세균 성장 및 실험 기법

출처: Cian, M. B. et. al., Acinetobacter baumannii에 대한 기술적 조정을 통해 그람 음성 박테리아에 대한 세포 외피를 내막 및 외막 분획으로 분리. J. Vis. 경험. (2020년)이 비디오는 자당 구배 초원심분리를 사용하여 그람 음성 박테리아의 내막 및 외막 분획을 분리하는 방법을 보여줍니다. 멤브레인 분획은 멤브레인 특정 성분의 표적 분석을 위해 정제 및 저온에서 저장됩니다.

출처: Mercier, N., et al. 그람 양성균에서 RNA 시퀀싱과 결합된 MS2-친화성 정제. J. Vis. Exp. (2021)이 비디오는 박테리아 세포를 수확하고 기계적으로 용해하여 세포 내 내용물을 방출하는 단계별 절차를 보여줍니다.

출처: Mercier, N., et. al., 그람 양성균에서 RNA 시퀀싱과 결합된 MS2-친화성 정제. J. Vis. 경험. (2021년)이 비디오는 아밀로스 수지에 고정된 맥아당 결합 단백질(MBP)-MS2 코트 단백질 융합을 사용한 친화성 정제를 사용하여 박테리아 표적 RNA에 결합된 MS2 태그 소규모 조절 RNA(sRNA)를 분리하는 방법을 보여줍니다.

출처: Feltwell, T., et.al. 불연속적인 밀도 구배를 사용하여 캡슐 양으로 박테리아를 분리합니다. J. Vis. 경험. (2019년)이 비디오는 캡슐 양에 따라 박테리아 균주를 분리하기 위해 불연속적인 밀도 구배를 사용하는 방법을 보여줍니다. 구배를 통해 트랜스포존 돌연변이 라이브러리를 원심분리함으로써 캡슐 밀도가 다른 박테리아가 별개의 층에 국한됩니다. 그런 다음 다운스트림 분석을 위해 분리된 분획을 수집할 수 있습니다.

출처: Gupta, S., Marcela Rodriguez, G. 철 제한 마이코박테리아에 의해 생성된 세포외 소포의 분리 및 특성화. J. Vis. 경험. (2019년)이 비디오는 숙주 환경을 모방하는 철분 제한 조건에서 배양된 Mycobacterium tuberculosis 에서 세포외 소포(EV)를 단계적으로 분리하는 방법을 보여줍니다. EV 함유 분획을 농축하고 식별하기 위해 한외여과, 차등 원심분리 및 밀도 구배 분리를 사용하는 방법을 간략하게 설명합니다.

출처: 왓슨, DC, et.al. 대장균 및 기타 박테리아로부터 세포외 소포의 확장 가능한 분리 및 정제. J. Vis. 경험. (2021년)이 비디오는 유전자 조작 박테리아의 외막에서 파생된 세포외 소포(EV)의 분리 및 농축을 보여줍니다. 이 과정에는 박테리아를 배양하여 EV를 방출한 다음 세포와 잔해물을 제거하기 위한 순차적 원심분리 및 여과 단계가 포함됩니다. 마지막으로, 한외여과는 다운스트림 분석을 위해 EV를 농축하는 데 사용됩니다.

출처: Watson, DC, et al. 대장균 및 기타 박테리아로부터 세포외 소포의 확장 가능한 분리 및 정제. J. Vis. 경험. (2021년)이 비디오는 박테리아 배양 여과액에서 박테리아 세포외 소포(EV)를 분리하기 위해 다공성 수지 비드를 사용한 크기 배제 크로마토그래피를 사용하는 방법을 보여줍니다. 더 큰 EV는 수지 기공을 우회하여 조기에 용리되는 반면, 더 작은 단백질은 기공으로 들어가 나중에 용리됩니다.

출처: Fattahi, N., et al. 박테리아 스크리닝, 선택 및 분리를 위한 광분해성 하이드로겔 인터페이스. J. Vis. 경험. (2021).이 비디오는 UV 광선을 사용하여 광분해성 하이드로겔에서 박테리아 콜로니를 추출하는 방법을 보여줍니다. 특정 콜로니가 선택되고 패턴화된 빛 노출이 국부적인 하이드로겔 분해를 시작하도록 설계되었습니다. 빛의 강도와 지속 시간을 조정한 후 UV 광선이 적용되어 콜로니가 방출됩니다. 그런 다음 콜로니는 튜브를 통해 흡인되고 다운스트림 분석을 위해 튜브로 옮겨집니다.

출처: Ghadigaonkar, D. 및 Rath, A. 수인성 항생제 내성 박테리아의 분리 및 식별 및 항생제 내성 유전자의 분자 특성화. J. Vis. 경험. (2023년)이 비디오는 선택적 배지를 사용하여 물 샘플에서 항생제 내성 박테리아를 분리하고 준비하는 방법을 보여줍니다. DNA는 항생제 내성 박테리아에서 추출되고 증폭되어 박테리아 항생제 내성 유전자를 식별합니다.

출처: Kazi, M. I., et. al., 고처리량 시퀀싱을 위한 그람 음성 박테리아에서 트랜스포존 삽입 라이브러리 생성. J. Vis. Exp. (2020년)이 비디오는 카나마이신 내성을 기반으로 트랜스포존 삽입을 운반하는 그람 음성 수용자 박테리아의 선택, 정량화 및 보존을 보여줍니다.

출처: Fernández-Coll, L. 및 Cashel, M. 대 장균 (p)ppGpp의 다중 생체 내 측정에 이어 박층 크로마토그래피를 위해 마이크로타이터 접시 방사성 표지를 사용합니다. J. Vis. 경험. (2019년)이 비디오는 박층 크로마토그래피(TLC)를 사용하여 박테리아 스트레스 반응 뉴클레오티드 ppGpp 및 pppGpp의 수준과 역학을 측정하기 위한 고처리량 프로토콜을 제시합니다. 이 방법은 다양한 스트레스 조건에서 박테리아 배양에서 (p)ppGpp를 정량화하는 강력하고 신속하며 비용 효율적인 접근 방식을 제공하여 박테리아 생리학 및 엄격한 반응에 대한 고해상도 분석을 가능하게 합니다.

출처: Streather, BR, et al. 대장균에서 재조합 단백질로 채워진 소포의 최적화된 생산 및 분석. J. Vis. 경험. (2023년)이 비디오는 박테리아 소포에서 VNp(Vesicle Nucleating Peptide)로 태그된 재조합 단백질의 생산 및 분리를 보여줍니다. 유도제는 VNp 태그 단백질 발현을 유발하여 소포 형성 및 캡슐화를 유도한 다음 세포 용해 없이 효율적인 단백질 회수를 위해 원심분리 및 초음파 처리를...

출처: Shivaiah, K., et al. 식물 잎 조직 및 시아노박테리아에서 Plastoglobule 지질 방울 분리. J. Vis. 경험. (2022).이 비디오는 자당 밀도 구배 원심분리를 사용하여 시아노박테리아에서 장소구를 분리하는 방법을 보여주며, 지질이 풍부하고 밀도가 낮은 특성을 강조하고 다운스트림 분석을 위한 구조적 보존을 보장합니다.

출처: Armbruster, KM, Meredith, TC 질량 분석법에 의한 구조 결정을 위한 박테리아 지단백질의 농축 및 N-말단 리포펩티드의 제조. J. Vis. 경험. (2018년)이 비디오는 온열 시 상 분리를 거치는 비이온성 세제를 사용하여 박테리아 지단백질을 농축하는 방법을 보여줍니다. 순차적인 온도 변화와 원심분리 단계를 통해 지단백질은 세제 상으로 선택적으로 분할되는 반면 비지단백질 오염 물질은 제거됩니다. 그런 다음 농축된 지단백질을 침전, 세척 및 다운스트림 응용 분야를 위해 재현탁됩니다.

출처: Leuthold, M. M., et al. X선 결정학을 위한 대 장균 에서 인간 노로바이러스 돌출 도메인 생산. J. Vis. 경험. (2016).이 비디오는 크기 배제 크로마토그래피를 사용하여 재조합 인간 노로바이러스 P 도메인을 정제하는 방법을 보여주며, 차등 기공 접근성을 기반으로 고분자량 및 저분자량 불순물로부터 표적 단백질을 분리하는 방법을 강조합니다. 이 공정은 UV 흡광도로 모니터링되고 용출된 분획의 SDS-PAGE 분석을 통해 확인됩니다.

출처: Kuo, T., et al. 배치 모드에서 대장균에서 과발현된 헬리코박터 파일로리 호중구 활성화 단백질의 1단계 음성 크로마토그래피 정제. J. Vis. 경험. (2016년)이 비디오는 박테리아 용해물에서 독성 관련 단백질을 정제하는 음성 크로마토그래피 기술을 보여줍니다. 완충 용액에 양전하를 띤 수지를 사용함으로써 숙주 세포 단백질은 선택적으로 유지되는 반면, 중성에 가까운 표적 단백질은 결합되지 않은 상태로 유지되어 플로우 스루에 수집됩니다. 이 방법을 사용하면 다운스트림 응용 분야를 위한 표적 단백질을 효율적으로 분리하고 회수할 수 있습니다.

출처: Murata, T., et al. Streptococcus mutans에서 고분자량 단백질의 정제. J. Vis. Exp. (2019)이 비디오는 Streptococcus mutans에서 분비되는 폴리히스티딘 태그 단백질의 정제를 위한 단계별 절차를 보여줍니다.

출처: Venuprasad, K., et al. 기도 염증을 연구하기 위한 마우스 모델에서 헤모필루스 인플루엔자의 기관내 투여. J. Vis. 경험. (2016년)이 비디오는 다운스트림 분석을 위해 유형화할 수 없는 헤모필루스 인플루엔자 에 감염된 안락사된 마우스로부터 기관지폐포 세척액을 수집하고 처리하는 방법을 보여줍니다.

출처: Ginies, C., et al. Bacillus cereus의 지방산 식별. J. Vis. 경험. (2016년)이 비디오는 바이오매스를 알칼리성 용액으로 처리한 후 다운스트림 분석을 위해 상 분리 및 용매 증발을 수행하여 박테리아 샘플에서 지방산 메틸 에스테르(FAME)를 제조하는 과정을 보여줍니다.

출처: Shivaiah, K., et al. 식물 잎 조직 및 시아노박테리아에서 Plastoglobule 지질 방울 분리. J. Vis. 경험. (2022년)비디오는 시아노박테리아에서 플라스토글로불을 분리하는 방법을 보여줍니다. 이는 시아노박테리아 배양으로 시작하여 기계적 힘을 사용하여 세포 파괴를 통해 진행됩니다. 광합성 색소의 방출은 성공적인 용해를 나타냅니다. 그런 다음 자당 단계 구배를 사용하여 밀도에 따라 세포 성분을 분리하여 저밀도 편성소구가 상단에 뚜렷한 밴드를 형성할 수 있도록 합니다. 이 분획은 추가 분석을 위해 수집 및 보존됩니다.

그람 음성 예르시니아 종과 비예르시니아 장내세균과의 배양으로 시작하십시오.멸균 바늘 접종기를 사용하여 배양물을 전통적인 Cefsulodin-Irgasan-Novobiocin 또는 CIN 한천과 변형된 CIN 한천 모두에 점착시킵니다.박테리아 성장을 촉진하기 위해 플레이트를 배양합니다.전통적인 CIN 한천과 변형된 CIN 한천은 모두 만니톨을 발효시켜 산성 부산물을 생성하는 예 르시니아 및 비-예르시니아 장내세균과의 성장을 지원합니다.산 생성은 pH를 낮추고 색상 변화를 유발하여 특징적인 적색 중심 콜로니 형태를 생성합니다.변형된 CIN 한천에는 비-Yersinia Enterobacteriaceae에 의해 발현되는 특정 효소 활성을 검출하는 추가 기질이 포함되어 있습니다.이 박테리아는 기질을 대사하여 pH 변화 또는 색소 생성을 일으켜 콜로니의 형태를 변화시킵니다.대조적으로, Yersinia 종은 특징적인 빨간색 중심의 모양을 유지합니다.결과적으로, 변형된 CIN 한천은 뚜렷한 대사...

박테리아 군집을 포함하는 습지 토양 유래 농축 배양으로 시작합니다.배양은 Feammox 활성, 철 환원과 결합된 암모늄 산화를 나타내며, 이는 이러한 대사 과정을 수행할 수 있는 박테리아의 농축을 나타냅니다.배지를 사용하여 배양액을 연속적으로 희석합니다.희석된 샘플을 철철과 암모늄이 보충된 테스트 한천 플레이트에 줄무늬로 만듭니다.철 또는 암모늄이 부족하거나 암모늄 대신 유기 탄소가 포함된 철이 포함된 대조 플레이트를 사용하여 비 Feammox 경로를 통한 철 환원을 배제합니다.질소-이산화탄소 혼합물이 들어 있는 혐기성 장갑 가방에 모든 플레이트를 배양합니다.암모늄을 산화시키면서 철을 제일철로 환원시키는 박테리아는 테스트 플레이트에서만 회색 콜로니를 형성합니다.이것은 농축 배양에서 Feammox 박테리아의 존재를 확인합니다.테스트 플레이트에 Feammox 부산물이나 대조 플레이트에 유기 탄소를 사용하는 다른 박테리아는 회색 콜로니를 형성하지 않습니다.회색 군집을 분리하고 추가...

출처: Becker, B. 외 효모에서 리신 독소 A 사슬(RTA) 수송에 필요한 세포 구성 요소를 규명하기 위한 간단한 형광 기반 리포터 검사법. J. Vis. 경험 (2017).이 영상은 니켈 기반 친화성 크로마토그래피를 이용해 폴리히스티딘 표지된 재조합 단백질을 정제하는 과정을 보여줍니다. 이 연구는 초음파 검사를 통한 박테리아 용해, 용해액의 정화 및 여과, 그리고 이미다졸을 이용한 표적 단백질의 선택적 결합 및 용출 등 주요 단계를 설명합니다.

출처: Wunderlin, T. 외. 환경 샘플에서 영양세포의 표적 용해를 통한 내포자의 물리적 분리. J. Vis. 경험 (2016)이 영상은 식물성 세포와 다양한 박테리아가 포함된 환경 샘플에서 내포자를 분리하는 방법을 시연합니다. 이 절차는 여과, 기계적 교란, 선택적 화학적 처리를 포함하며, 영양 세포를 약화시키고 용해하면서 내포자를 보존합니다. 마지막 단계는 막 여과를 통해 강인한 내포자를 분리합니다.

출처: 굴라, S. 외. 다중성 PCR 및 모세관 전기영동을 이용한 어류 병원성 박테리아 Yersinia ruckeri 의 다중 좌위 변수 연합 반복 분석. J. Vis. 경험 (2019).이 프로토콜은 고립된 집락을 초순수수에 부탁하고 열을 가해 세포를 용해하여 Yersinia ruckeri 에서 유전체 DNA를 추출합니다. 원심분리는 DNA 함유 상청액을 세포 잔해에서 분리하여 PCR 기반 유전체형 분석과 역학 분석에 적합한 주형 DNA를 생성합니다.

출처: 굴라, S. 외. 다중성 PCR 및 모세관 전기영동을 이용한 어류 병원성 박테리아 Yersinia ruckeri 의 다중 좌위 변수 연합 반복 분석. J. Vis. 경험 (2019).이 프로토콜은 고립된 집락을 초순수수에 부탁하고 열을 가해 세포를 용해하여 Yersinia ruckeri 에서 유전체 DNA를 추출합니다. 원심분리는 DNA 함유 상청액을 세포 잔해에서 분리하여 PCR 기반 유전체형 분석과 역학 분석에 적합한 주형 DNA를 생성합니다.

출처: Stones, DH, et al. 박테리아-숙주 상호 작용을 특성화하기 위한 생체모방 재료. J. Vis. 경험. (2015년)이 비디오는 경쟁 조건에서 숙주 상피 세포에 대한 박테리아 부착을 정량화하기 위해 박테리아 유사체 비드를 사용하는 방법을 보여줍니다. 세포를 처리하고, 용해하고, 콜로니 형성 단위를 측정하기 위해 연속 희석액을 도금하는 단계에 대해 간략하게 설명합니다.

출처: Jung, A. L. et. al., Legionella pneumophila 외막 소포: 대식세포에 대한 전염증 가능성의 분리 및 분석. J. Vis. 경험. (2017년)이 비디오는 박테리아 복제에 미치는 영향을 조사하기 위해 Legionella pneumophila 외막 소포(OMV)로 대식세포를 전처리하는 방법을 보여줍니다. 숙주 면역 신호를 변경함으로써 OMV는 대식세포를 감염에 더 쉽게 만듭니다. 처리되지 않은 세포에 비해 처리된 세포에서 더 높은 콜로니 수는 OMV가 대식세포 내부의 L. pneumophila 복제를 촉진한다는 것을 나타냅니다.

출처: Jagau, H. et al. 일정한 흐름의 원발성 인간 내피 세포의 폐렴구균 감염. J. Vis. 경험. (2019년)이 비디오는 일정한 배지 흐름 조건에서 내피 세포의 VWF(Von Willebrand Factor) 스트링에 대한 폐렴구균 부착의 실시간 시각화를 보여줍니다. VWF 방출을 자극하고, 문자열에 라벨을 붙이고, 박테리아 결합을 정량화하는 단계를 간략하게 설명합니다.

출처: Morrill, SR, et al. 혐기성 성장 박테리아에 의한 쥐 질 집락화 모델. J. Vis. 경험. (2022년)이 비디오는 항생제 내성 혐기성 박테리아를 사용하여 마우스의 질 집락화를 모델링하기 위한 프로토콜을 보여줍니다. 상피 감수성을 증가시키기 위한 호르몬 치료로 시작하여 혐기성 조건에서 질 접종 및 동시 접종이 이어집니다. 이 절차는 박테리아 집락화 및 생물막 형성을 평가하기 위한 접종 후 샘플링 및 배양으로 마무리됩니다.

출처: Li, J. et al. Clostridioides difficile에 대한 유충 제브라피쉬 감염 모델 개발. J. Vis. 경험. (2020년)이 비디오는 형광 표지된 Clostridioides difficile 을 마취된 제브라피쉬 유충의 장 내강으로 미세 주입 기반 전달을 보여줍니다. 유충 준비, 박테리아 주입 및 형광 현미경 기반 장 내 박테리아 국소화 확인과 관련된 단계를 간략하게 설명합니다.

출처: Cruz-Adalia, A., et al. T 세포는 수지상 세포에서 이식을 통해 박테리아를 포획합니다. J. Vis. 경험. (2016).이 비디오는 항원 특이적 T 세포-수지상 세포 상호작용을 통한 박테리아 형질감염을 보여줍니다. 난아알부민 펩타이드를 나타내는 박테리아에 감염된 수지상 세포는 직접 또는 막으로 분리된 T 세포와 함께 배양됩니다. 직접 접촉은 면역학적 시냅스 형성을 가능하게 하여 박테리아 전달을 가능하게 하는 반면 막은 상호 작용을 방지합니다. 그런 다음 세포외 박테리아를 제거하기 위해 겐타마이신 처리가 수행됩니다.

출처: Balczon, R., et al. 녹농균에 의한 폐내피 세포 감염 후 세포독성 아밀로이드를 검출하는 방법. J. Vis. Exp. (2018)이 비디오는 녹농균 감염 후 폐 내피 세포에서 세포독성 상청액을 생성하는 절차를 보여줍니다. 박테리아 이펙터 단백질이 숙주 세포 구조를 교란하고 세포독성 아밀로이드 올리고머의 상청액 방출을 유도하는 방법을 간략하게 설명합니다.

출처: Lee, H. et. al., 감염 중 박테리아로부터 전달되는 이펙터를 시각화하기 위한 녹색 형광 단백질 시스템 분할. J. Vis. 경험. (2018년)이 비디오는 공초점 현미경과 결합된 분할 슈퍼폴더 녹색 형광 단백질(sfGFP) 상보를 사용하여 식물 세포에서 박테리아 감염 및 이펙터 단백질 전달을 모니터링하는 방법을 보여줍니다. 이 접근 방식을 통해 숙주 세포 세포질로의 이펙터 전좌를 정확하게 시각화할 수 있습니다.

출처: Islam, A., et al., 신생아 대 장균 균혈증 분리주의 장 경세포증 평가. J. Vis. 경험. (2023년)이 비디오는 트랜스웰 인서트, 전기 저항 측정 및 박테리아 정량화를 사용하여 장 상피 단층에 걸쳐 신생아 대 장균 의 트랜스사이토시스를 평가하는 절차를 보여줍니다.

출처: Anderson, Q. L., et al. 고처리량, 고함량, 액체 기반 C. elegans 병리 시스템. J. Vis. 경험. (2018년)이 비디오는 유전자 변형 C. elegans 유충이 마이크로플레이트에서 병원성 박테리아에 노출되는 액체 기반 분석을 보여줍니다. 배지에 분비된 박테리아 독소는 숙주 스트레스와 사멸을 유도합니다. 형광 염료는 죽은 벌레를 염색하여 이미징 기반 사망률 정량화를 통해 유전적 감수성 또는 내성을 평가할 수 있습니다.

출처: Yarringto, K. D., et al. 단일 세포 종간 박테리아 상호 작용의 동역학적 시각화. J. Vis. 경험. (2020년)이 비디오는 살아있는 세포 이미징을 위해 아가로스 패드 아래에서 운동성 및 비운동성 박테리아를 사용하여 공동 배양 시스템을 준비하는 방법을 보여줍니다. 운동성 박테리아가 어떻게 화학적 유인제를 감지하고 비운동성 콜로니에 침입하여 박테리아 상호 작용을 드러내는지 보여줍니다.

출처: Sorokulova, I., et al. Bacillus subtilis 균주에 의한 쥐의 열 스트레스 부작용 예방. J. Vis. 경험. (2016년)이 비디오는 유익한 박테리아 또는 인산염 완충 식염수(PBS)로 전처리되고 장 장벽 무결성을 평가하기 위해 열 스트레스에 노출된 쥐를 보여줍니다. 대조군 쥐의 수많은 콜로니와 달리 치료된 쥐의 간에서 더 적은 장 유래 박테리아 콜로니는 온전한 상피 장벽과 최소한의 박테리아 전좌를 나타냅니다.

출처: Yi, Y., et al. 식물-미생물 상호작용: 감자 뿌리 삼출물에 대한 Bacillus mycoides의 전사 반응. J. Vis. 경험. (2018년)이 비디오는 식물-미생물 상호 작용을 연구하기 위한 Bacillus mycoides 배양의 준비 및 처리를 보여줍니다. 이는 스톡 배양을 줄무늬로 만들고 액체 배지에서 배양하는 것부터 교반 하에 박테리아를 식물 뿌리 삼출물에 노출시키는 단계에 대해 간략하게 설명합니다. 이 과정은 삼출물에 의해 유도된 유전자 발현 변화의 후속 분석을 위해 박테리아 세포를 수확하고 급속 냉동하는 것으로 마무리됩니다.

출처: Venuprasad, K., et al. 기도 염증을 연구하기 위한 마우스 모델에서 헤모필루스 인플루엔자의 기관내 투여. J. Vis. 경험. (2016년)이 비디오는 하기도 감염을 모델링하기 위해 마취된 마우스에 폐 병원성 박테리아 접종물을 기관내 전달하는 방법을 보여줍니다.

출처: Taylor, MN, et.al. 단일 웜 데이터를 사용하여 Caenorhabditis elegans-박테리아 상호 작용의 이질성을 정량화합니다. J. Vis. 경험. (2022년)이 비디오는 무균, 연령 일치 Caenorhabditis elegans 벌레가 장 집락화를 위해 박테리아 균주에 노출되는 것을 보여줍니다. 부착되지 않은 외부 박테리아를 선택적으로 제거하여 정량화를 위해 장 상피에 부착된 생존 가능한 박테리아만 남기는 것을 설명합니다.

출처: Taylor, M. N. et al. 단일 웜 데이터를 사용하여 Caenorhabditis elegans-박테리아 상호 작용의 이질성을 정량화합니다. J. Vis. 경험. (2022년)이 비디오는 기계적 파괴를 통해 개별 Caenorhabditis elegans 의 장내 세균 부하 변동성을 정량화하는 방법을 보여줍니다. 개별 벌레 간의 장내 박테리아 부하 차이를 평가하기 위한 샘플 준비, 기계적 파괴, 연속 희석 및 콜로니 계수 단계를 간략하게 설명합니다.

내생 박테리아는 식물 조직에 서식하고 식물 성장을 촉진합니다.염분 스트레스 하에서 토마토 식물 성장에 미치는 영향을 연구하려면 잎과 뿌리가 발달하는 무균 묘목부터 시작하십시오.실험 묘목의 뿌리를 내생 박테리아의 현탁액에 담그십시오. 대조군은 접종하지 않은 상태로 두십시오.외부 미생물 간섭을 방지하기 위해 두 그룹을 멸균된 토양으로 옮기고 성장 챔버에서 배양합니다.토양에서 박테리아는 일시적인 뿌리 구멍을 통해 들어가 내부 조직에 식민지를 형성하고 다른 식물 부분으로 퍼집니다. 집락화를 강화하기 위해 박테리아 현탁액을 다시 바르십시오.두 그룹 모두에서 점진적인 염분 스트레스를 유도하기 위해 격일로 염화나트륨 용액을 적용합니다.염분 스트레스는 식물 세포를 손상시키는 활성 산소종(ROS) 생성을 유발합니다.내생균은 ROS 소거 효소를 생산하고 식물 성장을 위한 식물 호르몬과 미량 영양소를 공급하여 스트레스를 완화합니다.배양 후 실험 묘목은 성장을 유지하는 반면 대조군은 발달이 멈춥니다.

인산염 용해성 박테리아 또는 PSB와 보라색 비황 박테리아 또는 PNSB의 접종 혼합물을 섭취하십시오.비료와 소똥을 섞은 토양에 혼합물을 뿌립니다.씨앗을 뿌리고 흙으로 덮으십시오.식물이 자라도록 하십시오.박테리아는 뿌리권이라고 불리는 영역의 뿌리 근처에 위치합니다.PSB는 불용성 토양 인산염을 용해성 형태로 전환합니다.한편, PNSB는 대기 중 질소 가스를 암모니아로 변환하여 질소를 고정합니다.식물은 수용성 인산염과 암모니아를 흡수하여 성장을 촉진합니다.또한 PNSB는 식물 성장을 더욱 지원하는 식물 호르몬이나 식물 성장 촉진 물질을 배설합니다.PNSB는 또한 병원성 미생물의 성장을 억제하는 생리 활성 화합물을 생산합니다.식물의 중간 성장 단계에는 접종 혼합물을 토양에 뿌려 뿌리권의 미생물 활동을 강화하고 식물 성장을 촉진합니다.

균일한 발아를 보장하기 위해 어둡고 무균 상태에서 미리 발아된 벼 묘목부터 시작하십시오.이 묘목을 테스트 박테리아가 사전 접종된 영양이 풍부한 반고체 배지가 들어 있는 플라스크로 옮깁니다.식물이 자라면서 뿌리는 주화성 화합물을 주변 매체로 방출합니다.이 화합물은 박테리아 증식을 자극하여 뿌리 표면에 접착, 증식 및 콜로니 형성을 유도합니다.뿌리가 발달함에 따라 박테리아는 자연적인 구멍과 세포간 공간을 통해 식물로 들어갑니다.일단 내부로 들어가면 박테리아는 식물의 뿌리와 싹 내에 내생 군집을 형성합니다.시간이 지남에 따라 이러한 콜로니는 식물 조직과 안정적인 관계를 형성하고 항균 화합물을 생산하기 시작합니다.다음으로, 묘목을 자연 환경 조건을 모방한 온실로 옮깁니다.식물이 자라면서 내생균이 생산하는 항균 화합물이 생물학적 방제제 역할을 하여 환경의 유해한 미생물로부터 묘목을 보호합니다.

근원:오션 E. 클라크1, 로미 A. 돕1, 톰 헤이셀1, 조앤 L. 포더길1, 다니엘 R. 닐21리버풀 대학교, 2 던디 대학교이 비디오는 카테터 관련 요로 감염을 시뮬레이션하기 위해 요로 카테터의 내부 표면을 모방하는 3D 프린팅 실리콘 코팅 장치의 사용을 보여줍니다.

출처: Arroyo, M. C. 외 시험 관 내 숙주-미생물 인터페이스에서 합성 박테리아 컨소시엄의 생존 가능성 평가. J. Vis. 경험 (2018)이 영상은 모의 구강, 위장, 장 소화 과정에서 합성 구강 미생물 군집의 생존 가능성 평가를 시연합니다. 각 단계 후 세균 생존율이 수치화되며, 소화 스트레스로 인한 점진적인 감소가 나타납니다.

출처: Okamoto, A. 외. 현장에서 양극 호흡 박테리아를 풍부하게 만들기 위한 자체 전기화학 장치. J. Vis. 경험 (2018)이 영상은 현장 전기화학 시스템을 사용해 자연 저장소에서 양극호흡 박테리아(ARB)를 농축하는 과정을 보여줍니다. 산화환원 구배는 양극을 산소가 없는 깊은 물에, 음극을 산소가 풍부한 표면수에 두어 설정합니다. ARB는 바이오필름을 형성하고 전자를 양극으로 전달하며, 양극은 산소가 환원되어 전류를 생성합니다. 양극은 후류 분석을 위해 혐기성 조건에서 수집됩니다.

출처: 아흐마디, S. 외. 인체 대변 미생물군에 대한 중재적 요법의 효과를 추정하기 위한 시험관 내 배치 배양 모델. J. Vis. 경험 (2019).이 영상은 식이 발효성 섬유를 배양하여 장내 미생물 미생물의 대사물 생성을 연구하기 위해 장내 미생물 발효를 모델링하는 방법을 시연합니다.

출처: Biller, SJ, et al. 시아노박테리아 세포외 소포의 분리 및 특성화. J. Vis. 경험. (2022년)이 비디오는 음성 염색을 통해 투과 전자 현미경을 위한 시아노박테리아 세포외 소포를 준비하여 구조 및 비교 분석을 위해 소포 형태, 크기 및 순도를 고해상도로 시각화하는 방법을 보여줍니다.

출처: Zhang, Y., et al. 세포내 박테리아에 의한 엔도-리소좀 시스템의 리모델링을 연구하기 위한 형광 나노입자의 적용. J. Vis. 경험. (2015년)이 비디오는 세포내 박테리아에 감염된 인간 상피 세포에서 엔도-리소좀 리모델링을 시각화하기 위해 형광 나노입자를 사용하는 방법을 보여줍니다. 박테리아 침입 후 병원체는 숙주 세포골격과 엔도-리소좀 시스템을 조작하여 소포 수송을 변경하는 관형 돌출부가 있는 액포를 형성합니다. 그런 다음 형광 표지된 나노입자를 사용하여 이러한 변화를 추적하여 병원체 유발 세포내 트래피킹 사건의 고해상도 이미징을 가능하게 합니다.

출처: Valentine, ME, et al. 녹농균 에서 프레임 내 유전자 결실 돌연변이체의 생성 및 간단한 감염 마우스 모델에서 독성 감쇠 테스트. J. Vis. 경험. (2020년)이 비디오는 생쥐에서 독성 및 약독화된 박테리아 균주의 생체 내 거동을 시각화하고 비교하기 위해 생물 발광을 사용하는 방법을 보여줍니다. 생물발광 박테리아 현탁액의 제조와 마우스에 대한 복강내 주사에 대해 설명합니다. 독성 균주는 전신 확산을 나타내는 반면, 약독화된 균주는 국소적으로 유지되며 희미해지는 신호로 표시된 대로 점차적으로 제거됩니다.

출처: Guo, S., et al. 유도제 구배 플레이트에서 박테리아 표면 군집 운동성을 정량화합니다. J. Vis. 경험. (2022).이 비디오는 다양한 억제제 농도에서 박테리아 떼 거동을 연구하기 위해 이중층 구배 떼 플레이트를 사용하는 방법을 보여줍니다. 바닥층에 구배 형성 억제제가 있는 플레이트에 박테리아를 접종하고 배양합니다. 박테리아 떼에 대한 억제제 농도의 영향을 분석하기 위해 일정한 간격으로 이미지를 캡처합니다.

출처: Zhang, X., et al. 생체 재료 관련 황색포도상구 균 감염의 생체 내 시각화 및 생체 내 분석을 위한 제브라피쉬 배아 모델. J. Vis. 경험. (2019년)이 비디오는 황색포도상구균을 주입한 제브라피쉬 배아의 형광 이미징을 보여주며, 감염 진행 및 박테리아 분포를 정량화하여 생체 내 숙주-병원체 상호 작용에 대한 생체 재료 마이크로스피어의 영향을 평가할 수 있습니다.

출처: Schlimpert, S. et al. 미세유체 장치를 사용한 전체 S. 베네수엘라의 수명주기의 형광 타임랩스 이미징. J. Vis. Exp. (2016)이 비디오는 미세유체 장치를 사용하여 박테리아 Streptomyces venezuelae 의 전체 수명 주기에 대한 형광 타임랩스 이미징을 통해 발아, 균사 성장 및 포자 형성을 실시간으로 시각화합니다.

출처: Bru, J., et.al. 박테리아 떼의 타임랩스 이미징과 집단 스트레스 반응. J. Vis. 경험. (2020년)이 비디오는 군집 한천 플레이트 분석을 사용하여 녹농 균의 군집 회피 행동을 시각화하고 측정하는 방법을 보여줍니다. 통제된 조건에서 타임랩스 이미징을 위한 설정을 보여주고 항생제 유발 스트레스 신호가 이미지 분석을 통해 정량화되는 박테리아 움직임의 방향을 바꾸는 방법을 설명합니다.

근원: Heering, J., 외., 세포 분화 유도 및 Vibrio parahaemolyticus 수영 및 떼 세포의 단일 세포 이미징. J. Vis. 경험. (2017).이 비디오는 형광 이미징을 위해 Vibrio parahaemolyticus 콜로니에서 군집 세포를 준비하는 방법을 보여줍니다. 이 박테리아는 수영 세포에서는 단극성으로, 길쭉한 군집 세포에서는 양극성으로 국한되는 형광단 태그 단백질을 발현하도록 유전자 조작되어 시각적 분화를 가능하게 합니다. 현미경 슬라이드 위에 아가로스 패드를 준비하고, 그 위에 콜로니 섹션을 배치하고 제거하여 부착 세포를 남긴 다음 이미징을 위해 커버슬립으로 덮습니다.

출처: Bennett, JA et al. Streptomyces 발달 돌연변이체의 시각적 및 현미경적 평가. J. Vis. 경험. (2018년)이 비디오는 위상차 현미경을 사용하여 야생형과 돌연변이 Streptomyces coelicolor 사이의 표현형 차이를 조사하는 방법을 보여줍니다. 포자 형성의 발달 결함을 감지하기 위해 공중 필라멘트를 준비하고 이미징하는 것과 관련된 단계를 간략하게 설명합니다.

출처: Chu, W. 및 Zhuang, X. 색상 반응을 기반으로 박테리아 운동성 시각화. J. Vis. 경험. (2022년)이 비디오는 운동성 균주와 비운동성 균주를 시각적으로 구별하여 박테리아 운동성을 평가하기 위한 산화환원 염료 기반 반고체 한천 분석을 보여줍니다.

출처: Pioli, R., et al., 순차적 모세관 보조 조립을 통한 미생물 및 미립자의 패턴화. J. Vis. 경험. (2021년)이 비디오는 무탄소 현탁액 및 제어된 흐름을 사용하여 미세유체 트랩에서 단일 형광 태그가 지정된 대장균(E. coli) 세포를 캡처한 다음 영양분을 첨가하여 미세 콜로니의 성장 및 형광 이미징을 유발하는 방법을 보여줍니다.

출처: Wen, J., Pasman, et. al., Bacillus subtilis 포자의 제르미노솜 및 내막 시각화. J. Vis. Exp. (2019년)이 비디오는 박테리아 포자 내에서 발아 단백질의 조직을 밝히는 3차원 형광 이미지를 획득하기 위해 구조화된 조명 현미경을 사용하는 방법을 보여줍니다.

출처: Oms, T., et al. 대 장균에서 항생제 지속성의 집단 및 단일 세포 분석. J. Vis. 경험. (2023년)이 비디오는 미세유체 시스템 내에서 형광 표지된 DNA 결합 단백질을 발현하는 개별 박테리아 세포를 모니터링하기 위한 프로토콜을 제시합니다. 이는 항생제가 대부분의 세포를 억제하는 반면, 지속성 세포의 하위 집단은 치료 중에 살아남고 항생제 제거 후 다시 자라는 방법을 보여줍니다.

출처: Murata, K. et. al., 고전압 극저온 전자 단층 촬영에 의한 시아노박테리아의 DNA 압축 시각화. J. Vis. 경험. (2018년)이 비디오는 일주기 조절 DNA 압축을 연구하기 위해 명암 주기 하에서 시아노박테리아의 동시 배양을 보여줍니다. 형광 현미경은 정의된 시점에서 응축된 DNA를 밝혀 집단 전체의 세포 주기 정렬을 확인합니다.

출처: Chetrit, D., et al. Legionella pneumophila dot/icm 분비 시스템의 시공간적 특징을 해결하기 위해 생세포 이미징 및 냉동 전자 단층 촬영을 적용합니다. J. Vis. 경험. (2020년)이 비디오는 살아있는 세포 형광 이미징을 사용하여 레지오넬라 뉴모필라에서 분비계 구성 요소의 극성과 역학을 정량화하여 박테리아 병인을 이해하는 데 중요한 공간 모집 및 세포질 재분포를 분석하는 방법을...

출처: Chetrit, D., et al. Legionella pneumophila dot/icm 분비 시스템의 시공간적 특징을 해결하기 위해 생세포 이미징 및 냉동 전자 단층 촬영을 적용합니다. J. Vis. 경험. (2020년)이 비디오는 박테리아 배양, 금 나노입자 마킹 및 유리화 기술을 결합하여 극저온 전자 단층 촬영을 위한 레지오넬라 뉴모필라 샘플을 준비하는 방법을 설명합니다. 이 공정은 천연 세포 구조를 보존하고 막 관련 분비 시스템 구성 요소의 고해상도 이미징을 가능하게 합니다.

출처: Weber, N., et al., 필라멘트 시아노박테리움 포르미디움 라쿠나의 자연 변형, 단백질 발현 및 냉동 보존. J. Vis. 경험. (2022년)이 비디오는 필라멘트 배양물을 균질화하여 균일한 현탁액을 생성하고, 현미경 슬라이드 위에 페트리 플레이트 분석 설정을 준비하고, 필라멘트 움직임을 시각화함으로써 Phormidium lacuna 의 활공 운동성을 평가하는 절차를 보여줍니다.

출처: 소로쿨로바, I. 외. Bacillus subtilis 균주에 의한 쥐의 열 스트레스 부작용 예방. J. Vis. Exp. (2016)이 영상은 열 스트레스에 노출된 쥐에서 Bacillus subtilis 의 보호 효과를 평가하기 위해 사용되는 조직학적 및 혈액 현미경 분석을 소개합니다.

출처: 차이모비츠, E. A. 외 타임랩스 현미경을 이용한 대장 균의 생물학적 잡음 연속 측정. J. Vis. 경험 (2021)이 영상은 타임랩스 현미경을 이용해 박테리아의 성장 및 분열 과정에서 GFP 형광의 변동을 추적하여 대장균 의 생물학적 잡음을 실시간으로 시각화하는 과정을 보여줍니다.

출처: Fattahi, N., et al. 박테리아 스크리닝, 선택 및 분리를 위한 광분해성 하이드로겔 인터페이스. J. Vis. 경험. (2021년)이 비디오는 실리콘 마이크로웰 어레이 내에서 박테리아 콜로니를 분리하기 위해 광분해성 하이드로겔을 사용하는 방법을 보여줍니다. 박테리아 세포는 먼저 마이크로웰에 로드되고 가교 하이드로겔에 캡슐화되고 별개의 콜로니로 배양됩니다. 자외선에 노출되면 하이드로겔의 표적 분해를 통해 개별 콜로니를 선택적으로 추출할 수 있습니다.

출처: Feltwell, T., et.al. 불연속적인 밀도 구배를 사용하여 캡슐 양으로 박테리아를 분리합니다. J. Vis. 경험. (2019년)이 비디오는 다양한 캡슐 생산을 가진 박테리아 균주의 준비 및 특성화를 보여줍니다. 캡슐 관련 유전자에 서로 다른 돌연변이를 가지고 있는 병원성 균주를 배양하고, 액체 배지에서 성장시키고, 원심분리하여 펠릿 밀도를 기반으로 캡슐 표현형을 구별합니다. 완충액 처리는 캡슐 구조를 보존하면서 세포를 세척하고 안정화하는 데 사용됩니다.

출처: Le Nagard, L., et al. Magnetospirillum 속의 성장하는 자기 이동성 박테리아: 균주 MSR-1, AMB-1 및 MS-1. J. Vis. 경험. (2018).이 비디오는 액체 및 반고체 배지를 모두 사용하여 미호기성 조건에서 마그네토스피릴룸 박테리아를 배양하는 방법을 보여줍니다. 이는 산소-무산소 계면에서 눈에 보이는 박테리아 밴드의 형성과 산소가 고갈됨에 따라 상향 이동을 강조합니다. 이 비디오는 또한 자기장에 대한 반응으로 방향성 수영을 관찰하여 자기 이동 행동을 평가하는 방법을 보여줍니다.

출처: Valentine, ME, et al. 녹농균 에서 프레임 내 유전자 결실 돌연변이체의 생성 및 간단한 감염 마우스 모델에서 독성 감쇠 테스트. J. Vis. 경험. (2020).이 비디오는 플라스미드 기반 유전자 결실 전략을 사용하여 녹농 균에서 이중 교차 재조합체의 생성을 보여줍니다. 이 과정에는 단일 교차를 통해 게놈에 통합된 비복제 플라스미드를 보유한 박테리아를 선택한 다음 자당 선택 하에서 두 번째 재조합 사건을 유도하여 플라스미드를 절제하는 과정이 포함됩니다. 성공적인 이중 교차 재조합은 항생제 내성의 상실과 자당 함유 배지에서 성장할 수 있는 능력으로 확인됩니다.

출처: Schlimpert, S., et al. 미세유체 장치를 사용한 전체 S. venezuelae 수명주기의 형광 타임랩스 이미징. J. Vis. 경험. (2016년)이 비디오는 Streptomyces venezuelae에서 포자의 배양 및 분리를 보여줍니다. 박테리아가 스트레스에서 생존하는 데 도움이 되는 휴면 세포인 포자는 영양분 제한 중에 생성되고 원심분리를 통해 수집됩니다. 이 방법은 다운스트림 응용 분야를 위한 순수하고 냉장 저장된 포자 현탁액을 보장합니다.

출처: Heering, J., et al. Vibrio parahaemolyticus 수영 및 떼 세포의 세포 분화 유도 및 단일 세포 이미징. J. Vis. 경험. (2017년)이 비디오는 특별히 준비된 한천 배지를 사용하여 Vibrio parahaemolyticus 에서 군집 세포 분화 유도를 보여줍니다. 철분 고갈, 칼슘 보충 및 표면 접촉과 같은 환경 신호를 조작함으로써 박테리아는 수영 형태에서 측면 편모가 있는 길쭉한 떼 세포로 전환하도록 자극됩니다. 이러한 분화된 세포는 고체 표면 전체에 퍼져 성공적인 형태학적 변화를 의미하는 특징적인 군집 플레어를 형성합니다.

출처: Li, J., et. al., Clostridioides difficile에 대한 유충 제브라피쉬 감염 모델 개발. J. Vis. 경험. (2020년)이 비디오는 제브라피쉬 유충의 장에서 Clostridioides difficile 박테리아를 분리하고 배양하는 방법을 보여줍니다. 감염된 장을 해부하고 균질화한 후 항생제가 함유된 선택적 혐기성 배지에서 배양합니다. 이러한 조건은 경쟁 미생물을 억제하고 생존 가능한 세포의 성장을 촉진합니다.

출처: Ayivi, R. et al., 유산균의 배양, 성장 및 생존력: 품질 관리 관점. J. Vis. 경험. (2022년)이 비디오는 냉동 글리세롤 스톡에서 저온 스트레스를 받은 유산균을 회수하고, 혐기성 배양을 통해 박테리아 생존력을 회복하고, 배양 확장을 위해 활성 콜로니를 분리하는 방법을 보여줍니다.

출처: Kuo, C., et al. 비침습적 생체 내 생물발광 시스템에 의한 쥐 숙주에서 장출혈성 대장균 집락화 검출. J. Vis. 경험. (2018년)이 비디오는 동물 모델에서 경구 접종물로 사용하기 위해 냉동 재고에서 루시페라아제 발현 장출혈성 대장균 현탁액을 제조하는 방법을 보여줍니다. 이를 통해 생체 내 감염 연구 중 장 집락화에 대한 실시간 생물 발광 추적이 가능합니다.

출처: Nathoo, N., et al. 식물/미생물 분자 상호 작용 및 신호 전달의 동시 및 체계적 분석을 위한 수경 공동 재배 시스템. J. Vis. 경험. (2017).이 비디오는 멸균 조건에서 식물-박테리아 상호 작용을 연구하기 위한 수경 공동 재배 시스템을 보여줍니다. 식물 묘목은 멸균된 산성 성장 배지로 옮겨져 배양되고 Agrobacterium을 접종하기 전에 오염 여부를 검사합니다. 활성화된 박테리아는 식물 뿌리에 부착되어 T-DNA를 식물 세포로 전달하며 박테리아 집락화를 강화하는 분자 변화를 촉진합니다.

출처: Figueroa, DM, et al. 항균 펩타이드 국소화를 특성화하기 위한 박테리아 스페로플라스트 및 프로토플라스트의 생산 및 시각화. J. Vis. 경험. (2018년)이 비디오는 그람 양성 박테리아 Bacillus megaterium에서 원형질체를 생성하는 단계별 절차를 보여줍니다.

출처: Eggers, CH 라임병 스피로헤타 보 렐리아 부르크도르페리의 파지 매개 유전자 조작. J. Vis. 경험. (2022년)이 비디오는 항생제 내성 유전자를 운반하는 휴면 박테리오파지 DNA로 조작된 유전자 변형 보렐리아 부르그도르페리 배양의 준비를 보여줍니다. 항생제 선택 및 배양 후 화학적 유도제는 DNA 손상을 유발하여 내성 유전자를 포함하는 새로운 비리온의 절제, 복제 및 조립을 유도합니다. 두 번째 원심분리 및 재현탁 후, 성숙한 바이러스 입자를 포함하는 박테리아 세포는 다운스트림 적용을 위한 준비가 됩니다.

출처: Morales-Soto, N. et. al., 박테리아 표면 운동성 분석의 준비, 이미징 및 정량화. J. Vis. 경험. (2015년)이 비디오는 연질 한천의 표면 운동성을 관찰하기 위해 녹색 형광 단백질을 발현하는 박테리아를 사용하는 군집 분석을 보여줍니다. 타임랩스 이미징은 조정된 팽창과 덩굴손 형성을 포착하여 박테리아 표면 운동성을 강조합니다.

출처: Anwar, Z., et al. 소매 식품 샘플에서 Clostridium perfringens 독소형의 농축 및 검출. J. Vis. 경험. (2019).이 비디오에서는 아황산염 환원균을 아황산염 함유 한천 배지에서 배양하여 혐기성 성장하여 아황산염을 황화수소로 환원하여 철 이온과 함께 검은색 침전물을 형성합니다. 검은 콜로니는 무균 기술을 사용하여 한천 깊이에서 분리되고 지속적인 혐기성 배양을 위해 신선한 배지로 옮겨집니다.

출처: Morita, M., et al. 거대 소포 내부의 단일 세포 수준에서 박테리아 세포 배양. J. Vis. 경험. (2019).이 비디오는 지지된 지질 이중층에 고정된 거대한 소포 내부에 캡슐화된 개별 박테리아 세포를 배양하고 관찰하는 방법을 보여줍니다. 이 시스템은 제한된 생리학적으로 관련된 미세 환경에서 단일 세포 성장 역학의 안정적이고 장기적인 이미징을 가능하게 합니다.

출처: Tomás, JM, et al. 박테리아 운동성에서 박테리아 글리코실트랜스퍼라제의 역할을 밝히기 위한 null 돌연변이체의 생성. J. Vis. 경험. (2022).이 비디오는 대장균 에서 자살 플라스미드의 개시자 의존적 증폭을 보여줍니다.항생제 내성 유전자를 운반하는 플라스미드는 숙주에 의해 암호화된 개시제 단백질이 있는 경우에만 복제됩니다. 전기천공 및 회수 배지에서 배양한 후, 혼합물을 항생제 함유 한천에 도금합니다. 플라스미드를 가진 박테리아는 개시제 단백질이 플라스미드의 항생제 내성 유전자를 발현할 수 있기 때문에 생존합니다.

출처: Cafini, F., et.al. 황색포도상구균의 수평 유전자 전달 연구를 위한 방법론. J. Vis. 경험. (2017년)이 비디오는 자연 형질전환을 통해 황 색포도상구균 에서 능력 유도 DNA 흡수를 보여줍니다. 시그마 인자를 구성적으로 발현하도록 조작된 클로람페니콜 민감성 균주를 영양 제한 조건에서 배양하여 능력을 강화한 다음 내성 유전자를 운반하는 기증자 DNA와 함께 배양합니다. 성공적인 유전자 전달은 클로람페니콜 내성 형질전환체의 선택적 성장에 의해 확인됩니다.

출처: Anderson, Q. L., et al., A High-throughput, High-content, Liquid-based C. elegans Pathosystem. J. Vis. 경험. (2018년)이 비디오는 표적 유전자 발현을 억제하기 위해 플라스미드를 운반하는 RNA 간섭(RNAi) 박테리아의 제조를 보여줍니다. 다운스트림 분석을 위한 dsRNA 발현 플레이트를 생산하기 위한 RNAi 박테리아 선택, 성장 및 유도 단계를 간략하게 설명합니다.

출처: Brodl, E., et al. 현장 생물발광 박테리아의 세포 밀도와 발광의 측정 및 상관관계. J. Vis. 경험. 1 (2018년)이 비디오는 발광 오페론의 쿼럼 감지 매개 활성화를 관찰하기 위해 해양 생물발광 박테리아의 배양을 보여주며, 미생물 통신 및 유전자 조절 연구를 위한 유전자 발현 및 발광을 실시간으로 모니터링할 수 있습니다.

출처: Gilmore, SF, et al. 백신 개발을 위한 Chlamydia muridarum 의 재조합 주요 외막 단백질에 대한 무세포 규모 생산 및 보조제 추가. J. Vis. 경험. (2022년)이 비디오는 이중 구획 시스템을 사용하여 나노디스크 안정화 막 단백질 항원의 무세포 합성을 보여줍니다. 이 장치는 효율적인 단백질 합성, 적절한 접힘 및 나노디스크로의 안정적인 통합을 위한 최적의 조건을 유지합니다.

출처: Bru, J., et al., 박테리아 떼의 타임랩스 이미징 및 집단 스트레스 반응. J. Vis. 경험. (2020년)이 비디오는 한천 플레이트 설정 및 타임랩스 이미징을 사용하여 중앙 배양에서 항생제와 혼합된 동일한 배양물을 포함하는 위성 지점으로의 박테리아 성장을 관찰하여 녹 농 균의 떼 행동을 분석하는 절차를 보여줍니다.

출처: Liu, P. C., et al. 항생제 선택 하에서 박테리아의 적응 진화를 위한 저비용의 자동화된 Morbidostat의 설계 및 사용. J. Vis. 경험. (2016년)이 비디오는 미세유체 칩을 사용하여 트리메토프림 항생제 스트레스 하에서 야생형 및 트리메토프림 내성 대장균 균주의 성장과 형태를 시각화하고 비교하는 방법을 보여줍니다.

출처: Bhaduri, S., et al., Sporosarcina pasteurii에 의해 매개된 미생물학적으로 유도된 방해석 침전. J. Vis. Exp. (2016년)이 비디오는 우레아와 염화칼슘으로 Sporosarcina pasteurii 를 농축하여 우레아제 활성을 유발하여 미생물학적으로 유도된 방해석 침전(MICP)을 통해 눈에 보이는 방해석 결정을 형성하는 방법을 보여줍니다.

출처: Figueroa, DM, et.al. 항균 펩타이드 국소화를 특성화하기 위한 박테리아 스페로플라스트 및 프로토플라스트의 생산 및 시각화. J. Vis. 경험. (2018년)이 비디오는 먼저 세포 분열을 억제하여 필라멘트화를 유도한 다음 세포벽의 효소 소화를 통해 대 장균 스페로플라스트를 생산하는 방법을 보여줍니다. 이 공정에는 현미경 관찰을 위한 적절한 구형 형성 및 안정성을 보장하기 위해 킬레이트제, DNase 및 삼투압 안정제의 제어된 첨가가 포함됩니다.

출처: Collins, AJ, et al., 구강에서 공생 사카리박테리아의 안정적인 이진 배양 확립. J. Vis. Exp. (2021년)이 비디오는 Saccharibacteria와 숙주 박테리아를 숙주 특이적 성장 배지에서 순차적으로 공동 배양하여 이진 배양의 확립 및 유지를 보여줍니다.

출처: Erdogan, F.,et al., 박테리아 접합에 관여하는 전달 단백질의 서열 특이적 분석을 위한 접합 짝짓기 분석. J. Vis. 경험. (2017년)이 비디오는 구조 플라스미드를 사용하여 기증자에서 수혜자 대 장균 세포로 F 플라스미드를 전달하고 이중 항생제 내성을 통해 형질전환체를 선택하는 절차를 보여줍니다. 이 과정에는 박테리아 배양 혼합, 흔들림 없이 배양, 짝짓기 쌍 방해, 성공적인 플라스미드 전달을 확인하기 위한 선택적 배지에 도금하는 작업이 포함됩니다.

출처: Cheng, C., et al. 리보플라빈-5'-인산염의 가시광선 광분해를 통한 병원체 비활성화. J. Vis. 경험. (2022년)이 비디오는 병원성 박테리아에 대한 플라빈 모노뉴클레오티드(FMN)의 광독성 효과를 평가하는 방법을 보여줍니다. 박테리아 배양은 증가하는 농도의 FMN에 노출되고 가시광선으로 조명되어 세포 구성 요소를 손상시키는 활성 산소종(ROS)을 생성합니다. 그런 다음 생존 박테리아를 정량화하여 용량 의존적 생존율 감소를 평가합니다.

출처: Gupta, S., et al. 철 제한 마이코박테리아에 의해 생성된 세포외 소포의 분리 및 특성화. J. Vis. 경험. (2019년)이 비디오는 철분 제한 조건에서 결핵균 을 배양하여 철분 스트레스를 유도하고 박테리아 생존을 지원하는 시데로포어의 분비를 촉진하는 절차를 보여줍니다.

출처: Niu, L., et al., 생체 내 현미경을 통한 제브라피쉬 배아의 마이코박테리아 감염 중 대식세포 용해 세포 사멸의 시각화. J. Vis. 경험. (2019년)이 비디오는 감염 분석 및 다운스트림 응용 분야에서 일관되게 사용하기 위해 후기 로그 단계 배양에서 Mycobacterium marinum 단일 세포 현탁액을 준비하는 방법을 보여줍니다.

출처: Paschke, P., et al. 박테리아에 대한 선택 및 성장에 기반한 Dictyostelium discoideum 세포의 유전 공학. J. Vis. Exp. (2019).이 비디오는 표적 유전자를 운반하는 플라스미드를 전기천공을 통해 아메바 세포에 도입한 후 박테리아 보충제에서 회수하여 야생형 아메바에서 효율적인 유전자 전달을 가능하게 하는 절차를 보여줍니다.

출처: Gutiérrez, S., et. al., 대식세포에서 살모넬라 티피무리움 함유 파고솜의 분리. J. Vis. Exp. (2017)이 비디오는 실험 사용에 적합한 깨끗하고 대사 활성 박테리아 현탁액을 얻기 위해 살모넬라 티피무리움 의 배양 및 준비를 보여줍니다.

출처: Lin, P., et al. 박테리아 미네랄 배설을 통한 텅스텐 산 나트륨 및 몰리브덴산 나트륨 마이크로 캡슐 합성. J. Vis. 경험. (2018).이 비디오는 한천 플레이트에서 연속 희석 및 콜로니 분리를 통해 광물 생산을 위한 단클론 박테리아 배양을 준비하는 방법을 보여줍니다. 유리 구슬로 플레이트를 흔들면 개별 세포가 공간적으로 분리되어 유전적으로 균일한 콜로니를 형성한 다음 성장을 위해 액체 배지로 옮겨집니다. 탁도가 가장 높은 배양물이 선택되어 가장 밀도가 높은 단클론 개체군과 광물 생산의 잠재력이 가장 크다는 것을 나타냅니다.

출처: Lin, P., et al. 박테리아 미네랄 배설을 통한 텅스텐 산 나트륨 및 몰리브덴산 나트륨 마이크로 캡슐 합성. J. Vis. Exp. (2018).이 비디오는 금속 이온으로 금속 환원 박테리아를 배양한 후 초음파 처리, 원심 분리 및 에탄올 세척을 통해 순차적 정제하여 경질 금속 산화물 마이크로 캡슐을 합성하는 절차를 보여줍니다.

출처: Fuchs, FM, et al. 살아있는 세포 현미경을 사용하여 Bacillus subtilis 포자의 생존에 대한 저압 플라즈마 멸균의 해로운 영향을 조사합니다. J. Vis. 경험. (2017년)이 비디오는 Bacillus subtilis 포자의 생산, 정제 및 에어로졸 기반 증착을 통해 균일한 단층을 생성하여 포자 발아, 생존력 또는 스트레스 반응에 대한 현미경 기반 분석과 같은 다운스트림 응용 분야를 가능하게 합니다.

출처: Vieira, J., et al. 낭포성 섬유증 기도 마이크로바이옴에 대한 보충 산소의 효과를 연구하기 위한 모델의 설계 및 개발. J. Vis. 경험. (2021).이 비디오는 낭포성 섬유증 폐 가래의 점도, 영양 조성 및 pH를 모방한 인공 가래 배지의 준비를 보여줍니다. 생성된 배지는 생체 외 연구를 위한 생리학적으로 관련된 플랫폼을 제공합니다.

출처: Maurakis, S. 및 Cornelissen, CN 금속 반응성 유전자의 특성화 및 숙주 리간드로부터의 금속 획득을 위한 Neisseria gonorrhoeae의 금속 제한 성장. J. Vis. 경험. (2020년)이 비디오는 정의된 금속 고갈 배지를 사용하여 금속 제한 조건에서 Neisseria gonorrhoeae 를 성장시키는 절차를 보여줍니다.

출처: Naji, A., et al. Caenorhabditis elegans의 Mitis 그룹 연쇄상 구균에 의해 유발된 산화 스트레스 연구. J. Vis. 경험. (2019).이 비디오는 숙주-병원체 상호작용 연구를 위한 박테리아 배양을 준비하기 위해 Todd-Hewitt 효모 추출물 또는 THY 한천 배지를 사용하여 미호기성 조건에서 Streptococcus mitis를 배양하는 방법을 보여줍니다.

출처: Venuprasad, K. et. al., 기도 염증을 연구하기 위한 마우스 모델에서 헤모필루스 인플루엔자의 기관내 투여. J. Vis. 경험. (2016년)이 비디오는 유형이 불가능한 헤모필루스 인플루엔자의 배양과 다운스트림 집락화 또는 감염 연구를 위한 용량 표준화된 접종물의 준비를 보여줍니다.

출처: Stefan, A., et al., 대장균에서 단백질 공동 발현의 다면적인 이점. J. Vis. 경험. (2015년)이 비디오는 세포 준비, 전기천공, 회수 및 형질전환체 선택을 포함하여 항생제 내성 유전자를 운반하는 플라스미드로 대장균 을 형질전환하는 절차를 보여줍니다.

출처: Jiang, H., Ho, M. 시아노박테리아에서 온전한 피코빌리좀의 분리 및 특성화. J. Vis. Exp.(2021).이 비디오는 이산화탄소 공급과 영양이 풍부한 조건으로 지속적인 조명 하에서 세포를 성장시킨 다음 원심분리를 통해 수확하여 바이오매스를 얻기 위해 시아노박테리아를 배양하는 절차를 보여줍니다.

출처: Wiegand, DJ, Lee, et al., 빠르게 성장하는 박테리아 Vibrio natriegens를 사용한 무세포 단백질 발현. J. Vis. Exp. (2019)이 비디오는 조추출물 생성을 위한 박테리아 펠릿을 준비하기 위해 폭기 조건에서 빠르게 성장하는 박테리아인 Vibrio natriegens의 배양 및 수확을 보여줍니다.

출처: Wiegand, DJ, et al. 빠르게 성장하는 박테리아 Vibrio natriegens를 이용한 무세포 단백질 발현. J. Vis. Exp. (2019).이 비디오는 높은 단백질 합성 속도로 잘 알려진 빠르게 성장하는 박테리아인 Vibrio natriegens에서 세포 추출물을 제조하는 방법을 보여줍니다. 박테리아 펠릿은 세포 분해를 방지하기 위해 얼음 위에서 초음파 처리하기 전에 용해 완충액에 세척하고 재현탁합니다. 용해물을 원심분리하여 불용성 세포 파편을 분리하고, 세포 추출물을 수집하여 급속 냉동하여 향후 사용을 위해 보관합니다.

출처: Wiegand, DJ, et al. 빠르게 성장하는 박테리아 Vibrio natriegens를 이용한 무세포 단백질 발현. J. Vis. Exp. (2019).이 비디오는 Vibrio natriegens 조 용해물을 기반으로 하는 박테리아 무세포 단백질 발현 시스템을 사용하여 결합된 시험관 내 전사 및 번역을 수행하는 방법을 보여줍니다. 필수 성분이 포함된 마스터 믹스의 준비와 DNA 주형에서 기능성 단백질의 단계별 합성을 강조합니다.

출처: Jian, X., et al., MMC(Microbial Microdroplet Culture System)를 사용한 자동화된 미생물 배양 및 적응 진화. J. Vis. 경험. (2022).이 비디오는 미생물 미세 액적 배양 시스템을 사용하여 메탄올 내성을 향한 박테리아의 적응 진화를 유도하는 방법을 보여줍니다. 조작된 박테리아 배양액을 높은 메탄올 스트레스 배지와 혼합하고 이를 미세 물방울로 분할함으로써 시스템은 메탄올 스트레스 하에서 향상된 성장을 보이는 돌연변이를 선택합니다. 반복적인 농축 주기와 콜로니 분리를 통해 추가 분석 또는 적용을 위해 메탄올 적응 박테리아 균주를 배양합니다.

출처: Weber, N., et al., 필라멘트 시아노박테리움 포르미디움 라쿠나의 자연 변형, 단백질 발현 및 냉동 보존. J. Vis. 경험. (2022년)이 비디오는 상동 재조합을 통해 안정적인 GFP 발현 및 항생제 내성을 달성하기 위해 플라스미드 DNA를 사용하여 사상형 시아노박테리아에서 자연 형질전환을 수행하는 절차를 설명합니다.

출처: Wagner, AO,et al., 엄격한 혐기성/무산소 조건에서 미생물 배양을 위한 배지 준비. J . Vis. Exp. (2019년)이 비디오는 엄격하게 통제되고 산소가 제거된 조건에서 무산소 슬러지를 사용하여 혐기성 배양물을 준비하고 접종하는 방법을 보여줍니다.

출처: Lea-Smith, DJ, et al. 모델 시아노박테리아 종에서 마크 및 마커가 없는 돌연변이체의 생성. J. Vis. 경험. (2016년)이 비디오는 시아노박테리아에서 항생제 표시 돌연변이를 생성하는 방법을 보여줍니다. 프로토콜은 시아노박테리아 배양으로 시작하여 표면 필리를 보존하는 원심분리 및 세척 단계가 이어집니다. 그런 다음 상동 서열 옆에 있는 항생제 내성 유전자를 운반하는 플라스미드를 도입합니다. 배양하는 동안 플라스미드는 필리를 통해 내재화되고 상동 재조합을 통해 표적 유전자를 대체합니다. 항생제 선택 및 재추출은 돌연변이 균주를 분리하고 정제하는 데 사용됩니다.

폐수에서 침전된 고형물을 모방한 합성 슬러지가 파종된 밀봉된 무산소 반응기인 혐기성 소화조로 시작하십시오.슬러지에는 혼합 미생물 군집인 중온성 혐기성 미생물이 포함되어 있습니다.이 미생물은 적당한 온도에서 번성하며 슬러지 유기물의 소화를 촉진합니다.슬러지를 지속적으로 혼합하여 박테리아 활동을 유지하고 소화를 촉진합니다.나중에 생분해성 폴리머인 바이오플라스틱을 슬러지에 첨가합니다.배양하는 동안 가수분해 박테리아가 바이오플라스틱에 부착되어 수용성 화합물로 전환됩니다.그런 다음 발효 박테리아는 이러한 화합물을 단쇄 유기산인 휘발성 지방산으로 변환합니다.메탄을 생성하는 미생물인 메탄 생성 물질은 이러한 산을 활용하여 메탄 가스와 이산화탄소를 생성하여 바이오가스를 형성합니다.바이오가스는 출구를 통해 반응기를 빠져나가 가스 샘플링 백에 수집됩니다.이 공동 소화 방법을 사용하면 바이오 플라스틱과 슬러지를 재생 가능한 바이오가스로 효율적으로 소화할 수 있습니다.

배양에서 일정한 세포 밀도를 유지하는 장치인 탁도조절기로 시작하십시오.이 장치에는 박테리아 배양이 있는 용기가 포함되어 있으며, 교반에 의해 지속적으로 폭기되고 일정한 온도로 유지됩니다.레이저 다이오드는 두 개의 경로로 분할된 광선을 방출합니다.한 경로는 레이저 강도 변동을 모니터링하기 위해 기준 센서로 향하고 다른 경로는 배양을 통과합니다.박테리아 세포는 빛을 산란 및 흡수하여 두 번째 센서에 의해 감지되는 투과 강도를 감소시킵니다.이러한 강도 감소는 박테리아 농도를 반영하며 광학 밀도(OD)로 측정됩니다.OD가 목표 임계값 이상으로 상승하면 펌프는 새로운 배지를 추가하여 배양액을 희석합니다.동시에 공기 펌프는 폐수 튜브를 통해 과도한 매체를 제거하여 일정한 부피를 유지합니다.수학적 알고리즘은 박테리아 성장률을 추정하기 위해 광학 데이터를 지속적으로 분석합니다.

기름으로 오염된 토양에서 분리된 녹농균 박테리아 균주를 질소원과 탄소원으로 과도한 식용유를 포함하는 배지에서 시작합니다.이 균주는 바이오플라스틱 생산에 유용한 장쇄 폴리머인 폴리하이드록시알카노에이트(PHA)를 합성합니다.통기를 촉진하고 박테리아 성장을 촉진하기 위해 교반하면서 배양합니다.처음에 배지는 박테리아 증식을 지원하고 높은 바이오매스를 생성하기 위해 탄소와 질소 공급원을 모두 공급합니다.상당한 성장 후 배지의 질소 고갈은 추가 세포 분열을 중단하고 과도한 탄소원을 PHA 생합성으로 방향을 전환합니다.박테리아는 오일을 지방산으로 분해하는 리파아제를 분비하고, 지방산은 세포내 효소에 의해 PHA 전구체로 대사됩니다.PHA 합성효소 효소는 이러한 전구체를 PHA로 중합합니다.PHA는 봉입체로 알려진 세포질 과립 내부에 축적되어 세포 크기가 증가합니다.PHA가 풍부한 박테리아 바이오매스는 이제 다운스트림 분석을 위한 준비가 되었습니다.

그람 음성, 내염성 박테리아인 알리셰와넬라 배양으로 시작하십시오.다음으로, 다양한 수준의 식염수 스트레스를 시뮬레이션하기 위해 증가하는 염화나트륨 농도가 포함된 한천 플레이트에 배양물을 줄무늬로 만듭니다.각 플레이트에 응고되지 않은 배지 층을 겹쳐 산소 확산을 방지하고 산소가 제한된 환경에서 배양을 유지합니다.박테리아 성장을 지원하기 위해 플레이트를 밀봉하고 최적의 온도에서 배양합니다.배양하는 동안 박테리아는 염화나트륨 농도가 다른 플레이트 전체에서 다양한 성장 속도를 나타냅니다.박테리아는 세포 내 삼투압의 균형을 맞추기 위한 호환 용질의 축적, 세포 기능을 보존하기 위한 활성 이온 수송, 염 안정 효소 및 샤페론 단백질의 발현과 같은 삼투압 조절 메커니즘을 통해 식염수 내성을 발달시킵니다.낮은 염도에서 중간 정도의 염도에서 강력한 성장과 높은 염도 조건에서 감소하지만 감지 가능한 성장은 강한 식염수 내성을 나타냅니다.

출처: Arias, S. L. 외 산화철 나노입자를 이용한 기능화된 자성 박테리아 나노셀룰로오스 제조. J. Vis. 경험 (2016년).이 영상은 만니톨이 포함된 영양 배지에서 셀룰로오스 생성 박테리아를 배양하여 나노셀룰로오스를 생산하는 과정을 시연합니다. 박테리아는 만니톨을 포도당으로 대사하고, 포도당은 중합되어 글루칸 사슬로 압출되어 셀룰로오스 시트로 결정화되어 공기-액체 계면에서 3차원 매트릭스를 형성합니다. 생성된 젤라틴성 펠리클은 수확하여 알칼리성 및 물 세척으로 정제한 후 오토클레이빙으로 멸균하여 추가 적용을 위해 사용한다.

출처: Brumfield, K. D. 외, Vibrio 콜레라 의 생물형 유지 및 구별을 위한 임상 및 환경 분리 기법. J. Vis. 경험 (2017)이 영상은 액체 배지에서 박테리아 배양물을 성장시키는 과정을 보여줍니다. 흔들림은 통기를 촉진하고 영양분을 고르게 분배하여 기하급수적 성장을 지원하고, 하류 적용에 적합한 균일하고 대사적으로 활발한 현탁물을 만듭니다.

출처: Schumacher, D. 외 성장 느린 사회성 박테리아 Myxococcus xanthus 의 완전한 영양 세포 주기의 형광 생세포 영상 연구. J. Vis. Exp. (2018)이 영상은 느리게 자라는 토양 박테리아 인 Myxococcus xanthus 의 제조 및 영상 촬영 과정을 보여줍니다. 배양액은 배양지에서 배양되고, 형광 미세구체가 부착된 커버슬립에 적용되고, 미리 데워진 아가로스 패드를 덮어 수분과 영양 공급을 지원합니다. 이 구조는 박테리아 세포 분열 중 세포 과정을 장기간 타임랩스 라이브 이미징으로 수행할 수 있게 합니다.

출처: 양, Z. 외. 살모넬라 속/시겔라 속 선별을 위한 고처리량 플랫폼 J. Vis. 경험 (2018)이 영상은 자일로스 라이신 디옥콜레이트(XLD)와 염색성 한천을 이용한 살모넬라 의 선택적 농축과 식별 과정을 보여줍니다. 셀레나이트 육수는 살모넬라 성장을 촉진하는 반면, XLD 한천은 황화수소 생성을 통해 검은 중심 집락을 드러냅니다. 염색 한천은 효소 매개 색소 형성을 통해 동일성을 확인하여 종 단위의 식별을 가능하게 합니다.

출처: 정 H. 외 화학정기를 이용한 미생물의 적응적 실험실 진화 절차. J. Vis. 경험 (2016).이 영상은 장기간 스트레스 환경에 노출된 배양에서 스트레스에 적응한 박테리아가 선택적으로 분리되고 성장하는 과정을 보여줍니다. 배양물은 스트레스 요인 함유 한천 위에 플레이트링되며, 단일 콜로니가 선택되어 스트레스 물질을 액체 배지에 접종합니다. 흡수율은 성장 상태를 모니터링하고 스트레스에 적응한 박테리아의 성공적인 분리를 확인하기 위해 정기적으로 측정됩니다.

출처: 빌렐라, H. D. M. 외 생물 복원을 위한 미생물 균주 탐사 및 형생물 연구 및 보존을 위한 프로바이오틱스 개발. J. Vis. 경험 (2019).이 영상은 EE2 함유 배지에서 연속 희석, 군집 선택, 성장을 통해 오염물질 분해 해양 박테리아를 분리하는 과정을 보여줍니다. EE2를 유일한 탄소원으로 사용하여 이 환경 오염물질을 대사할 수 있는 박테리아 균주를 식별합니다.

출처: 빌렐라, H. D. M. 외 생물 복원을 위한 미생물 균주 탐사 및 형생물 연구 및 보존을 위한 프로바이오틱스 개발. J. Vis. 경험 (2019)이 영상은 해수 샘플을 유성 배지에 농축하여 선별적으로 분리하는 과정을 시연하며, 순수 균주를 회수하고 원유 생물복원과 환경 정화에 잠재적으로 활용할 수 있게 합니다.

출처: Berens, C. 외. 유도성 발현 시스템을 적용하여 박테리아 병원성 인자가 세포 내 신호 전달에 미치는 간섭을 연구합니다. J. Vis. 경험 (2015)이 영상은 박테리아 효과 단백질 CaeB가 숙주 세포자사멸 연쇄 반응을 방해하는 위치를 식별하기 위해 유도 발현 시스템을 사용하는 방법을 보여줍니다. 이 연구는 CaeB 발현 세포를 테트라사이클린 반응 시스템으로 형질전환하여 프로세포자사멸 유전자 발현을 유도하는 과정을 개괄하며, 이를 통해 연쇄 반응 내 교란 지점을 식별합니다.

출처: Wei, D. 외, 대나무 가수분해 원료를 이용한 Klebsiella pneumoniae 의 화학물질 생산. J. Vis. 경험 (2017)이 영상은 Klebsiella pneumoniae 를 가수분해물 기반 배지에서 미세호기성 및 약한 산성 조건에서 배양하여 대나무 유래 당을 2,3-부탄디올로 미생물적으로 전환하는 과정을 시연합니다.

출처: 헤머리히 J. 외 자동화된 미생물반응기 기술을 이용한 이종 단백질 생산 최적화 프로토콜. J. Vis. 경험 (2017).이 영상은 다양한 배지 제형에 반응하여 박테리아 성장과 형광 단백질 분비를 모니터링하기 위해 자동화된 미생물 반응기를 사용하는 방법을 시연합니다. 분비성 형광 단백질을 발현하는 유전자 변형 박테리아는 항생제 선별 하에 배양되어 영양분이 다양한 웰에 접종됩니다. 세포 밀도와 형광의 실시간 광학 측정은 다양한 성장 조건에서 단백질 생산을 비교 분석할 수 있게 합니다.

출처: 리아-스미스, D. J. 외 모델 남세균 종에서 표지 및 표지 없는 돌연변이체 생성. J. Vis. 경험 (2016)이 영상은 농축된 세포 현탁액을 글리세롤 또는 DMSO와 결합하여 저온에 저장하여 시아노박테리아 균주를 냉동 보존하는 과정을 시연하며, 광합성과 유전 연구를 위한 생존 가능한 배양물을 장기 유지할 수 있게 합니다.

출처: Arias, S. L. 외 산화철 나노입자를 이용한 기능화된 자성 박테리아 나노셀룰로오스 제조. J. Vis. 경험 (2016)이 영상은 글루코나세토박터 자일리누스가 생성하는 박테리아 나노셀룰로오스 펠리클 내에서 자철석 나노입자를 현장에서 합성하는 과정을 시연합니다. 이 연구는 자기 박테리아 나노셀룰로오스가 철 이온 주입, 알칼리 침전, 정제를 통해 생성되는 과정을 설명합니다.

출처: Rufián, J. S. 외, 식물 조직 내 Pseudomonas 시링기 유전자 발현의 단세포 분석. J. Vis. 경험 (2022)이 영상은 주사기 기반 압력 방법을 보여주며, 세포 세포 간 공간인 세포 간 공간인 아포플라스트에서 증식하여 미세군집을 형성하는 포포플라스틱 박테리아를 추출합니다. 이 방법은 단세포 분석에 적합한 잔해 없는 박테리아 샘플을 제공합니다.

출처: Becker, B. 외 효모에서 리신 독소 A 사슬(RTA) 수송에 필요한 세포 구성 요소를 규명하기 위한 간단한 형광 기반 리포터 검사법. J. Vis. 경험 (2017)이 영상은 대 장균 에서 His 표지 리신 독소 A 사슬(RTA)의 유도 발현을 보여줍니다. 재조합 발현 플라스미드로 형질전환된 박테리아의 선택적 배양, His 표지 RTA 발현 유도, 그리고 박테리아의 추가 분석을 위한 준비 과정을 개괄합니다.

출처: Pokhrel, A., et al. 박테리아의 무기 폴리인산염 분석. J. Vis. 경험. (2019).이 비디오는 박테리아 샘플에서 무기 폴리인산염(polyP)을 측정하기 위한 비색 분석을 보여줍니다. 이 절차에는 폴리P를 유리 인산염으로 효소적으로 전환한 다음 몰리브덴산염 및 아스코르브산과 반응하여 파란색 복합체를 생성하는 과정이 포함됩니다. 이 복합체의 흡광도를 알려진 인산염 농도의 표준 곡선과 비교함으로써 박테리아 샘플의 polyP 함량을 정확하게 정량화할 수 있습니다.

출처: Choi, HJ, et al. 압타머 친화성 비드를 사용한 그람 음성 박테리아의 플로우스루 분리를 위한 미세유체 음향영동. J. Vis. 경험. (2022년)이 비디오는 압타머 코팅 마이크로비드와 미세유체 칩 내의 음향력을 사용하여 혼합 박테리아 샘플에서 그람 음성 박테리아를 선택적으로 분리하는 방법을 보여줍니다.

출처: Brodl, E., et al. 생물발광 박테리아의 세포 밀도와 발광의 현장 측정 및 상관관계. J. Vis. 경험. (2018).이 비디오는 형질전환된 박테리아에서 세포 밀도와 생물 발광의 측정 및 상관 관계를 보여줍니다. 단일 박테리아 콜로니는 액체 배양을 시작하는 데 사용됩니다. 배양액을 원하는 세포 농도로 웰에 넣습니다. 박테리아 생물발광에 필요한 유전자를 발현하기 위해 항생제와 유도제를 첨가합니다. 흡광도 및 생물발광에 대한 판독값은 플레이트 리더를 사용하여 일정한 간격으로 측정됩니다.

출처: Koeth, LM, et. al., 호기성 성장 박테리아의 달바반신 체외 감수성 테스트에 대한 참조 국물 미세 희석 방법. J. Vis. 경험. (2015).이 비디오는 그람 양성균에 대한 리포글리코펩타이드 항생제의 최소 억제 농도(MIC)를 결정하기 위한 국물 미세 희석 방법을 보여줍니다. 박테리아 콜로니 분리, 희석, 다양한 항생제 농도의 마이크로플레이트 웰 접종, 배양 순도 및 세포 수 검증을 다룹니다. 이 비디오는 또한 항생제 결합이 세포벽 합성을 방해하여 용해를 유발하는 방법과 눈에 보이는 성장 억제를 기반으로 MIC를 식별하는 방법을 설명합니다.

출처: Zhang, X. et. al., 생체 재료 관련 황색포도상구균 감염의 생체 내 시각화 및 생체 내 분석을 위한 제브라피쉬 배아 모델. J. Vis. 경험. (2019년)이 비디오는 이식된 생체 재료와 관련된 감염을 연구하기 위한 제브라피쉬 배아 모델을 보여줍니다. 폴리스티렌 마이크로스피어를 황 색포도상구균에 주입하면 박테리아 생존이 향상되어 이식된 재료의 감염 촉진 역할이 확인됩니다.

출처: Yeung, M., et al. Vibrio parahaemolyticus 및 기타 Vibrio 종의 검출을 위한 보다 민감하고 특이적인 발색 한천 배지 개발. J. Vis. 경험. (2016년)이 비디오는 비브리오 종을 식별하기 위한 배양 기반 방법을 보여주며, 일반적으로 사용되는 티오황산염-구연산염-담즙염-자당 또는 TCBS 한천에 대한 보다 정확한 대안으로 발색성 한천을 강조합니다. 발색 한천은 종 특이적 효소 활성을 검출하여 비브리오 균주의 우수한 분화를 제공합니다.

출처: Al Ahmar, R., et al. 녹농균 의 작은 군집 변종의 배양 및 알지네이트의 정량화. J. Vis. 경험. (2020년)이 비디오는 산 가수분해 후 우론산을 검출하기 위해 카르바졸을 사용하여 녹 농 균에 의해 생성된 알지네이트를 정량화하기 위한 비색 분석을 보여줍니다. 이 방법을 사용하면 연구 및 임상 연구에서 박테리아 바이오매스로 정규화된 알지네이트 생산의 비교 분석이 가능합니다.

출처: Al Ahmar, R., et al. 녹농균 의 작은 군집 변종의 배양 및 알지네이트의 정량화. J. Vis. 경험. (2020년)이 비디오는 녹농균에 의해 생성되는 보호용 엑소다당류인 알긴산염을 정량화하기 위한 비색 면역분석법을 보여줍니다. 이 절차에는 마이크로플레이트를 샘플로 코팅하고, 특정 항체를 적용하고, 효소-기질 반응을 사용하여 측정 가능한 색상 변화를 생성하는 작업이 포함됩니다. 그런 다음 표준 곡선을 사용하여 샘플의 색상 강도에 따라 알지네이트 농도를 결정합니다.

출처: Hassan, JA, et al. Pseudomonas syringae pv에 대한 내성의 고처리량 식별. 묘목 홍수 분석을 사용한 토마토의 토마토. J. Vis. 경험. (2020).이 비디오는 박테리아 현탁액을 접종한 10일 된 묘목을 사용하여 다양한 토마토 균주에서 박테리아 내성을 스크리닝하는 방법을 보여줍니다. 박테리아가 기공을 통해 침입하고, 식물 면역을 억제하기 위해 이펙터 단백질을 전달하는 방법, 감수성 균주와 내성 균주 간에 식물 반응이 어떻게 다른지 설명합니다. 결과는 눈에 보이는 성장 차이를 관찰하여 평가되며, 저항성 식물은 건강하게 유지되고 취약한 식물은 조직 손상을 보입니다.

출처: Anderson, Q. L. et al. 고처리량, 고함량, 액체 기반 C. elegans 병리 시스템. J. Vis. 경험. (2018년)이 비디오는 숙주-병원체 상호 작용 중 유전자 녹다운을 연구하기 위해 Caenorhabditis elegans 를 사용하는 고처리량 스크리닝 방법을 보여줍니다. 녹다운 웜을 준비하고 이를 분석 플레이트로 옮겨 병원체 유발 웜 사멸의 효과를 평가하는 절차를 간략하게 설명합니다.

출처: Cayron, J. 및 Lesterlin, C. 스트레스 치료 하에서 박테리아 성장에 대한 다중 규모 분석. J. Vis. 경험. (2019년)이 비디오는 도금을 사용하여 생존율을 측정하고 유세포 분석을 사용하여 세포 분열 억제 항생제 처리에서 대장균 필라멘트 및 DNA 복제를 평가하는 절차를 보여줍니다.

출처: Cheng, C., et al. 리보플라빈-5'-인산염의 가시광선 광분해를 통한 병원체 비활성화. J. Vis. 특급 (2022).이 비디오에서는 L-메티오닌, 니트로 블루 테트라졸륨(NBT) 및 플라빈 모노뉴클레오티드(FMN)를 포함하는 완충 반응 혼합물에 보라색 광선을 조사하여 활성 산소종(ROS) 생성을 유도합니다. 이것은 박테리아 비활성화와 분광법으로 검출 가능한 포르마잔의 형성으로 이어집니다.

출처: Weber, N. et. al., 필라멘트 시아노박테리움 포르미디움 라쿠나의 자연 변형, 단백질 발현 및 냉동 보존. J. Vis. 경험. (2022년)이 비디오는 사상체 시아노박테리아의 광주성을 연구하기 위한 집중된 LED 기반 분석을 보여줍니다. 박테리아는 광원을 향해 이동하여 조명 중심에 조밀한 축적물을 형성하며, 이는 캡처된 이미지의 픽셀 강도 분석을 통해 시각화되고 정량화됩니다.

출처: Balczon, R., et al. 녹농균에 의한 폐내피 세포 감염 후 세포독성 아밀로이드를 검출하는 방법. J. Vis. 경험. (2018년)이 비디오는 아밀로이드 베타 시트 구조에 결합하는 형광 염료인 티오플라빈 T를 사용하여 독성 박테리아에 감염된 폐 내피 세포의 배양 상청액에서 아밀로이드를 정량화하는 프로토콜을 보여줍니다. 기준선에 비해 형광의 증가는 배양 상청액에 아밀로이드가 존재함을 나타냅니다.

출처: Speare, L., et al. Vibrio fischeri 분리주 간의 경쟁적 상호 작용을 정량화하기 위한 공동 큐베이션 분석. J. Vis. 경험. (2019년)이 비디오는 박테리아 균주가 공유 환경에서 어떻게 경쟁하는지 연구하는 데 사용되는 공동 배양 분석을 보여줍니다. 이러한 상호 작용을 유도하는 접촉 의존적 또는 접촉 독립적 사멸과 같은 메커니즘을 식별하기 위해 미생물학에 널리 적용됩니다.

출처: Venkateswaran, S., et al. 의료 기기용 박테리아 퇴치제 폴리머의 고처리량 식별. J. Vis. 경험. (2016년)이 비디오는 혼합 박테리아 배양에 노출된 마이크로어레이 슬라이드를 사용하여 박테리아 퇴치성 폴리머를 식별하는 고처리량 방법을 보여줍니다. 박테리아 결합은 DAPI 형광에 의해 평가되며, 여기서 감소된 신호는 표면 부착이 최소화된 폴리머를 나타냅니다.

출처: Barber, AE, et al. 총상 잔류물의 추정 검출을 위한 새로운 박테리아 바이오센서의 준비 및 적용. J. Vis. 경험. (2019).이 비디오는 박테리아 바이오센서를 사용하여 특정 분석물을 검출하는 방법을 보여줍니다. 분석물에 민감한 프로모터 아래에 적색 형광 단백질(RFP) 유전자가 있는 플라스미드를 운반하는 박테리아 배양물을 채취합니다. 테스트 표면을 철저히 닦은 후 물티슈의 작은 부분을 배양액에 담그고 배양합니다. 프로모터와의 분석물 상호 작용은 RFP 발현을 활성화하여 표적 분석물의 존재를 확인합니다.

출처: Augimeri, RV et. al., 박테리아의 에틸렌 반응을 연구하기 위한 도구로 에틸렌 방출 화합물인 2-클로로에틸포스폰산을 활용합니다. J. Vis. 경험. (2016년)이 비디오는 2-클로로에틸포스폰산(CEPA)에 의해 생성된 에틸렌이 박테리아 성장 및 셀룰로오스 생산에 미치는 영향을 보여줍니다. 에틸렌은 셀룰로오스 합성을 자극하는 신호 전달 경로를 활성화하여 펠리클 형성을 향상시킵니다. 이러한 결과는 에틸렌에 대한 박테리아 반응을 강조합니다.

출처: Cayron, J., et al. 스트레스 치료 하에서 박테리아 성장에 대한 다중 규모 분석. J. Vis. 경험. (2019).이 비디오는 스트레스 조건에서 박테리아 세포를 이미징하기 위해 미세유체 플레이트를 준비하고 사용하는 방법을 보여줍니다. 박테리아 배양과 스트레스 유도 항생제 배지를 도입한 후 세포 로딩 및 현미경 설정을 도입하는 과정을 간략하게 설명합니다. 그런 다음 위상차 모드의 타임랩스 이미징을 사용하여 세포 분열 억제로 인해 DNA 함량이 증가한 길쭉한 사상형 세포의 발달을 관찰합니다.

출처: Sekar, A., et. al., 약물 용출 물질의 종단 항균 활성을 결정하는 새로운 방법. J. Vis. 경험. (2023년)이 비디오는 항생제에 노출된 박테리아 배양에서 감소하는 ATP 구동 발광을 정량화하여 항생제가 함유된 고분자 스트립의 항균 효능을 평가하기 위한 발광 기반 분석을 보여줍니다.

출처: Zhu, W., &; Chu, W. 황화수소 생성 박테리아 검출을 위한 민감한 시각적 방법. J. Vis. 경험. (2022년)이 비디오는 황화수소 생성 박테리아를 신속하게 검출하기 위한 민감한 시각적 방법을 보여줍니다. 노란색에서 검은색으로 색상이 변하는 것은 황화비스무트 형성을 통한 박테리아 활동을 나타냅니다.

근원: 베넷, JA 외. Streptomyces 발달 돌연변이체의 시각적 및 현미경적 평가. J. Vis. 경험. (2018)이 비디오는 야생형 및 돌연변이 Streptomyces coelicolor 균주의 재배 및 표현형 비교를 보여줍니다. 적절한 도금 기술을 통해 자발적인 돌연변이를 최소화하고, 교차 오염을 방지하고, 박테리아 성장을 촉진하는 절차를 간략하게 설명합니다. 마지막으로, 비디오는 박테리아 균주 돌연변이의 발달 효과를 설명하기 위해 콜로니 형태의 시각적 차이를 강조합니다.

출처: Francis, MB, et al. 박테리아 포자 발아 중 피질 조각 검출. J. Vis. 경험. (2016).이 비디오는 시간 경과에 따른 환원당의 방출을 측정하여 박테리아 포자 발아 중 피질 분해를 감지하는 비색 방법을 보여줍니다. N-아세틸글루코사민 표준물질과 시점 샘플을 사용하여 이 분석은 보라색 발색 반응을 통해 당 농도를 정량화하여 피질 가수분해 정도를 나타냅니다.

출처: Stenzler, BR et. al., 수은 및 카드뮴 검출을 위한 혐기성 바이오센서 분석. J. Vis. 경험. (2018년)이 비디오는 혐기성 조건에서 수은 이온의 생체 이용 분율을 정확하게 측정하기 위해 유전자 조작 박테리아 바이오센서를 사용하는 방법을 보여줍니다. 황산마그네슘의 농도를 변화시킴으로써 이 분석은 형광 강도의 변화로 표시되는 대로 바이오센서가 유리 수은 이온에 선택적으로 반응하도록 보장합니다.

출처: Vidilaseris, K., et al. Thermotoga maritima 막 결합 피로포스파타제 억제제에 대한 스크리닝. J. Vis. 경험. (2019년)이 비디오는 오르토인산염 방출을 정량화하여 박테리아 막 결합 피로포스파타제(mPPase)의 억제제를 스크리닝하기 위한 비색 분석을 보여줍니다. 이 방법을 사용하면 잠재적인 항균 약물 표적인 Thermotoga maritima에서 mPPase를 억제하는 화합물을 식별할 수 있습니다.

출처: Sarathy, JP et al. 결핵 병변에서 약물 침투를 예측하는 시험관 내 카제움 결합 분석. J. Vis. 경험. (2017년)이 비디오는 급속 평형 투석을 사용하여 결핵 병변에서 카세움에 대한 약물 결합을 측정하기 위한 시험관 내 분석을 보여줍니다. 카세움 현탁액을 준비하고, 투석을 수행하고, 카세움으로의 약물 침투를 예측하기 위해 결합되지 않은 약물 분획을 계산하는 단계를 간략하게 설명합니다.

출처: Rugjee, KN et al., 녹농균에서 c-di-GMP 신호 전달을 조절하는 소분자 스크리닝을 위한 고처리량 설정 구축. J. Vis. 경험. (2016년)이 비디오는 전기천공법을 사용하여 녹농균 에서 순환 di-GMP 반응성 리포터 균주의 생성을 보여줍니다. 항생제 선택 및 형광 기반 분석을 통해 성공적인 형질전환이...

출처: Rugjee, K. N., et al. 녹농균에서 c-di-GMP 신호 전달을 조절하는 소분자를 스크리닝하기 위한 고처리량 설정 구축. J. Vis. 경험. (2016).이 비디오는 c-di-GMP 민감성 프로모터의 제어 하에 녹색 형광 단백질(GFP)을 발현하는 유전자 변형 박테리아를 사용하여 순환 di-GMP 조절제의 스크리닝을 보여줍니다. 형광은 서로 다른 테스트 화합물을 포함하는 멀티웰 플레이트에서 측정됩니다. c-di-GMP 생성을 억제하는 화합물은 형광을 감소시킵니다. 그런 다음 데이터를 분석하여 박테리아에서 c-di-GMP 신호 전달의 잠재적 조절자를 식별합니다.

출처: Chapman, I. J., et al., 유세포 분석을 사용하여 광합성 유기체(Microcystis aeruginosa)의 세포 사망률을 결정하기 위한 분자 프로브 최적화. J. Vis. 경험. (2016년)이 비디오는 형광 프로브 표지와 피코시아닌 자가형광 및 프로브 신호의 유세포 분석을 결합하여 살아있는 세포와 죽은 녹농미세낭 충 세포를 구별하는 방법을 보여줍니다.

출처: Nickling, J. H., et.al. 비표준 아미노산의 선택적 압력 통합에 의해 생산되는 항균 펩타이드. J. Vis. 경험. (2018년)이 비디오는 nisin 변이체의 항균 활성을 평가하는 데 사용되는 한천 우물 확산 분석을 보여줍니다. 막 결합 펩티다제 NisP를 발현하는 락토코커스 락티스 가 대 장균에서 생성된 니신 전구체를 활성화하여 성장 억제 후광을 일으키는 방법을 보여줍니다. 이러한 후광의 크기는 각 니신 변이체의 생체 활성을 반영합니다.

출처: Tokunou, Y., et al, Shewanella oneidensis MR-1의 세포외 전자 수송에 대한 중수소 동위원소 효과의 전기화학적 검출. J. Vis. 경험. (2018년)이 비디오는 양성자 전달이 전기 활성 박테리아의 세포외 전자 전달(EET)에 어떤 영향을 미치는지 평가하기 위한 전체 세포 전기화학적 방법을 보여줍니다. 이 방법은 산화중수소를 사용하여 양성자를 중수소로 대체함으로써 전류의 변화를 측정하여 운동 동위원소 효과를 밝히고 전자 흐름을 조절하는 양성자 운동의 역할을 강조합니다.

출처: Dodge, R., et al. 초파리 마이크로바이옴에 적용된 96웰 플레이트 형식의 빠른 콜로니 형성 단위 계수. J. Vis. 경험. (2023년)이 비디오는 연속 희석 및 도금 접근법을 사용하여 초파리 파리의 장내 관련 박테리아의 콜로니 형성 단위(CFU)를 정량화하는 방법을 보여줍니다. 장내 세균을 포함하는 균질화된 파리 샘플을 연속적으로 희석하고 한천에 도금한 다음 배양하여 콜로니 성장을 허용합니다. 그런 다음 소프트웨어를 사용하여 플레이트의 이미지를 분석하여 각 지점의 콜로니를 정렬, 분할 및 계산하여 정확한 CFU 정량화를 가능하게 합니다.

출처: Maurakis, S., et al. 금속 반응성 유전자의 특성화 및 숙주 리간드로부터의 금속 획득을 위한 Neisseria gonorrhoeae의 금속 제한 성장. J. Vis. 경험. (2020).이 비디오는 금속 반응 유전자의 역할을 연구하기 위한 금속 제한 박테리아 성장 분석을 보여줍니다. 금속 고갈 배지에서 성장한 야생형 및 돌연변이 박테리아는 금속 리간드와 함께 배양되고 플레이트 리더를 사용하여 성장을 모니터링합니다. 금속이 고갈된 조건에서 야생형 박테리아는 금속 흡수와 성장을 가능하게 하는 표면 수용체를 발현하는 반면, 돌연변이체는 이 수용체가 부족하여 성장이 제한됩니다.

출처: Maurakis, S. 및 Cornelissen, CN 금속 반응성 유전자의 특성화 및 숙주 리간드로부터의 금속 획득을 위한 Neisseria gonorrhoeae의 금속 제한 성장. J. Vis. 경험. (2020년)이 비디오는 리간드 결합, 항체 검출 및 비색 시각화를 포함하는 도트 블롯 분석을 사용하여 금속 제한 조건에서 성장한 임 균에서 표면 금속 수송체를 검출하는 절차를 보여줍니다.

출처: Chen, Y., et al., 기능 획득 리포터 시스템을 사용한 특정 마이코박테리아 오번역률 측정. J. Vis. 경험. (2019년)이 비디오는 유도성 GFP 및 분비된 돌연변이 루시페라제 리포터 시스템을 사용하여 마이코박테리움 스메그마티스 에서 오번역을 정량화하는 방법을 보여줍니다. 오번역으로 인한 발광을 측정하고 GFP 형광과 비교하여 테스트 분자가 번역 정확도에 미치는 영향을 평가하는 방법을 보여줍니다.

출처: Gilmore, SF et al. 백신 개발을 위한 Chlamydia muridarum 의 재조합 주요 외막 단백질에 대한 무세포 규모 생산 및 보조제 추가. J. Vis. 경험. (2022년)이 비디오는 나노입자 기반 백신 복합체 내에서 주요 외막 단백질(MOMP)의 구조적 무결성을 평가하기 위해 웨스턴 블로팅을 사용하는 방법을 보여줍니다. 단백질 전달, 항체 라벨링 및 형광 이미징과 관련된 주요 단계를 간략하게 설명합니다.

출처: Stefan, A., et al. 대 장균에서 단백질 공동 발현의 다각적인 이점. J. Vis. 경험. (96), (2015).이 비디오는 베타-글루코시다제 분석을 사용하여 박테리아의 돌연변이 빈도를 평가하는 방법을 보여줍니다. 교정 결핍 DNA 중합효소를 발현하는 박테리아 배양은 연속적인 세대에 걸쳐 수집됩니다. 교정 감소로 인한 복제 오류는 억제된 베타-글루코시다제 유전자를 활성화할 수 있습니다. 원심분리 및 투과화 후 기질을 첨가하고 효소 활성을 측정하여 샘플 전체의 돌연변이 빈도를 정량화합니다.

출처: Jian, X. et. al., 미생물 미세액방울 배양 시스템(MMC)을 사용한 자동화된 미생물 배양 및 적응 진화. J. Vis. 경험. (2022년)이 비디오는 박테리아 성장의 실시간 모니터링을 위한 미세유체 액적 기반 플랫폼의 사용을 보여줍니다. 박테리아 현탁액을 포함하는 균일한 물방울을 생성하고 검출 경로를 통해 안내함으로써 이 시스템은 세포 밀도를 지속적으로 광학적으로 측정하여 성장 곡선을 구성할 수 있습니다.

멀티웰 플레이트에서 리보핵산 항종결제 또는 RAT 서열의 하류에 형광 리포터 유전자를 운반하는 플라스미드로 형질전환된 Corynebacterium glutamicum 의 배양물을 취합니다.전사 중에 RAT-RNA는 RNA 중합효소를 차단하는 줄기 루프 구조를 형성하여 리포터 유전자 발현을 중단시킵니다.플라스미드는 또한 RAT-RNA 결합 단백질, LicT 및 청색광에 민감한 VVD 도메인을 포함하는 융합 단백질인 LicV를 구성적으로 발현합니다.어둠 속에서 LicV는 단량체로 유지되며 리포터 유전자의 전사를 차단하는 RAT-RNA 줄기 루프에 결합하지 않습니다.청색광으로 배양물을 비추어 VVD 도메인의 형태 변화를 유도하여 LicV 이량체화를 유발합니다.이량체화된 LicV는 RAT-RNA에 결합하여 줄기 루프 구조를 풀고 RNA 중합효소가 리포터 유전자를 전사하여 형광 리포터 단백질을 생성하도록 합니다.형광 현미경으로 배양을 관찰하십시오.청색광 조명 후 강한 리포터 형광과 어둠...

엑소다당류 매트릭스에 현탁된 은 나노입자로 처리된 박테리아 세포를 포함하는 슬러리로 시작합니다.안정적인 pH를 유지하기 위해 슬러리에 인산염 완충액을 첨가하십시오.다음으로, 포도당과 가용성 산화환원 지시약을 포함하는 용액을 도입한 다음 혼합물을 배양합니다. 산화환원 표시기는 전자 수용체 역할을 합니다.배양하는 동안 포도당과 산화환원 지시약은 대사적으로 활성인 박테리아 세포에 들어갑니다.세포는 호흡 중에 포도당을 활용하여 전자를 생성합니다.이 전자는 산화환원 지시약을 불용성 붉은 침전물로 환원시켜 박테리아에 축적됩니다.혼합물을 원심분리하여 박테리아 세포를 분리하고 상청액을 버립니다.메탄올을 넣고 부드럽게 흔들어 멤브레인에 축적된 침전물을 녹여 착색 용액을 형성합니다.용액의 색상 강도를 측정합니다.측정된 강도를 표준 곡선과 비교하여 세포 호흡 수준과 상관관계가 있는 가용화된 침전물의 농도를 결정합니다.

박테리아 배양액을 연속적으로 희석하여 성장 배지가 들어 있는 열량 측정 바이알에 분취량을 추가합니다.밀봉된 바이알을 등온 미세열량계의 멀티웰 플레이트에 넣어 대사열 생성을 측정합니다.이 장치는 감지된 열이 박테리아 대사에서만 발생하도록 일정한 온도로 유지됩니다.박테리아는 영양분을 대사하고 증식하면서 센서가 실시간으로 감지하는 열을 방출합니다.동시에 인큐베이터에서 동일한 바이알을 배양합니다. 분광 광도계를 사용하여 광학 밀도(OD)를 측정하여 박테리아 성장을 모니터링합니다.희석액의 열량 측정 신호를 사용하여 열 활성 곡선을 구성하고 이를 OD 값과 연관시킵니다.날카로운 첫 번째 피크는 기하급수적인 성장 중 유산소 호흡을 나타냅니다.산소가 제한되면 세포는 혐기성 발효로 전환하여 두 번째 날카로운 피크를 생성합니다.정지기에 들어가면 박테리아는 효소를 분비하여 세포외 단백질을 분해하고 신진대사를 유지하여 넓은 피크를 생성합니다.

출처: 알리, I. 외. 세골부리아티 스 엘레간 스 건강에 영향을 미치는 미생물 분리물의 고처리량 스크리닝. J. Vis. 경험 (2022)이 영상은 장내 세균이 Caenorhabditis elegans 에서 스트레스 회복력에 미치는 영향을 평가하는 고처리량 형광 검사를 시연합니다. 파열된 장 과립에서 나오는 청색 형광을 추적함으로써, 검사 박테리아에 노출된 벌레의 초기 사망 신호를 밝혀냅니다.

출처: Sutlief, A. L. 외 자동화된 고처리량 마이크로유체 시스템을 이용한 Pseudomonas aeruginosa 의 전단 응력에 대한 생세포 분석. J. Vis. 경험 (2019).이 영상은 박테리아 배양에서 전단 응력 연구를 위한 마이크로플루이딕 플레이트 준비 과정을 보여줍니다. 채널에 배지를 프라이밍한 후, 박테리아 세포를 실험 채널에 도입하여 부착을 위해 배양합니다. 잔류 배지와 배양물을 제거하여 이후 전단 응력 실험을 준비합니다.

출처: 브럼필드, K. D. 외 비브리오 콜레라의 생물형 유지 및 구별을 위한 임상 및 환경 분리주. J. Vis. 경험 (2017)이 영상은 트리페닐테트라졸륨 클로라이드를 이용한 부드러운 한천 분석법을 시연하며, 활발히 이동하는 세포 주변의 적색 구역 형성을 통한 대사 활동을 시각화하여 비브리오 콜레라 균주의 운동성을 평가하고 비교합니다.

출처: Brumfield, K. D. 외, Vibrio 콜레라의 생물형 유지 및 구분을 위한 임상 및 환경 분리 실험실 기법. J. Vis. 경험 (2017).이 영상은 콜 레라 균의 세 가지 생물형인 고전형, 야생형 엘 토르, 그리고 엘 토르 변종을 구별하기 위한 보게스-프로스카우어(VP) 검사를 시연합니다. 각 배양액은 포도당 함유 배지에 접종되어 배양 후 α-나프톨과 수산화칼륨으로 처리하여 아세톤 존재를 검출합니다. 분홍빛이 도는 붉은색은 양성 VP 반응을 나타내며, 야생형 엘 토르 생물형에서만 관찰되어 고전형과 변종형과 구별됩니다.

출처: Mettrick, K. A., Lawrence 외, 형광 억제자 조작 시스템을 이용한 대장균 에서 부위 특이적 복제 차단 유도. J. Vis. 경험 (2016)이 영상은 아라비노스가 유도한 노란색 형광 단백질 표지 TetR의 발현을 이용해 대 장 균에서 부위특이적 복제 포크 차단을 시연하며, 이 단백질이 염색체 tetO 배열에 결합합니다.

출처: 돔슬, K. J. 외. 동물성 식품 내 살모넬라 선별과 배양 분리 확인을 위한 루프 매개 등온 증폭. J. Vis. 경험 (2020).이 영상은 일정한 온도에서 DNA를 증폭하여 목표 박테리아 유전자를 검출하는 루프 매개 등온 증폭(LAMP) 기법을 시연합니다. 반응 혼합물은 등온 마스터 믹스, 표적 유전자에 대한 특정 프라이머, DNA 주형이 포함된 샘플을 첨가하여 준비됩니다. 증폭은 LAMP 기기에서 시작되며, 실시간 형광 모니터링을 통해 표적 유전자의 존재를 확인합니다.

출처: Aigrain, L. 외. 전기공공을 통한 생체 미생물 내 형광 생체분자의 내부 추출 및 관찰. J. Vis. 경험 (2015)이 영상은 전기공공을 이용해 형광 생체분자를 전기적(electroporation)을 이용한 전기적(electro-potation) 미생물 세포에 전달하는 과정을 시연합니다. 이 과정은 형광포자 태그가 부착된 DNA 또는 단백질을 냉각된 세포 현탁액에 주입하는 것으로 시작됩니다. 그 후 고전압 펄스를 가해 임시 막 구멍을 만들어 생체분자가 세포질 내 침투를 가능하게 합니다. 회복 후에는 세포를 세척하고 여과하여 내부화되지 않았거나 표면에 결합된 분자를 제거합니다. 마지막으로, 표지된 세포를 형광 영상을 위해 부착하여 세포 내 구성 요소를 시각화합니다.

출처: Kurokawa, M. 외. 세균 성장의 정밀하고 고처리량 분석. J. Vis. 경험 (2017)이 영상은 마이크로플레이트 리더를 이용한 박테리아 성장의 고처리량 정량을 시연합니다. 배양 준비, 광학 밀도 측정, 성장 역학 분석에 포함된 단계를 개괄합니다.

출처: Dahl, J. 외 시험관 및 생체 내에서 대장균 샤페론 HdeB의 pH 의존성 활성 검출. J. Vis. 경험 (2016)이 영상은 산성 및 열 스트레스 하에서 기질 단백질에 대한 샤페론 활성을 평가하기 위한 형광 분광광도계 기반 분석법을 시연합니다. 이 문서는 빛 산란을 통한 기질 전개 및 집적 모니터링 단계, 인솔이 있는 상태와 없는 상태 비교를 설명합니다.

출처: Dahl, J. 외 시험관 및 생체 내에서 대장균 샤페론 HdeB의 pH 의존성 활성 검출. J. Vis. 경험 (2016)이 영상은 재조합 대장균 배양을 이용해 산 활성화 샤페론이 산 스트레스 시 보호 효과를 평가하는 과정을 보여줍니다. 박테리아 성장 모니터링은 샤페론 발현 배양에서 대조군에 비해 생존율이 향상되었음을 보여주며, 스트레스 조건에서 단백질 안정화에서 샤페론의 역할을 강조합니다.

출처: Stenum, T. S. 외 대장균에서 전이 RNA의 풍부도와 충전 수준 정량화. J. Vis. 경험 (2017)이 영상은 젤 전기영동과 북부 블롯팅을 사용하여 대 장균 내 전이 RNA의 충전 수준을 아미노아실화 및 탈아실화 형태를 분리하여 검출하고 비교하는 방법을 시연합니다.

출처: 굴라, S. 외. 다중성 PCR 및 모세관 전기영동을 이용한 어류 병원성 박테리아 Yersinia ruckeri 의 다중 좌위 변수 연합 반복 분석. J. Vis. 경험 (2019).이 영상은 어류 병원성 박테리아에서 유래한 형광 표지된 가변수 탠덤 반복(VNTR) 증폭체를 모세관 전기영동을 이용해 크기별 전기영동 프로파일을 생성하여 박테리아 식별을 위한 과정을 시연합니다.

출처: Hockett, K. L., Baltrus, D. A. 소프트-한천 오버레이 기법을 이용한 박테리아 생성 억제성 화합물 선별. J. Vis. 경험 (2017)이 영상은 항생제 유도 공여자 균주에서 상원액을 검사 균주가 포함된 부드러운 한천 오버레이에 점검하여 박테리오신 매개 살해를 감지하는 절차를 시연합니다. 배양 후 형성된 투명 구역은 박테리아 억제를 나타냅니다.

출처: 케이빈, M. T. 외 Bacillus subtilis의 단세포 미세유체 분석. J. Vis. Exp. (2018)이 영상은 단일 세포 수준에서 박테리아 성장을 관찰하기 위해 마이크로플루이딕 장치를 사용하는 방법을 시연합니다. 이 연구는 미세한 도랑 내에 갇힌 비운동성 박테리아 세포가 형광 현미경 아래에서 지속적으로 영양을 공급받고 영상화되는 과정을 보여줍니다. 이 장치는 여러 세대에 걸친 세포 분열 및 계통 추적의 실시간 시각화를 가능하게 합니다.

출처: Scheidweiler, D. 외. 유체 장치와 현미경 및 유동 세포분석을 결합하여 공간적 규모를 넘어 다공성 배지 내 미생물 수송을 연구합니다. J. Vis. 경험 (2020).이 영상은 무작위로 배열된 기둥들로 구성된 다공성 매트릭스를 통해 박테리아의 운동성을 정량화하기 위해 마이크로플루이딕 장치를 사용하는 방법을 시연합니다. 형광 표지된 박테리아를 장치에 투입하고, 다공성 매트릭스를 통과해 관찰 채널로 이동하는 동안 현미경으로 영상화한 후 분석하여 돌파 곡선(BTC)을 생성합니다.

출처: Kim, H. 외, 고처리량 유전효소 스크리닝 시스템을 이용한 다효소 스크리닝. J. Vis. 경험 (2016)이 영상은 메타게놈 포스미드 라이브러리와 염색 기질을 이용한 효소 발현을 검출하는 유전적 스크리닝 방법을 시연합니다. 유세포분석은 색소 생성물을 생성하는 단일 세포를 식별하고 분리하여 활성 효소 발현 세포의 고처리량 선택을 가능하게 합니다.

출처: Samuels, D. J. 외 황 색포도상구균의 대사물 분석을 위한 액체 크로마토그래피-질량분석법 기반 탠덤 접근법. J. Vis. 경험 (2017)이 영상은 액체 크로마토그래피-질량분석법을 사용하여 S. aureus의 세포 내 대사산물을 식별하고 정량하는 방법을 보여줍니다. 대사물 추출, 펩타이드 정규화, 액체 크로마토그래피, 질량분석에 포함된 단계를 개괄합니다.