofilmu małocząsteczkowego. J. Vis. Exp.(2016)Ten film pokazuje przygotowanie dojrzałych kolonii biofilmu bakteryjnego do obrazowania w wysokiej rozdzielczości. Obejmuje etapy utrwalania, odwodnienia, montażu oraz nakładania powłok metalowych, aby zachować i zobrazować morfologię biofilmu.

Źródło: Beaudoin, T. i inni. Wizualizacja wpływu plwociny na rozwój biofilmu za pomocą komorowego modelu osłonowego. J. Vis. Exp. (2016)Ten film prezentuje metodę in vitro do oceny, jak plwocina mukowiscydozy pochodząca od pacjentów wpływa na tworzenie biofilmu bakteryjnego. Za pomocą szkiełek komorowych, barwienia fluorescencyjnego oraz mikroskopii konfokalnej ujawnia się zwiększona grubość, zmieniona architektura oraz wyższa żywotna biomasa w biofilmach hodowanych ze plwociną, podkreślając...

Weźmy rurki z medium zawierającym kompozyt nanocząsteczkowy, zaprojektowany z połączenia metali przejściowych i węgla.Wprowadź antybiotykooporne bakterie Gram-dodatnie i Gram-ujemne do oddzielnych probek jako próbki testowe.Uwzględnij nieleczone bakterie jako środek negatywny, a bakterie leczone antybiotykami jako pozytywne.Inkubuj próbki poprzez potrząsanie.U bakterii Gram-ujemnych porowata błona zewnętrzna i cienka warstwa peptydoglikanu ułatwiają przedostawanie się nanocząstek, prowadząc do...

Źródło: Bratton, B. P. i in., Trójwymiarowe obrazowanie komórek bakteryjnych dla dokładnych reprezentacji komórkowych i precyzyjnej lokalizacji białek. J. Vis. Exp. (2019)Ten film pokazuje metodę pozyskiwania i analizowania trójwymiarowych obrazów fluorescencyjnych komórek bakteryjnych w celu badania organizacji białek na poziomie pojedynczych komórek.

Źródło: Le, T. A. N., i in., Measuring the Effects of Bacteria and Chemicals on the Jelit of Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2019)Ten film demonstruje test oparty na fluorescencji mającycy na celu ilościową przepuszczalność jelit u osób C. elegans, które były narażone na Pseudomonas aeruginosa. W porównaniu z kontrolami karmionymi Escherichia coli, robaki poddane patogenom wykazują zwiększoną przeciekliwość fluoroforu do jamy ciała, co wskazuje na uszkodzenie bariery nabłonkowej.

Źródło: O'Brien, wiceprezes i inni. Nawracająca infekcja dróg moczowych Escherichia coli wywołana przez narażenie pęcherza pochwy Gardnerella u myszy. J. Vis. Exp. (2020)Ten film prezentuje przygotowanie szczepionki Gardnerella wagalis w celu ustanowienia mysiego modelu nawracającej infekcji dróg moczowych.

Źródło: Lenhard, A. i in. Model myszy przedstawiający przejście Streptococcus pneumoniae z kolonizatora do patogena po współinfekcji wirusowej powtarza chorobę zaostrzoną przez wiek. J. Vis. Exp. (2022)Ten film pokazuje model współinfekcji myszy, w którym wirus grypy wywołuje przejście Streptococcus pneumoniae z kolonizatora do patogenu. Opisuje etapy związane z kolonizacją bakteryjną, infekcją wirusową i postępem choroby.

Źródło: Lenhard, A. i inni. Model myszy przedstawiający przejście Streptococcus pneumoniae z kolonizatora do patogena po współinfekcji wirusowej powtarza chorobę zaostrzoną przez wiek. J. Vis. Exp. (2022)Ten film pokazuje przetwarzanie płuc przez mysz współzakażoną patogenną bakterią i wirusem. Rozdrobnienie, homogenizacja i poszycie tkanki płucnej pozwala na ilościowe określenie obciążenia bakteryjnego, co wskazuje na rozprzestrzenianie się bakterii do płuc i nasilenie choroby.

Źródło: Cross, T. i in., Zoptymalizowana technika wzbogacania dla izolacji gatunków bakteriofagów Arthrobacter z izolatów próbek gleby. J. Vis. Exp.(2015)Ten film pokazuje przygotowanie kultury bakteryjnej do produkcji bakteriofagów. Obejmuje etapy zaszczepienia bakterii glebowej w kolbie z przegrodami, promowanie równomiernego wzrostu poprzez napowietrzanie i potrząsanie oraz monitorowanie gęstości komórek za pomocą pomiarów gęstości optycznej. Gdy hodowla osiągnie optymalną fazę wzrostu, jest...

Źródło: Conover, M. S. i in., Ustanowienie i charakterystyka ZUM i CAUTI w modelu myszy. J. Vis. Exp. (2015)Ten film pokazuje wykrywanie wewnątrzkomórkowych społeczności bakteryjnych (IBC) w tkance pęcherza myszy zakażonej Escherichia coli ekspresującą β-galaktozydazę. Po utrwaleniu tkanek, permeabilizacji i barwieniu X-gal, IBC pojawiają się jako niebieskie punkty pod mikroskopem rozcinającym, co potwierdza inwazję bakterii podczas infekcji dróg moczowych.

Źródło: Wang, Y. i in. In Vivo Badanie terapii przeciwdrobnoustrojowym niebieskim światłem w leczeniu wieloopornych infekcji oparzeń Acinetobacter baumannii z wykorzystaniem obrazowania bioluminescencji. J. Vis. Exp. (2017)Ten film pokazuje, jak zidentyfikować infekcję oparzeniową w modelu myszy, stosując podgrzany mosiężny blok, a następnie patogenne szczepienie bakteryjne. Bakterie kolonizują odsłoniętą macierz zewnątrzkomórkową i tworzą biofilm, umożliwiając badania in vivo interakcji...

Źródło: Wang, Y. i in. In Vivo Badanie terapii przeciwdrobnoustrojowym niebieskim światłem w leczeniu wieloopornych infekcji oparzeń Acinetobacter baumannii z wykorzystaniem obrazowania bioluminescencji. J. Vis. Exp. (2017)Ten film pokazuje procedurę obrazowania zakażeń ran oparzeniowych u myszy zaszczepionych Acinetobacter baumannii z bioluminescencyjnym operonem. Pokazuje, jak utlenianie podłoża katalizowane lucyferazą wytwarza światło proporcjonalne do obciążenia bakterii, umożliwiając...

Źródło: Barbero, A. M., et.al. Testy fluorescencyjne do badania interakcji Mycobacterium tuberculosis z receptorem odpornościowym SLAMF1. J. Vis. Exp. ( (2025)Ten film demonstruje test oparty na fluorescencji badający interakcję między receptorem makrofagów a antygenami Mycobacterium tuberculosis . Antygeny znakowane fluorescencją na slipie są inkubowane z ekstraktami białek makrofagów, sieciowane, znakowane przeciwciałami i wizualizowane przez nakładające się sygnały fluorescencji.

Źródło: Li, J. i inni. Opracowanie modelu infekcji larwal danio pręgowanego dla Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020).Ten film demonstruje procedurę mikrogavage, w której znieczulona larwa danio jest unieruchomiona w agarozie i doustnie wstrzykiwana patogenną bakterią za pomocą igły prowadzonej przez śledzenie. Nieinwazyjne podanie naśladuje naturalne zakażenie, umożliwiając analizę replikacji bakterii, uwalniania toksyn oraz uszkodzeń nabłonka jelit.

Źródło: Rufián, J. S., et.al. Analiza ekspresji genów strzykawki pseudomonas w tkance roślinnej na poziomie pojedynczych komórek. J. Vis. Exp. (2022)Ten film demonstruje metodę infiltracji próżniowej polegającą na wprowadzeniu patogenu bakteryjnego do liści rośliny Arabidopsis . Podejście to wykorzystuje przygotowaną zawiesinę bakteryjną oraz impulsy próżniowe, aby umożliwić równomierne przenikanie przez szparki szparkowe, co skutkuje kontrolowanym zakażeniem liści.

Źródło: Casanova, A. i in. Testy oparte na mikroskopii do wysokoprzepustowego przesiewania czynników gospodarza zaangażowanych w infekcję brucella komórkami hela. J. Vis. Exp. (2016)Ten film pokazuje wysokoprzepustowe obrazowanie zakażenia Brucella abortus w komórkach nabłonkowych z użyciem siRNA-medializowanego STING knockdown, aby zbadać rolę wykrywania DNA cytosolowego w wewnątrzkomórkowej replikacji bakterii oraz wrodzonej odpowiedzi immunologicznej gospodarza.

Źródło: Miquel Guennoc, C. i inni. Nowa metoda jakościowej wieloskalowej analizy biofilmów bakteryjnych na koloniach grzybów włóknistych z wykorzystaniem mikroskopii konfokalnej i elektronowej. J. Vis. Exp. (2017)Ten film pokazuje przygotowanie hodowli grzybów na poddanych leczeniu błon celofanowych, aby wspierać tworzenie kolonii i wzrost promieniowy. Następnie pokazuje uprawę i przygotowanie komórek bakteryjnych glebowych do testów interakcji. Na koniec ilustruje, jak komórki bakteryjne...

Źródło: Harris, S. L. i in. Monitorowanie kolonizacji bakteryjnej i utrzymania korzeni Arabidopsis thaliana w pływającym systemie hydroponicznym. J. Vis. Exp. (2019)Ten film prezentuje protokół monitorowania kolonizacji bakterii związanych z korzeniami na sadzonkach Arabidopsis thaliana uprawianych w systemie bezglebowym. Po kolonizacji bakterie są usuwane przez sonikację, następnie rozcieńczane, pokładane i inkubowane, tworząc kolonie odzwierciedlające przywiązanie i żywotność bakterii.

Source: Calatayud Arroyo, M., et al. Assessing the Viability of a Synthetic Bacterial Consortium on the In Vitro Gut Host-microbe Interface. J. Vis. Exp. (2018)The video demonstrates a method to evaluate the viability of anaerobic oral bacteria using fluorescent dyes and flow cytometry. It begins with culturing bacteria in oxygen-free broth, followed by resuspending a single colony from a blood agar plate. After incubation and dilution, the culture is stained with membrane-permeable and...

Source: Jackson, L., et al. Visualization of Pseudomonas aeruginosa within the Sputum of Cystic Fibrosis Patients. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the in situ visualization of Pseudomonas aeruginosa within chemically cleared cystic fibrosis sputum using fluorescent labeling and confocal microscopy to reveal bacterial localization and biofilm structure.

Source: Hunt, A. M. A., et al. Come to the Light Side: In Vivo Monitoring of Pseudomonas aeruginosa Biofilm Infections in Chronic Wounds in a Diabetic Hairless Murine Model. J. Vis. Exp.(2017).This video demonstrates the procedure for assessing infection clearance and healing progression in a wounded diabetic mouse using bioluminescent and microscopic images.

Source: Liu, X., et al. Bacterial Leaf Infiltration Assay for Fine Characterization of Plant Defense Responses using the Arabidopsis thaliana-Pseudomonas syringae Pathosystem. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates a method to assess the bacterial load in Arabidopsis thaliana leaves infected with Pseudomonas syringae. Leaf discs from infected leaves are homogenized, serially diluted, and plated onto nutrient-rich agar to promote bacterial colony formation. Colony counts are then used to...

Source: Ahn, J. J., et al. Experimental Infection with Listeria monocytogenes as a Model for Studying Host Interferon-γ Responses. J. Vis. Exp. (2016)The video demonstrates bacterial load measurement in spleen and liver tissues isolated from mice infected with an intracellular bacterial pathogen. Bacteria, accumulated within tissue-resident phagocytes during systemic infection, are released using detergent-based lysis and mechanical disruption. Serial dilutions of the homogenates are plated on...

Źródło: Siva-Jothy, J. A. i inni. Infekcja bakteryjna jamy ustnej i wypadanie u Drosophila melanogaster. J. Vis. Exp. (2018)Film pokazuje infekcję jamy ustnej Drosophila melanogaster bakteriami patogennymi. Obejmuje przygotowanie fiolek z infekcją oraz przenoszenie głodnych much w celu umożliwienia spożycia bakterii. Procedura obejmuje kolonizację jelit, następnie sterylizację powierzchniową i homogenizację much. Na koniec pokazuje ilościowe określenie wewnętrznego obciążenia bakteryjnego...

Źródło: Mueller, A. i in. Model eksperymentalny do badania współzakażenia gruźlicą i malarią przy naturalnym przenoszeniu Mycobacterium tuberculosis i Plasmodium berghei. J. Vis. Exp. (2014)Ten film demonstruje aerozolowe dostarczanie Mycobacterium tuberculosis (Mtb) do myszy za pomocą systemu komor opartych na nebulizatorze, aby wywołać infekcję płuc, dostarczając kontrolowany i powtarzalny model do badania transmisji gruźlicy drogą powietrzną oraz interakcji gospodarza z patogenem in vivo.

Źródło: de Vries, C. R., et.al. Model opóźnionej inokulacji przewlekłej infekcji rany Pseudomonas aeruginosa . J. Vis. Exp. (2020)Ten film pokazuje opóźnione szczepienie luminescencyjnego Pseudomonas aeruginosa u myszy noszącej dwie pełnogrube rany grzbietowe pokryte przezroczystym opatrunkiem foliowym. Ułatwia to powstawanie biofilmu i powstawanie przewlekłych infekcji. Regularne monitorowanie bioluminescencji umożliwia ilościowe określenie obciążenia bakteriami oraz śledzenie postępu infekcji...

Źródło: Liu, X. i inni. Bakteryjny test żywienia ustnego z komarami leczonymi antybiotykami. J. Vis. Exp. (2020)Ten film pokazuje wyczerpanie rodzimej mikrobioty jelitowej u komarów przy użyciu roztworu sacharozy zawierającej antybiotyki. Następnie następuje kontrolowana rekolonizacja z zawiesiną bakteryjną dostarczaną przez system odżywiania błonowego, aby ustanowić zdefiniowaną populację bakterii w jelicie komarów.

Źródło: Seman, B. G. i in. Model obrazowania noworodków sepsy bakteryjnej Gram-ujemnej. J. Vis. Exp. (2020)Film prezentuje model noworodkowej myszy do badania infekcji ogólnoustrojowej z użyciem zamkniętych bakterii bioluminescencyjnych. Noworodki są wstrzykiwane wysokodawkowymi lub niskodawkowymi zawiesinami bakteryjnymi i zwracane matce na opiekę poporodową. Otoczone bakterie unikają wczesnego wykrywania odpornościowego, rozprzestrzeniają się systemowo i są wizualizowane w czasie za pomocą...

Źródło: Shi, J. i in., Przesiewowe i identyfikacja supresorów wyciszających RNA z wydzielanych efektorów patogenów roślinnych. J. Vis. Exp. (2020)Ten film pokazuje procedurę przygotowania hodowli Agrobacterium tumefaciens poprzez indukowanie ekspresji genów za pomocą acetosyringonu, a następnie usunięcie antybiotyku poprzez płukanie i ponowną zawiesinę, aby wygenerować zawieszenie gotowe do transformacji do dostarczania genów do tkanek roślinnych.

Źródło: Behera, R.K. i in., Metoda oparta na fluorescencji na badaniu regulacji genów bakteryjnych w tkankach zakażonych. J. Vis. Exp. (2019)Ten film prezentuje przygotowanie hemolitycznych hodowli gronkowca aureus , aby standaryzować wzrost bakterii i osiągnąć synchronizację metaboliczną w badaniach interakcji gospodarz-patogen.

Źródło: Shi, J. i in., Przesiewowe i identyfikacja supresorów wyciszających RNA z wydzielanych efektorów patogenów roślinnych. J. Vis. Exp. (2020)Ten film pokazuje procedurę przygotowania hodowli Agrobacterium tumefaciens poprzez indukowanie ekspresji genów za pomocą acetosyringonu, a następnie usunięcie antybiotyku poprzez płukanie i ponowną zawiesinę, aby wygenerować zawieszenie gotowe do transformacji do dostarczania genów do tkanek roślinnych.

Źródło: Chen, Y. i inni. Ocena zjadliwości i patogenezy infekcji Aeromonas w modelu Caenorhabditis elegans . J. Vis. Exp. (2018)Ten film demonstruje test przeżycia z użyciem C. elegans do modelowania patogenezy Aeromonas , gdzie doustne spożycie bakterii prowadzi do infekcji i śmiertelności jelit, umożliwiając ilościową ocenę zjadliwości bakterii w żywym systemie gospodarza.

Zacznij od myszy niedoborczych immunodeficytów posiadających podskórne guzy ksenoprzeszczepowe pochodzące z ludzkich komórek raka jelita grubego.Doustnie podawaj mysz Pediococcus pentosaceus, bakterię kwasu mlekowego, bezpieczną do spożycia i zaprojektowaną tak, by wydzielać białko przeciwnowotworowe, leczonej myszy.Podaj myszy kontrolnej sól fizjologiczną.Dzięki odporności na kwas, bakterie przetrwają kwaśne środowisko żołądka i docierają do jelit.Tam kolonizują światło jelit i wydzielają...

Zacznij od myszy z guzami litymi wszczepionymi podskórnie w udzie.Wstrzyknij myszom przez żyłę ogonową niezjadliwy, modyfikowany szczep Salmonella typhimurium.Bakterie krążą we krwiobiegu i selektywnie gromadzą się w mikrośrodowisku niedotlenionym, immunosupresyjnym guza.Zawierają plazmid kodujący terapeutyczny peptyd fuzji składający się z peptydu przenikającego komórki oraz mitochondrialnej domeny docelowej białka pro-apoptotycznej, a także białka lizy pochodzące z fagów.Geny te są regulowane...

Źródło: Chen, Y. i inni. Ocena zjadliwości i patogenezy infekcji Aeromonas w modelu Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2018).Ten film demonstruje test toksyczności cieczy C. elegans z użyciem Aeromonas, metodę służącą do oceny zjadliwości bakterii poprzez pomiar przeżywalności robaków w środowisku ciekłym o ograniczonym zawartości składników odżywczych. Test wykazuje patogenność specyficzną dla szczepu na podstawie zakresu uszkodzeń i śmiertelności wywołanej toksynami u C. elegans.

Źródło: Nag, D. i inni. Ilościowe określenie kolonizacji i biegunki Vibrio cholerae w modelu dorosłych danio dano. J. Vis. Exp. (2018)Ten film prezentuje protokół mającycy mierzenie obciążenia bakteryjnego jelitowego u dorosłych danio zakażonych antybiotykoopornym szczepem Vibrio cholerae. Po eutanazji i sekcji przewód jelitowy jest izolowany, ujednolicany szklanymi kulkami i przetwarzany w celu uwolnienia bakterii. Powstały homogenat jest nakładany na selektywne ośrodko, a niebieskobiałe...

Źródło: Nag, D., et.al. Ilościowe określenie kolonizacji i biegunki Vibrio cholerae w modelu dorosłych danio dano. J. Vis. Exp. (2018)Ten film pokazuje szczepienie dorosłych danio patogennym szczepem Vibrio cholerae w celu badania kolonizacji jelit i wyników chorób. Pokazuje, jak toksyny bakteryjne zaburzają integralność jelit, prowadząc do wycieku płynu, wydzieliny śluzowej i wodnistej biegunki przed przygotowaniem ryb do dalszej analizy.

Źródło: Patras, K. A., Doran, K. S. Model myszy kolonizacji pochwy grupy B Streptococcus . J. Vis. Exp. (2016)Ten film pokazuje przygotowanie i zaszczepienie pochwy u samicy myszy leczonej hormonami paciorkowcem grupy B w celu modelowania infekcji. Wyjaśnia, jak hodować i przygotowywać bakterie, podawać inokulum do lumenu pochwy oraz zapewnić skuteczną infekcję.

Źródło: Patras, K. A. & Doran, K. S. Model myszy kolonizacji pochwy grupy B Streptococcus . J. Vis. Exp. (2016)Ten film demonstruje ilościowe określenie obciążenia paciorkowca grupy B (GBS) pochwy w modelu mysim za pomocą wymazu i hodowli chromogenicznej. Opisuje ona etapy związane z pobieraniem próbek, poszywem i liczeniem kolonii w celu ilościowego określenia obciążenia GBS w lumencie pochwy myszy.

Źródło: Conover, M. S. i in., J. Ustanowienie i charakterystyka ZUM i CAUTI w modelu myszym. J. Vis. Exp. (2015)Ten film pokazuje procedurę montażu i wszczepienia cewnika transurethralnego u samicy myszy, po czym następuje szczepienie bakteryjne w celu wywołania zakażenia dróg moczowych związanych z cewnikami oraz badania interakcji gospodarza z patogenem wygenerowanym przez biofilm.

Źródło: Flores, E. i inni. Wykorzystanie pierwotniaka Paramecium caudatum jako nośnika infekcji pokarmowych u larw danio danio. J. Vis. Exp. (2019).Ten film demonstruje metodę ustalania modelu bakteryjnego zakażenia jelit przenoszonego przez żywność u larw danio pręgowanego poprzez karmienie ich paramecjami zakażonymi fluorescencyjnym E. coli.

Źródło: Wang, Y. i in. Badanie in vivo nad terapią przeciwdrobnoustrojowym niebieskim światłem w leczeniu wieloopornych infekcji oparzeń Acinetobacter baumannii z wykorzystaniem obrazowania bioluminescencji. J. Vis. Exp. (2017)Ten film pokazuje procedurę leczenia zakażeń oparzeń spowodowanych bioluminescencyjnymi, opornymi na leki bakteriami u myszy za pomocą terapii światłem niebieskim, a następnie wykonano obrazowanie bioluminescencyjne w celu monitorowania skuteczności leczenia.

Źródło: Ditkowski, B. i in. Model in vitro systemu perfuzji z równoległymi płytkami do badania przyczepności bakterii do tkanek przeszczepów. J. Vis. Exp. (2019).Ten film pokazuje metodę wykorzystania komory przepływu z równoległymi płytami do perfuzji bakterii znakowanych fluorescencją na tkankach przeszczepów naczyń, umożliwiając kontrolowaną analizę adhezji bakteryjnej i wczesnej patogenezy w warunkach przepływu ścinającego.

Źródło: Beernink, B. M. i in. Bezpośrednia agroinokulacja sadzonek kukurydzy poprzez wstrzyknięcie klonów zakaźnych wirusa mozaiki lisogona oraz wirusa mozaiki trzciny cukrowej. J. Vis. Exp. (2021)Ten film demonstruje dostarczanie rekombinowanych klonów wirusowych za pośrednictwem Agrobacterium do siewek kukurydzy w celu wyciszenia genów. Opisuje proces zakażenia Agrobacterium , systemowe rozprzestrzenianie się wirusa oraz zmiany fenotypowe wywołane interferencją RNA.

Źródło: Gupta, K. i inni. Iniekcja do nerczy Escherichia coli w modelu szczura z zapaleniem pelonerek. J. Vis. Exp. (2017).Ten film pokazuje intraneralne wstrzyknięcie E. coli do miednicy nerkowej u znieczulonego szczura, aby wywołać miejscowe zapalenie nerek, modelując ostre zapalenie nerek. Podkreśla kluczowe etapy chirurgiczne oraz techniki aseptyczne niezbędne do ustanowienia powtarzalnego modelu zakażenia in vivo do dalszej analizy.

Źródło: Behera, R. K. i in. Metoda oparta na fluorescencji do badania regulacji genów bakteryjnych w tkankach zakażonych. J. Vis. Exp. (2019)Ten film pokazuje metodę przygotowania zakażonej tkanki nerki myszy, barwienia DNA oraz wykrywania ekspresji genów bakterii za pomocą dwóch fluorescencyjnych reporterów. Czerwony oznacza wszystkie bakterie, a zielony podkreśla komórki reagujące na infekcje.

Źródło: Brzozowski, R. S. i in. Mikroskopia fluorescencyjna żywych komórek w celu badania lokalizacji białek podkomórkowych oraz zmian morfologii komórek u bakterii. J. Vis. Exp. (2019)Ten film demonstruje mikroskopię fluorescencyjną żywych komórek, aby wizualizować zmiany morfologiczne bakterii w czasie rzeczywistym. Opisuje etapy związane z obrazowaniem, akwizycją poklatkową oraz dekonwolucją w celu uzyskania obrazów o wysokiej rozdzielczości w czasie rzeczywistym.

Źródło: McMullen, P. D., Freitag, N. E. Ocena inwazji bakterii na komórki serca w hodowli i kolonizacji serca u zakażonych myszy z użyciem Listeria monocytogenes. J. Vis. Exp. (2015)Ten film pokazuje wstrzyknięcie Listeria monocytogenes do żyły ogonowej myszy w celu wywołania infekcji ogólnoustrojowej. Pokazuje krążenie bakteryjne, kolonizację narządów oraz ilościowe określenie obciążenia bakteryjnego w sercu poprzez homogenizację tkanek, wykonywanie seryjnego rozcieńczania i płyty płytowe.

Źródło: Zhan, Y. i inni. Fotobielenie umożliwia obrazowanie pierścienia FtsZ w Cyanobacterium Prochlorococcus w superrozdzielczości. J. Vis. Exp. (2018).Ten film pokazuje procedurę fotobielenia pigmentów w komórkach cyjanobakterii przy użyciu światła ksenonowego w warunkach zimnych, aby poprawić obrazowanie fluorescencji białek regulujących wzrost.

Źródło: Zhang, M. i in., Szybkie testy podatności na środki przeciwdrobnoustrojowe poprzez stymulowane obrazowanie rozpraszania Ramana inkorporacji deuteru w pojedynczej bakterii. J. Vis. Exp. (2022)Ten film pokazuje zastosowanie stymulowanej mikroskopii rozpraszającej Ramana do oceny podatności na antybiotyki poprzez śledzenie aktywności metabolycznej oznaczanej deuterem. Poprzez monitorowanie sygnałów węgla–deuteru metoda umożliwia szybkie wykrywanie populacji bakterii odpornych i podatnych.

Źródło: Hiroyasu, A., D i in., Ekstrakcja hemocytów z larw Drosophila melanogaster do zakażeń drobnoustrojowych i analiza. J. Vis. Exp. (2018)Ten film pokazuje procedurę wywoływania infekcji bakteryjnej u larw Drosophila poprzez umieszczenie ich w kropli bakteryjnej i nakłucie igłą wolframową. Larwy są następnie wysiadane na rowkowatej, bogatej w składniki odżywcze płytce agarowej w celu badania interakcji żywiciel-patogen.

Źródło: Hiroyasu, A. i inni. Ekstrakcja hemocytów z larw Drosophila melanogaster do zakażeń drobnoustrojowych i analiza. J. Vis. Exp. (2018)Ten film prezentuje wysokorozdzielcze obrazowanie konfokalne hemocytów Drosophila melanogaster zakażonych Coxiella burnetii , aby zobrazować lokalizację patogenów w 3D, umożliwiając szczegółową analizę dynamiki infekcji wewnątrzkomórkowej i interakcji gospodarz-patogen.

Źródło: Rufián, J. S. i in. Analiza ekspresji genów strzykawki pseudomonas w tkance roślinnej na poziomie pojedynczych komórek. J. Vis. Exp. (2022).Ten film pokazuje metodę analizy ekspresji genów u patogennych bakterii roślinnych na poziomie pojedynczych komórek, wykorzystując fluorescencyjnie oznaczony czynnik transkrypcyjny. Obrazowanie konfokalne ujawnia heterogeniczność ekspresji genów zjadliwości, podkreślając funkcjonalną różnorodność w populacji bakterii klonalnych.

Source: Montefusco-Pereira, C. V. et al. P. aeruginosa Infected 3D Co-Culture of Bronchial Epithelial Cells and Macrophages at Air-Liquid Interface for Preclinical Evaluation of Anti-Infectives. J. Vis. Exp.(2020)This video demonstrates a co-culture model of bronchial epithelial cells and macrophage-like cells at the air-liquid interface to study host-pathogen interactions. Pathogenic bacterial infection compromises epithelial membrane integrity, triggering macrophage-like cell activation and...

Source: Nguyen, J. Q., et. al. Intratracheal Inoculation of Fischer 344 Rats with Francisella tularensis. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the procedure of intratracheal inoculation in an anesthetized rat, involving catheter placement, bacterial delivery into the trachea, and subsequent lung infection establishment for studying host-pathogen interactions.

Source: Claes, J., et al, In Vitro and In Vivo Model to Study Bacterial Adhesion to the Vessel Wall Under Flow Conditions. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates an in vivo method for analyzing shear-dependent bacterial adhesion in a live mouse model. Following surgical preparation and catheterization, the mesenteric vasculature is exposed for real-time imaging under a fluorescence microscope. Perfusion with an ionophore and fluorescently labeled bacteria reveals how shear stress triggers...

Source: Poore, K., et al. Epithelial Cell Infection Analyses with Shigella. J. Vis. Exp. (2024)This video demonstrates an in vitro assay to assess Shigella invasion and intracellular replication in human colonic epithelial monolayers. It highlights steps for infection, antibiotic selection, host cell lysis, and recovery of intracellular bacteria for downstream analysis.

Source: Zhang, C., et al., Development and Assessment of Intracellular Infection Models for Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2025)The video demonstrates the isolation of kidneys containing Staphylococcus aureus-infected macrophages, followed by tissue homogenization to release intracellular bacteria. It quantifies bacterial persistence within macrophages in control and antibiotic-treated groups by counting colony-forming units.

Source: Berthold, A., et al. Cultivation Methods of Spirochetes from Borrelia burgdorferi Sensu Lato Complex and Relapsing Fever Borrelia. J. Vis. Exp.(2022)This video demonstrates the cultivation of pathogenic spirochetes from infected skin tissue to model dermal infection. It highlights their localization in the dermis, interaction with the extracellular matrix, and survival during selective culture conditions.

Źródło: Morgan, E. i in. Selektywne oczyszczanie dzikich nicieni Caenorhabditis w celu wzbogacenia bakterii mikrobiomu jelitowego. J. Vis. Exp. (2021)Ten film pokazuje protokół izolowania interesujących bakterii jelitowych od dzikich robaków Caenorhabditis . Robaki są najpierw głodzone i myte, aby wyeliminować pozostałości bakterii żerujących z ich powierzchni i światła jelit, jednocześnie zachowując docelowe mikroorganizmy. Po oczyszczeniu powierzchni i kilku etapach pełzania robaki są...

Źródło: Petersen, C. i in., Izolacja i charakterystyka naturalnej mikrobioty nicienia modelowego Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2022)Ten film pokazuje izolację i hodowlę gatunków bakterii związanych z Caenorhabditis elegans. Liza C. elegans oparta na koralikach, a następnie selektywna hodowla, umożliwia izolację różnorodnych szczepów mikroorganizmów do dalszej analizy.

Źródło: Liu, X. i inni. Bakteryjny test żywienia ustnego z komarami leczonymi antybiotykami. J. Vis. Exp. (2020)Ten film pokazuje rozwarstwienie jelita śródżałowego komara w celu wyizolowania bakterii jelitowych. Jelita środkowe jest pobierane z przewodu pokarmowego, homogenizowane, aby uwalniać bakterie, i nakładane na agarze odżywczym w celu hodowli kolonii bakterii.

Weźmy mysz kontrolną z normalną mikrobiotą jelitową oraz mysz eksperymentalną z osłabioną mikrobiotą jelitową. To wyczerpanie narusza integralność bariery jelitowej.Pozwala to bakteriom przenieść się przez naczynie krwionośne do tkanki wątroby.Wstrzyknąć obu myszom wirusa wirusa zapalenia wątroby typu B lub plazmidu HBV, aby wywołać zakażenie HBV w tkance wątroby.U myszy kontrolnej komórka T wykrywa zainfekowaną komórkę wątroby poprzez interakcję swoich receptorów z antygenami wirusowymi i...

Zacznij od posiewki biosensorowej bakteryjnej zawieszonej w podłożu.Te inżynieryjne bakterie produkują czynnik transkrypcyjny, który po wiązaniu się z konkretnym metabolitem kału aktywuje promotor powiązany z fluorescencyjnym genem reportera.Do tej hodowli dodaj przefiltrowaną próbkę ludzkiego kału zawierającą metabolity, takie jak mleczan, które uczestniczą w interakcjach gospodarz-mikrobiom.Rozcieńcz tę mieszaninę świeżym medium, aby utrzymać optymalną objętość reakcji.Inkubuj bez drgania,...

Zacznij od modelu szczura z szwami zawiązanymi wokół górnych zębów trzonowcowych, aby wspierać kolonizację bakteryjną.Powtarzalnie rozmazuj szwy bakterią patogenną doustną wywołującą chorobę dziąseł, używając roztworu żelowego.Bakterie kolonizują dziąsła wokół szwów.Kolonizacja wywołuje stan zapalny i uszkadza tkanki.Bakterie uwalniają toksyny, które rozprzestrzeniają się przez uszkodzone tkanki i dostają się do krwiobiegu.Te krążące toksyny docierają do jelit, powodują stan zapalny, zakłócają...

Źródło: Yang, E. i inni. Izolacja pojedynczych społeczności bakteryjnych wewnątrzkomórkowych uzyskanych na podstawie modelu myszego zakażenia dróg moczowych do analizy pojedynczych komórek w dalszej fazie. J. Vis. Exp. (2019)Ten film demonstruje ręczną izolację pojedynczych komórek nabłonkowych zawierających wewnątrzkomórkowe społeczności bakteryjne z zakażonego pęcherza mysiego za pomocą mikropipetowania w jamie ustnej, umożliwiając dalszą analizę pojedynczych komórek populacji E. coli...

Źródło: Chen, Y. i in., Ocena zjadliwości i patogenezy infekcji Aeromonas w modelu Caenorhabditis elegans . J. Vis. Exp. (2018)Ten film demonstruje test martwicy mięśni u C. elegans (Caenorhabditis elegans) z użyciem patogennych szczepów Aeromonas . Poprzez karmienie zielonych białek fluorescencyjnych (GFP) na płytkach z nasionami Aeromonas, test modeluje infekcję bakteryjną i ujawnia uszkodzenia tkanek za pomocą obrazowania fluorescencyjnego. Postępująca utrata struktury mięśniowej i sygnału...

Źródło: Hu, Y. et.al., Analiza interakcji między endobiotyką a ludzką mikrobiotą jelitową z wykorzystaniem systemów fermentacji w kąpielach in vitro. J. Vis. Exp. (2019)Ten film pokazuje analizę produkcji krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych przez ludzką mikrobiotę jelitową w odpowiedzi na egzopolisacharydy. Podkreśla ono separację i ilościową identyfikację produktów fermentacji mikroorganizmów za pomocą chromatografii gazowej. Wyniki pokazują, że egzopolisacharydy modulują metabolity...

Źródło: Lo, B. C. i in. Przewlekła infekcja salmonellą wywołana włóknieniem jelit. J. Vis. Exp. (2019)Film demonstruje ilościowe określenie obciążenia bakteryjnego w mysiim modelu przewlekłej infekcji streptomycynowooporną Salmonella typhimurium. Po eutanazji i sterylnej sekcji pobierane są tkanki cekalne i śledzionowe, ujednolicane stalowymi kulkami w celu uwalniania bakterii i seryjne rozcieńczane. Rozcieńczenia nakładane są na selektywnym agarze, a widoczne kolonie są liczone w celu...

Źródło: Figueroa, D. i in. Produkcja i wizualizacja bakteryjnych sferoplastów i protoplastów w celu charakteryzacji lokalizacji antybakteryjnych peptydów. J. Vis. Exp. (2018).Ten film pokazuje przygotowanie sferoplastów z pręcikowatych, gram-ujemnych bakterii. Bakterie są hodowane w obecności antybiotyku, tworząc wydłużone włókna. Są one myte roztworem hipertonicznym i traktowane buforem lizowym, aby usunąć zewnętrzną ścianę komórkową. Leczenie hipotoniczne tworzy sferoplasty, które są...

Źródło: Sigal, N. i inni. Oczyszczanie RNA z wewnątrzkomórkowo hodowanej Listeria monocytogenes w komórkach makrofagów. J. Vis. Exp. (2016).Ten film demonstruje izolację zinternalizowanych patogennych bakterii z zakażonych makrofagów pochodzących ze szpiku kostnego (BMDM). Bakteriom pozwala się przyczepić do komórek gospodarza, a nieprzyłączone bakterie są wypłukiwane. Po internalizacji dodaje się antybiotyk eliminujący bakterie nieinternalizowane. Komórki gospodarza są lizowane, wirowane, a...

Źródło: Temkin, M. I. i in. Wysokoprzepustowe testy kokultury do badania interakcji mikroorganizmów. J. Vis. Exp. (2019)Ten film prezentuje test in vitro do badania interakcji mikroorganizmów między Corynebacterium propinquum a Staphylococcus w współkulturze.

Źródło: Madenspacher, J. H. i Fessler, M. B. Nieinwazyjna i technicznie nieintensywna metoda indukcji i fenotypowania eksperymentalnego bakteryjnego zapalenia płuc u myszy. J. Vis. Exp. (2016)Ten film pokazuje proces ilościowego określania obciążenia bakteryjnego śledziony u zakażonej myszy w celu oceny stopnia zakażenia. Zhomogenizowana śledziona jest rozcieńczana seryjnie i pokryta płytami, aby określić całkowite obciążenie bakteriami. Uzyskane dane dostarczają informacji o interakcjach...

Pobierz posiewy nabłonkowych komórek pęcherza moczowego w wielodołkowej płytki.Inkubować hodowlę kontrolną dzikim typem Enterobacter cloacae, patogenną bakterią z pili, włosowatymi strukturami na powierzchni bakterii.Podjednostka FimH pili wiąże się z receptorem komórki gospodarza, zakotwiczając bakterie typu dzikiego w komórce gospodarza.Inkubować eksperymentalną kulturę z mutantem Enterobacter cloacae pozbawionym FimH.Bez FimH bakterie mutantów nie przylegają do komórek gospodarza.Po...

Weź zawiesiany szczepu patogennej bakterii opornej na antybiotyki.Jedną zawiesinę traktuj krótką, zakłócającą błonę substancję antybiotyczną, a drugą zarówno krótką, jak i dłuższą, membranową mieszanką.Inkubuj oba zawiesiny z poruszeniem. Związki te naśladują strukturę dwuwarstwy lipidowej, umożliwiając ich spontaniczne wstawienie się do błon bakteryjnych.Krótki związek obejmuje tylko część grubości membrany, co powoduje niedopasowanie strukturalne. To niedopasowanie nadwyręża błonę, zaburza...

Źródło: Brown, A. O. i in. Wizualizacja Streptococcus pneumoniae w mikrozmianach serca i późniejsza remodelacja serca. J. Vis. Exp. (2015).Ten film pokazuje mikroskopową wizualizację mikrozmian bakteryjnych w tkance serca myszy. Serce myszy zakażonej Streptococcus pneumoniae jest pobierane, myte i zabiegane przed przetworzeniem w celu uzyskania przekrojów koronalnych. Te fragmenty są barwione hematoksyliną i eozyną oraz badane pod mikroskopem, aby zobaczyć bakterie zamieszkujące mikrozmiany.

Źródło: Pava-Ripoll i in. Wykrywanie patogenów bakteryjnych przenoszonych przez żywność u pojedynczych much. J. Vis. Exp. (2015)Ten film demonstruje metodę opartą na PCR, która wzmacnia docelowe DNA bakterii z wzbogaconych próbek much za pomocą tabletek specyficznych dla patogenów, umożliwiając wykrywanie fluorescencji w czasie rzeczywistym i analizę krzywej topnienia w celu potwierdzenia obecności patogenów przenoszonych przez żywność u poszczególnych owadów.

Źródło: Calatayud Arroyo, M., i inni. Ocena opłacalności syntetycznego konsorcjum bakteryjnego na interfejsie in vitro jelito-mikroorganizm. J. Vis. Exp. (2018).Ten film prezentuje model in vitro żywioł–mikrob do badania żywotności bakterii. Współhodowla komórek Caco-2 i HT29-MTX jest inkubowana z bakteriami wstępnie poddanymi zabiegom w symulowanych warunkach trawiennych. Integralność bariery nabłonkowej ocenia się za pomocą oporu elektrycznego nabłonka, a frakcje z ośrodka, rozpuszczonego...

Źródło: Chen, H. i inni. Specyficzne i dokładne wykrywanie patogenu zielenia cytrusowego Candidatus liberibacter spp. za pomocą konwencjonalnego PCR na próbkach tkanek liści cytrusowych. J. Vis. Exp. (2018)Ten film demonstruje ekstrakcję całkowitego DNA genomowego z tkanki liści cytrusa zakażonej patogenną bakterią. Protokół umożliwia niezawodne odzyskiwanie DNA do dalszego wykrywania patogenu ograniczonego łykiem za pomocą PCR.

Source: Pett, N., et al. T4 Bacteriophage and E. coli Interaction in the Murine Intestine: A Prototypical Model for Studying Host-Bacteriophage Dynamics In Vivo. J. Vis. Exp. (2024).This video demonstrates the in vivo interaction between T4 bacteriophage and E. coli in the murine intestine, and the fecal spot plating method to quantify their coexistence by measuring bacterial colonies and phage plaques.

Source: Alshehri, M. et. al., Organotypic Tissue Model Systems for Investigating Host-Pathogen Interactions In Vitro. J. Vis. Exp. (2025)This video demonstrates a co-culture model using multi-species oral biofilms and human oral epithelium. It highlights epithelial immune activation and enables the downstream analysis of host-pathogen interaction.